【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物基因检测，尤其涉及ipcc12n15，更具体地涉及，一种检测肺癌突变基因的探针组合物及试剂盒。
技术介绍
1、肺癌是癌症死亡的主要原因。2022年，肺癌在所有恶性肿瘤新发病例中排名第1位，占18.06％，而肺癌死亡人数占恶性肿瘤死亡总数的23.9％，同样排名第1位。且早期的肺癌无明显症状，临床上多数患者确诊时已属晚期，晚期肺癌患者整体5年生存率在20％左右。
2、非小细胞肺癌诊疗时，需要进行egfr，alk等基因检测，从而知道靶向用药，据统计，经过基因检测指导治疗的肺癌患者总生存期和无进展生存期明显高于传统治疗的患者，因此，需要开发检测肺癌突变基因的探针组合物及试剂盒。
技术实现思路
1、为了解决现有技术中的问题，本专利技术第一方面提供了一种检测肺癌突变基因的探针组合物，包括核酸序列如seq id no：1～98所示的探针中的一种或多种；进一步优选的，包括核酸序列如seq id no：1～88所示的探针中的一种或多种。
2、优选的，所述检测的肺癌基因包括akt1、alk、braf、egfr、erbb2、kras、map2k1、met、nras、ntrk1、ntrk2、ntrk3、pik3ca、pten、ret、ros1、tp53中的一种或多种。
3、优选的，所述的肺癌基因的突变类型，包括点突变，插入和缺失，基因扩增，基因融合。
4、本专利技术中所述的探针组合物所针对的肺癌基因，覆盖多种可能的突变类型，包括点突变(sn
5、本专利技术第二方面还提供了一种检测肺癌突变基因试剂盒，包括核酸序列seq idno：1～88所示的探针组合物。
6、优选的，所述肺癌突变基因试剂盒，还包括连接接头。
7、优选的，所述连接接头为umi短接头和长引物udi接头组合使用。
8、优选的，所述umi短接头，内部嵌入5个碱基；其中，umi短接头为基于illumina通用接头的基础上添加5个碱基序列设计组成。
9、优选的，所述umi短接头的浓度为10～20μm；进一步优选的，为15μm。
10、优选的，所述长引物udi接头的浓度为15～25μm；进一步优选的，为20μm。
11、优选的，所述umi短接头和长引物udi接头的体积比为1：(1-2)；进一步优选的，1：1。
12、优选的，所述umi短接头和长引物udi接头均购自何因生物科技。
13、本专利技术中，通过在umi短接头的5’端插入5个碱基序列，第一个碱基不用于umi计算，第2-4位置的3个bp碱基为atgc随机碱基，用于umi计算识别，第5个碱基是t/a连接的固定碱基。该接头能够提高低频突变的检测准确性，并且能够对原始待测dna进行标记，从而知道具体的reads的来源，使这些reads相互校正，排除pcr扩增和测序时的错误，保留了真正的突变，进而提高了检测的准确度。
14、本专利技术第三专利技术提供了一种检测肺癌突变基因的试剂盒的检测方法：包括以下步骤：提取dna、xy末端修复和3^端加a、接头反应、纯化、panel杂交捕获、ngs测序、针对测序后的数据进行分析，判断样本的基因型；所述的panel杂交包括核酸序列如seq id no：1～88所示的探针以及接头。
15、所述的肺癌突变基因的试剂盒的具体检测方法，包括以下步骤：
16、s1：提取样本
17、提取样本的基因组gdna或血液游离ctdna，所述基因组gdna或血液游离ctdna均来自医院临床样本，使用qubit定量并质检。
18、优选的，所述样本为非小细胞癌的石蜡切片、石蜡块、新鲜组织、冰冻组织、血液白细胞、血浆dna、浆膜腔积液。
19、s2：打断，末端修复，加a
20、1.将dna稀释在无核酸酶水中进行片段化，将片段和末端修复缓冲液、片段和末端修复酶置于冰盒上融化，按表1配制反应体系。
21、表1
22、
23、
24、优选的，当基因组dna为ctdna时，用量为25ng。
25、2.在冰上混打均匀，按表2设置pcr仪参数，热盖70℃，运行pcr程序，当程序预冷至4℃时，将pcr管从冰盒上拿出，放置于pcr仪上运行程序，得到反应产物a：
26、表2
27、 温度 时间 4℃ 1min 32℃ 12min 65℃ 30min 4℃ 保持
28、优选的，基因组dna为ctdna时，表2中32℃的保持的时间为30min。
29、s3：接头连接及纯化
30、1.在pcr管中，按照表3在冰盒上配制反应体系：
31、表3
32、 组分 体积 反应产物a 50μl 接头混合液(15μm) 5μl 无核酸酶水 15μl 连接缓冲液 20μl 连接酶 10μl 总体积 100μl
33、所述接头混合液为
34、2.轻吸打混匀6次，避免产生气泡，然后短暂离心。
35、3.设置pcr仪参数，20℃，15min，关闭热盖。将pcr管放入pcr仪，运行。
36、4.结束温育本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种检测肺癌突变基因的探针组合物，其特征在于，包括核酸序列如SEQ ID NO：1～98所示的探针中的一种或多种。
2.根据权利要求1所述的检测肺癌突变基因的探针组合物，其特征在于，包括核酸序列如SEQ ID NO：1～88所示的探针中的一种或多种。
3.根据权利要求1所述的检测肺癌突变基因的探针组合物，其特征在于，所述检测的肺癌基因包括AKT1、ALK、BRAF、EGFR、ERBB2、KRAS、MAP2K1、MET、NRAS、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PIK3CA、PTEN、RET、ROS1、TP53中的一种或多种。
4.根据权利要求3所述的检测肺癌突变基因的探针组合物，其特征在于，所述的肺癌基因的突变类型，包括点突变，插入和缺失，基因扩增，基因融合。
5.一种包括权利要求1～4任一项所述的探针组合物的检测肺癌突变基因试剂盒，其特征在于，还包括连接接头。
6.根据权利要求5所述的检测肺癌突变基因试剂盒，其特征在于，所述连接接头为UMI短接头和长引物UDI接头组合使用。
7.根据权利要求6所述的
8.根据权利要求6所述的检测肺癌突变基因试剂盒，其特征在于，所述UMI短接头的浓度为10～20μM。
9.根据权利要求6所述的检测肺癌突变基因试剂盒，其特征在于，所述长引物UDI接头的浓度为15～25μM。
10.根据权利要求6所述的检测肺癌突变基因试剂盒，其特征在于，所述UMI短接头和长引物UDI接头的体积比为1：(1-2)。
...【技术特征摘要】
1.一种检测肺癌突变基因的探针组合物，其特征在于，包括核酸序列如seq id no：1～98所示的探针中的一种或多种。
2.根据权利要求1所述的检测肺癌突变基因的探针组合物，其特征在于，包括核酸序列如seq id no：1～88所示的探针中的一种或多种。
3.根据权利要求1所述的检测肺癌突变基因的探针组合物，其特征在于，所述检测的肺癌基因包括akt1、alk、braf、egfr、erbb2、kras、map2k1、met、nras、ntrk1、ntrk2、ntrk3、pik3ca、pten、ret、ros1、tp53中的一种或多种。
4.根据权利要求3所述的检测肺癌突变基因的探针组合物，其特征在于，所述的肺癌基因的突变类型，包括点突变，插入和缺失，基因扩增，基因融合。
【专利技术属性】
技术研发人员：王冬冬，
申请(专利权)人：上海医沐生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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