【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及一种使用具有低gc含量的dna片段的热变性来富集cpg区域的方法，所述cpg区域可以通过衔接子连接进行富集、经受亚硫酸氢盐转化、测序和分析例如以检测癌症。
技术介绍
1、液体活检在癌症的筛查和监测中具有巨大的价值。液体活检的全部潜力只有通过高度敏感、特定的和具有成本效益的方法才能实现，所述方法可以鉴定血液中小分数的肿瘤dna。用于鉴定循环肿瘤dna(ctdna)的最广泛使用的方法依赖于检测无细胞dna中的肿瘤来源的突变[forshew,t.等人sci.transl.med.4(2012)]。与这种方法相关的关键挑战是携带突变的肿瘤片段构成无细胞dna的少于0.01％[fiala,c.和diamandis,e.p.bmc med.,16,1-10(2018)]。为了检测这些罕见片段，已成功使用数字pcr方法[diehl,f.等人,nat.methods,3,551-559(2006)]或极深测序(>300x)[shu,y.等人sci.rep.,7,1-11(2017)]。这些方法的缺点是，它们不可能在全基因组范围内进行...
【技术保护点】
1.一种富集CpG岛的方法，所述CpG岛包含来自受试者的分离的循环无细胞DNA中的癌症特异性甲基化信息，所述方法包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的方法，其中低GC含量片段具有低于约60％GC含量，而高GC含量片段具有约60％或更高GC含量。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中步骤iii)中的所述热变性在约87℃-92℃范围内的温度下进行。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述无细胞DNA样品来自具有医学状况的受试者。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，所述方法进一步包括测定一种或多种所扩增...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种富集cpg岛的方法，所述cpg岛包含来自受试者的分离的循环无细胞dna中的癌症特异性甲基化信息，所述方法包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的方法，其中低gc含量片段具有低于约60％gc含量，而高gc含量片段具有约60％或更高gc含量。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中步骤iii)中的所述热变性在约87℃-92℃范围内的温度下进行。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述无细胞dna样品来自具有医学状况的受试者。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，所述方法进一步包括测定一种或多种所扩增的分子的序列的至少一部分。
6.根据权利要求5所述的方法，其中测定所述序列的至少一部分包括配对末端测序。
7.根据权利要求6所述的方法，其中所述测定步骤提供对于所述受试者的诊断信息。
8.根据权利要求7所述的方法，其中所述诊断信息包括对于所述受试者的癌症诊断信息。
9.一种用于测定来自受试者的循环无细胞dna样品中的肿瘤分数的方法，所述方法包括：
10.根据权利要求9所述的方法，所述方法包括：
11.根据权利要求10所述的方法，其中在a)(iii)中选择甲基化差值为0.5的簇内的所有cpg位点。
12.根据权利要求9至11中任一项所述的方法，其中所述比较群体选自来自正常患者和/或癌症患者的循环无细胞dna。
13.根据权利要求9至12中任一项所述的方法，其中所述参考癌症甲基化数据集是结直肠腺癌(coad)数据集。
14.一种获得与受试者的医学...
【专利技术属性】
技术研发人员：曹立峰，C·埃尔希，陈美发，张青青，
申请(专利权)人：新加坡国立大学，
类型：发明
国别省市：
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