【技术实现步骤摘要】
本专利技术是关于一种拷贝数变异(copy number variatio，cnv)检测技术，具体而言，是关于一种鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和细胞分裂来源的方法及装置。
技术介绍
1、拷贝数变异(copy number variatio，cnv)检测技术已广泛应用于临床，但受样本质量以及检测技术所限，某些样本中会检出假阳性结果，这些假阳性结果可能会干扰临床医生的判断，影响患者的治疗。比如，胚胎植入前非整倍体检测中的嵌合cnv的假阳性结果可能会导致待测胚胎被放弃植入，延长患者的治疗时间。所以，降低cnv特别是嵌合cnv的假阳性是非常有必要的。
2、目前降低假阳性的方式通常是建立阴性参考系，通过一定的统计学方法校正过滤掉假阳性结果。然而，这种方法与cnv检测都是基于单一维度的拷贝数信息，缺乏独立性，难以排除某些假阳性。
3、此外，不同细胞分裂来源的cnv对胚胎的临床结局有不同的影响。研究表明，存在减数分裂来源cnv的胚胎存活力下降，植入成功率低，更容易发生自然流产，即使活产了，新生儿也会出现特定的染色体疾病；而有丝分裂来源的cnv在胚胎发育过程中有一定可能被修复，有较好的活产率。因此，判断cnv或嵌合cnv的细胞分裂来源，即区分cnv是来自减数分裂还是有丝分裂，在临床上具有重要意义。而目前用于判断cnv细胞分裂来源的方法是依赖群体重构(ldpgta)或参考样本(karyomap)来实现的，前者会因为群体数据的共性而忽略掉样本本身可能的新发突变的影响，后者的应用会受到一定限制，因为某些家庭里难以找到合适的参考
技术实现思路
1、本专利技术的一个目的在于提供一种改进的鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源的方法。
2、本专利技术的另一目的在于提供一种鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源的装置。
3、本专利技术开发了一套鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源的方法，其中基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)位点上样本父亲、母亲的基因型以及样本自身的等位基因频率来判断样本中cnv真假阳性，利用父、母源遗传信息的平衡性，通过uneven score算法可较好地区分整条染色体以及染色体内部片段性cnv的真假阳性，并且，可通过对信息转换、降维处理后自动定相判断其中的真阳性重复型cnv是来自减数分裂还是有丝分裂。
4、一方面，本专利技术提供了一种鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源的方法，该方法包括：
5、获取原始信息，所述原始信息包括snp位点上样本父亲、样本母亲的基因型以及待测样本的等位基因频率信息；
6、依据snp位点上样本父亲、样本母亲的基因型以及待测样本的等位基因频率，提取以下信号：拷贝数变异区域内父源信号与母源信号，和/或sph信号与bph信号；
7、确定拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源。
8、人类属于二倍体生物，其dna一半来自父亲，一半来自母亲。cnv涉及dna片段的数量变化，若为重复，即某段dna比正常多了一个，则多出来的dna必然来自父母中的一方；若为缺失，即某段dna比正常少了一个，则父母中一方的这段dna必然缺失了；总之，无论重复还是缺失，都会导致样本来自父亲和母亲的遗传物质失衡。本专利技术的鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性的方法，可兼容整条染色体以及染色体内部片段性cnv的判断。
9、根据本专利技术的具体实施方案，本专利技术的鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源的方法，其是诊断目的的，或是非诊断目的的。
10、根据本专利技术的具体实施方案，本专利技术的鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源的方法中，对样本进行snp检测以获取原始信息；优选地，检测平台选自ngs或snp array。
11、根据本专利技术的具体实施方案，本专利技术的鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源的方法中，所述样本来源于胚胎活检细胞，或来源于流产物、羊水、绒毛、脐带血、外周血中的一种或多种。
12、根据本专利技术的具体实施方案，本专利技术的鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源的方法中：
13、依据父源信号与母源信号确定拷贝数变异真假阳性及亲本来源；和/或，
14、依据sph(single parental homolog)信号与bph(both parental homologs)信号确定细胞分裂来源。
15、根据本专利技术的具体实施方案，本专利技术的鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源的方法中，提取父源信号与母源信号的过程包括：选取样本父亲和样本母亲基因型不同的纯合位点，通过待测样本等位基因频率所在的范围，评估该位点上样本的遗传物质亲缘倾向。优选地，按照表1所示提取父源信号与母源信号。
16、根据本专利技术的具体实施方案，本专利技术的鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源的方法中，提取sph信号与bph信号的过程包括：选取样本父亲和样本母亲之间一方杂合且另一方纯合的位点，通过待测样本等位基因频率的范围将其分为bph或sph信号(基因型或等位基因频率不满足条件的位点会被过滤掉)。优选地，按照表2所示提取sph信号与bph信号。
17、根据本专利技术的具体实施方案，本专利技术的鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源的方法中，判断cnv真假阳性和/或亲本来源的过程包括：
18、依据所提取的父源信号与母源信号，按照下列公式计算uneven score：
19、uneven score＝(nmat-npat)/(nmat+npat)
20、其中，nmat为cnv区域内母源信号数，npat为cnv区域内父源信号数。
21、根据本专利技术的具体实施方案，本专利技术的鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源的方法中，按照以下原则判断cnv真假阳性和亲本来源：
22、当cnv为重复时，若uneven score>母源阈值，则为样本母亲来源的真阳性cnv；若uneven score<父源阈值，则为样本父亲来源的真阳性cnv；否则，该cnv为假阳性；
23、当cnv为缺失时，若uneven score>母源阈值，则为样本父亲来源的真阳性本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源的方法，该方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中，对样本进行SNP检测以获取原始信息；
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中，所述样本来源于胚胎活检细胞，或来源于流产物、羊水、绒毛、脐带血、外周血中的一种或多种。
4.根据权利要求1所述的方法，其中：
5.根据权利要求1或4所述的方法，其中：
6.根据权利要求5所述的方法，其中，判断CNV真假阳性和亲本来源的过程包括：
7.根据权利要求5所述的方法，其中，判断CNV细胞分裂来源的过程包括：
8.一种鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源的装置，该装置包括：
9.根据权利要求8所述的装置，该装置还包括；
10.根据权利要求8或9所述的装置，该装置还包括；
11.一种计算机存储介质，所述计算机存储介质存储有计算机程序指令，所述计算机程序指令被执行时实现：采用权利要求1-7任一项所述的方法鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源。>
12.一种计算机设备，其包括存储器、处理器及存储在存储器上并可在处理器上运行的计算机程序，其中，所述处理器执行所述计算机程序时实现：采用权利要求1-7任一项所述的方法鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源。
...【技术特征摘要】
1.一种鉴定核酸样本拷贝数变异真假阳性和/或细胞分裂来源的方法，该方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中，对样本进行snp检测以获取原始信息；
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中，所述样本来源于胚胎活检细胞，或来源于流产物、羊水、绒毛、脐带血、外周血中的一种或多种。
4.根据权利要求1所述的方法，其中：
5.根据权利要求1或4所述的方法，其中：
6.根据权利要求5所述的方法，其中，判断cnv真假阳性和亲本来源的过程包括：
7.根据权利要求5所述的方法，其中，判断cnv细胞分裂来源的过程包括：
8.一种鉴定核酸...
【专利技术属性】
技术研发人员：夏滢颖，邹央云，李团，陆思嘉，
申请(专利权)人：苏州亿康医学检验有限公司，
类型：发明
国别省市：
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