【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子生物学、功能基因组学、生物信息学、基因组育种，具体地，涉及奶山羊全基因组55k snp芯片及其应用。
技术介绍
1、snp是单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism)的缩写，指基因组单个核苷酸的变异，是由单碱基的缺失、插入、颠换或置换所形成的变异形式。snp作为遗传标记，具有数量众多、分布密集、易于检测，是较理想的基因分型目标，在复杂性状的遗传变异中发挥着重要作用。尤其在动植物遗传研究中，成为解析质量性状、经济性状以及一些复杂的疾病性状遗传变异机制的重要研究对象之一。
2、全基因组snp芯片是高通量检测snp位点信息的工具，目前主流的形式有固相芯片和液相芯片两种。snp固相芯片是将大量带有荧光标记的dna探针固定在玻璃基片上通过光蚀刻而成，其原理是通过探针dna链与检测目标基因组dna进行杂交、结合，再经染色剂染色后利用激光扫描从而对snp进行基因分型。基于靶向捕获测序的snp液相芯片是一种新兴的基因检测技术，它利用靶向捕获测序技术选择感兴趣的基因组区域，并通过snp液相芯片对这些区域进行高通量的snp检测。与传统的snp芯片不同，基于靶向捕获测序的snp液相芯片能够更加灵活、精准地选择特定的基因组区域进行检测，从而能够更加深入地研究特定的基因或者表型相关的snp变异。
3、基因组选择(genomic selection，gs)是一种现代化的育种技术，它利用基因组信息和计算机技术来辅助育种，以达到更高效和准确的选育目的。基因组选择是一种基于单核苷酸多态
4、与传统育种方法相比，基因组选择可以更准确地评估群体内个体的遗传背景和表型性状，从而选出更符合育种目标的优秀品种。其次，基因组选择可以大大缩短育种周期，降低育种成本，提高育种效率。基因组选择还可以促进基因组变异的积累，加速育种进程，更好地满足市场需求。
5、目前，基因组选择在奶牛、肉牛、猪等畜种生产中应用较广泛，在羊等其他动物育种中的应用尚在起步阶段。目前，针对山羊应用最广泛的snp芯片是illumina公司出品的山羊50k snp芯片(goatsnp50)，但是其作为山羊物种的广谱性芯片，其对奶山羊的适应性较差。
6、因此，需要开发一种针对奶山羊的全基因组芯片。
技术实现思路
1、为了解决现有技术中存在的上述技术问题之一，本专利技术提供了一种奶山羊全基因组55ksnp芯片及其应用。
2、第一方面，本专利技术提供一种用于奶山羊全基因组的snp分子标记，所述snp分子标记选自表2中所示标记物中的至少一种。
3、第二方面，本专利技术提供一种分子探针，所述分子探针用于特异性识别第一方面所述的snp分子标记。
4、第三方面，本专利技术提供一种奶山羊全基因组snp芯片，所述snp芯片包括靶向第一方面所述的snp分子标记的探针。
5、在一些实施方案中，本专利技术提供的奶山羊全基因组snp芯片为奶山羊全基因组55ksnp液相芯片。
6、本专利技术提供奶山羊全基因组snp芯片中，snp位点包括四类探针：第一类是由五个奶山羊品种(萨能奶山羊(saanen dairy goat)、吐根堡奶山羊(toggenburg goat)、阿尔卑斯奶山羊(alpine goat)、关中奶山羊(guanzhong dairy goat)、崂山奶山羊(laoshandairy goat))重测序数据筛选出的多态性良好的snp位点；第二类是公共数据库(例如ncbi或qtl数据库)报道与奶山羊生产性状显著关联功能基因位点和qtl位点；第三类是专利技术人通过全基因组关联分析(gwas)和选择信号研究挖掘得到与奶山羊重要经济性状相关联的snp位点；第四类是使用公共数据库信息填补前三类未能覆盖基因组区段的snp位点。以上四类探针共计包含54344个snp位点。
7、在一些实施方案中，所述分子标记与奶山羊的产奶性能、乳品质性状、乳房形态、肢蹄形态、毛色、体型、褪黑素合成能力和褪黑素昼夜变异率中的一种或多种相关联。
8、在一些实施方案中，所述产奶性能包括产奶量。
9、在一些实施方案中，所述乳品质性状包括乳蛋白率、乳脂率、乳糖率、体细胞数。
10、第四方面，本专利技术提供一种试剂盒，所述试剂盒包括第二方面所述的分子探针，或第三方面所述的snp芯片。
11、第五方面，本专利技术提供所述分子探针、或所述snp芯片、或所述试剂盒在奶山羊全基因组育种中的应用。
12、第六方面，本专利技术提供所述分子探针、或所述snp芯片、或所述试剂盒在奶山羊的亲缘关系鉴定中的应用。
13、第七方面，本专利技术提供所述分子探针、或所述snp芯片、或所述试剂盒在鉴定欧洲奶山羊和中国奶山羊品种中的应用。
14、第八方面，本专利技术提供所述分子探针、或所述snp芯片、或所述试剂盒在奶山羊基因分型检测中的应用。
15、第九方面，本专利技术提供所述分子探针、或所述snp芯片、或所述试剂盒在奶山羊群体遗传多样性分析中的应用。
16、第十方面，本专利技术提供所述分子探针、或所述snp芯片、或所述试剂盒在奶山羊目标性状qtl(数量性状位点)定位分析中的应用。
17、第十一方面，本专利技术提供一种制备所述snp芯片的方法，利用本专利技术的奶山羊检测芯片的特异性探针，然后通过例如infmium芯片制造技术制作snp芯片。
18、在一些实施方案中，本专利技术所述的snp芯片通过如下方法制备：
19、(1)选取奶山羊为种质材料进行重测序，对测序结果进行质量控制，与参考基因组比对，鉴定并根据snp位点属性指标过滤获得核心备选snp位点，作为第一类snp位点；
20、(2)检索公共数据库中的研究结果，获得重要经济性状相关联的候选基因和数量性状位点，与核心备选snp位点比对，获得功能snp位点，作为第二类snp位点；
21、(3)利用测序个体表型信息，使用生物信息学手段，获得与产奶量、乳品质、乳房形态和褪黑素合成能力相关联的功能snp位点，作为第三类snp位点；再使用公共数据库信息填补前三类未覆盖基因组区段的snp位点，作为第四类snp位点；
22、(4)根据候选snp位点在染色体上的绝对位置，以及靶向捕获测序引物设计结果评分，挑选使用于芯片开发的snp位点；
23、(5)运用靶向捕获测序基因分型技术开发该奶山羊全基因组snp芯片。
24、在一些实施方案中，所述步骤(1)包括如下过程：
25、s1.选择中国和欧洲广泛饲养具有代表性的不同奶山羊品种为种质材料，采集耳缘组织提取总dna并进行测序；
26、s2.将测序获得的原始数据进行质控，获得高质量的clean reads(过滤后的读长)，再将其与参考基因组本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于奶山羊全基因组的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记选自表2中所示标记物中的至少一种。
2.一种分子探针，其特征在于，所述分子探针用于特异性识别权利要求1所述的SNP分子标记。
3.一种奶山羊全基因组SNP芯片，其特征在于，所述SNP芯片包括靶向权利要求1所述的SNP分子标记的探针。
4.根据权利要求3所述的奶山羊全基因组SNP芯片，其特征在于，所述分子标记与奶山羊的产奶性能、乳品质性状、乳房形态、肢蹄形态、毛色、体型、褪黑素合成能力和褪黑素昼夜变异率中的一种或多种相关联；
5.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述的分子探针，或权利要求3或4所述的SNP芯片。
6.权利要求2所述的分子探针、或者权利要求3或4所述的SNP芯片、或者权利要求5所述的试剂盒在奶山羊全基因组育种中的应用。
7.权利要求2所述的分子探针、或者权利要求3或4所述的SNP芯片、或者权利要求5所述的试剂盒在奶山羊的亲缘关系鉴定中的应用。
8.权利要求2所述的分子探针、或者权利要求3或4所述的
9.权利要求2所述的分子探针、或者权利要求3或4所述的SNP芯片、或者权利要求5所述的试剂盒在奶山羊基因分型检测中的应用。
10.权利要求2所述的分子探针、或者权利要求3或4所述的SNP芯片、或者权利要求5所述的试剂盒在奶山羊群体遗传多样性分析或目标性状QTL定位分析中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种用于奶山羊全基因组的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记选自表2中所示标记物中的至少一种。
2.一种分子探针，其特征在于，所述分子探针用于特异性识别权利要求1所述的snp分子标记。
3.一种奶山羊全基因组snp芯片，其特征在于，所述snp芯片包括靶向权利要求1所述的snp分子标记的探针。
4.根据权利要求3所述的奶山羊全基因组snp芯片，其特征在于，所述分子标记与奶山羊的产奶性能、乳品质性状、乳房形态、肢蹄形态、毛色、体型、褪黑素合成能力和褪黑素昼夜变异率中的一种或多种相关联；
5.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述的分子探针，或权利要求3或4所述的snp芯片。
6.权利要求2所述的分子...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘国世，关盛宇，阎来庆，张鲁，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：
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