【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物，具体涉及与西葫芦果皮性状相关的aprr2基因。
技术介绍
1、西葫芦(cucurbita pepo l.)是葫芦科南瓜属的一年生藤蔓草本植物，又名美洲南瓜，根据食用方式可分为6个嫩瓜食用种群和2个老瓜食用种群。西葫芦在世界各国普遍栽培，我国各地广泛种植。西葫芦富含多种营养物质，具有除烦止渴、清热利尿、增强免疫力等功效，其种植简单，栽培周期短，高产耐贮，生长温度需求较低，冬季设施栽培和早春露地栽培可取得较好的经济效益。西葫芦的全球总产量可达2500万吨/年，种植面积近200万公顷，我国西葫芦的种植面积以年增长率3.18％的速度增加。
2、果皮颜色是葫芦科蔬菜的重要商品性状之一，葫芦科蔬菜具有不同深度黄色和绿色等颜色的果皮。葫芦科植物的果皮颜色主要通过果皮细胞内叶绿素、胡萝卜素、花青素以及类黄酮等物质的积累形成，而aprr2基因可通过影响叶绿体发育以及调控叶绿素含量等方式调控果皮颜色。liu et al(2016)报道了黄瓜果皮由aprr2基因调控，由于外显子上鸟嘌呤的插入使翻译提前停止，影响了叶绿体发育，叶绿素含量减少，形成白色瓜皮。oren etal(2019)发现，在甜瓜和西瓜中，aprr2外显子上非同义突变或者indel变异使得甜瓜由绿色变为白色。在冬瓜中，aprr2外显子上ga碱基的插入，导致了果皮颜色由绿色变成白色。zhou et al(2022)研究发现，在西葫芦中，cp4.1lg15g03420的大片段缺失导致其茎颜色由绿变为浅绿。
3、虽然现有技术对西葫芦果皮颜色的控制基
4、鉴于此，特提出本专利技术。
技术实现思路
1、针对现有技术的缺陷，本专利技术的目的在于提供一种鉴定西葫芦果皮颜色的连锁分子标记及其专用引物和应用。
2、为了实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：
3、本专利技术第一方面提供一种引物组合，包括第一引物组和/或第二引物组，其中，
4、所述第一引物组用于扩增snp位点cpsnp01以确定snp位点cpsnp01对应的基因型，所述snp位点cpsnp01位于西葫芦参考基因组mu-cu-16v4.1的5号染色体的第1094111位，该位点的核苷酸碱基为g或c；
5、所述第二引物组用于扩增snp位点cpsnp02以确定snp位点cpsnp02对应的基因型，所述snp位点cpsnp02位于西葫芦参考基因组mu-cu-16v4.1的5号染色体的第1094162位，该位点的核苷酸碱基为g或a。
6、在上述引物组合中，作为一种优选方式，所述第一引物组包括:5'-3'核苷酸序列如seq id no:1所示的第一正向引物、5'-3'核苷酸序列如seq id no:2所示的第二正向引物、5'-3'核苷酸序列如seq id no:3所示的反向引物；所述第二引物组包括:5'-3'核苷酸序列如seq id no:4所示的第一正向引物、5'-3'核苷酸序列如seq id no:5所示的第二正向引物、5'-3'核苷酸序列如seq id no:6所示的反向引物。
7、在上述引物组合中，作为一种优选方式，所述第一引物组包括:5'-3'核苷酸序列如seq id no:1中自5'末端起第22至43位所示的第一正向引物、5'-3'核苷酸序列如seq idno:2中自5'末端起第22至43位所示的第二正向引物、5'-3'核苷酸序列如seq id no:3所示的反向引物；所述第二引物组包括:5'-3'核苷酸序列如seq id no:4中自5'末端起第22至44位所示的第一正向引物、5'-3'核苷酸序列如seq id no:5中自5'末端起第22至45位所示的第二正向引物、5'-3'核苷酸序列如seq id no:6所示的反向引物。
8、进一步地，所述第一引物组中的第一正向引物的5'端和所述第一引物组中的第二正向引物的5'端添加有发出不同颜色的荧光标签序列；
9、所述第二引物组中的第一正向引物的5'端和所述第二引物组中的第二正向引物的5'端添加有发出不同颜色的荧光标签序列；
10、更进一步优选地，荧光标签序列选自fam、tet、vic、hex中的一种。
11、本专利技术第二方面提供上述引物组合在如下方面(1)或(2)中的应用：
12、(1)制备鉴定西葫芦果皮颜色的试剂盒；
13、(2)鉴定西葫芦果皮颜色；
14、(3)西葫芦果皮颜色育种。
15、在上述应用中，作为一种优选实施方式，所述西葫芦果皮颜色为绿色或浅绿色。
16、在上述应用中，作为一种优选实施方式，所述鉴定西葫芦果皮颜色的方法如下：
17、基于snp位点cpsnp01的判断如下：如果某供试西葫芦pcr产物检测显示蓝色荧光信号，则该供试西葫芦基于该snp位点的基因型为c:c纯合型，对应的该供试西葫芦的果皮颜色为绿色；如果某供试西葫芦pcr产物检测显示红色荧光信号，则该供试西葫芦基于该snp位点的基因型为g:g纯合型，对应的该供试西葫芦的果皮颜色为浅绿色；如果某供试西葫芦pcr产物检测显示绿色荧光信号，则该供试西葫芦基于该snp位点的基因型为g:c杂合型，对应的该供试西葫芦的果皮颜色为绿色；
18、基于snp位点cpsnp02的判断如下：如果某供试西葫芦pcr产物检测显示蓝色荧光信号，则该供试西葫芦基于该snp位点的基因型为g:g纯合型，对应的该供试西葫芦的果皮颜色为绿色；如果某供试西葫芦pcr产物检测显示红色荧光信号，则该供试西葫芦基于该snp位点的基因型为a:a纯合型，对应的该供试西葫芦的果皮颜色为浅绿色；如果某供试西葫芦pcr产物检测显示绿色荧光信号，则该供试西葫芦基于该snp位点的基因型为g:a杂合型，对应的该供试西葫芦的果皮颜色为绿色。
19、本专利技术第三方面提供一种鉴定西葫芦果皮颜色的方法，所述方法包括：
20、s1：提取待检测西葫芦品种的基因组dna，以该基因组dna为模板、权利要求1-4任一项所述引物组合中的第一引物组或第二引物组为引物进行pcr扩增，得到pcr扩增产物；
21、s2：，采用仪器检测pcr扩增产物的荧光信号，根据荧光信号的颜色确定待检测西葫芦品种的果皮颜色。
22、在上述方法中，作为一种优选实施方式，所述pcr为touch down pcr；
23、优选地，所述pcr反应程序为：94℃预变性，15min；94℃变性20s，61℃-55℃，1min，其中每循环降低0.6℃，扩增10个循环；94℃变性20s，55℃复性&延伸1min，继续扩增26个循环。
24、在上述方法中，作为一种优选实施方式，根据荧光信号的颜色确定待检测西葫芦品种的果皮颜色的方法如下：
25、针对采用第一引物组进行pcr扩增得到的pcr扩增产物，如果pcr扩增产物显示蓝色荧光信号，则该待检测西葫本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种引物组合，包括第一引物组和/或第二引物组，其中，
2.根据权利要求1所述的引物组合，其特征在于，
3.根据权利要求1所述的引物组合，其特征在于，
4.根据权利要求3所述的引物组合，其特征在于，所述第一引物组中的第一正向引物的5'端和所述第一引物组中的第二正向引物的5'端添加有发出不同颜色的荧光标签序列；
5.权利要求1-4任一项所述引物组合在如下方面(1)或(2)中的应用：
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，
7.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述鉴定西葫芦果皮颜色的方法如下：
8.一种鉴定西葫芦果皮颜色的方法，其特征在于，所述方法包括：
9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述PCR为touch down PCR；
10.根据权利要求8或9所述的方法，其特征在于，根据荧光信号的颜色确定待检测西葫芦品种的果皮颜色的方法如下：
【技术特征摘要】
1.一种引物组合，包括第一引物组和/或第二引物组，其中，
2.根据权利要求1所述的引物组合，其特征在于，
3.根据权利要求1所述的引物组合，其特征在于，
4.根据权利要求3所述的引物组合，其特征在于，所述第一引物组中的第一正向引物的5'端和所述第一引物组中的第二正向引物的5'端添加有发出不同颜色的荧光标签序列；
5.权利要求1-4任一项所述引物组合在如下方面(1)或(2)中的应用：
【专利技术属性】
技术研发人员：李海真，杨静静，温常龙，张建，张晓飞，赵泓，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：
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