基于高通量扩增子测序的真菌检测的组合物制造技术

技术编号：39929767 阅读：10 留言：0更新日期：2024-01-08 21:43

本发明专利技术属于生物检测领域。具体地，涉及高通量扩增子测序检测的组合物，更具体地，涉及真菌的高通量扩增子测序检测的组合物。本发明专利技术提供一种基于高通量扩增子测序检测真菌的组合物，包如下所示的至少4个靶标：白色念珠菌、耶氏肺孢子菌、烟曲霉、近平滑念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、马尔尼菲篮状菌、黄曲霉、土曲霉、新生隐球菌。使用本发明专利技术的组合物，能够在一管内同时扩增并富集多个靶标，使得后续测序所需数据量显著降低，分析工作简化，从而使得整个检测更加准确和效率。

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【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物检测领域。具体地，涉及高通量扩增子测序检测的组合物，更具体地，涉及真菌的高通量扩增子测序检测的组合物。

技术介绍

1、宏基因组学(metagenomics)又叫微生物环境基因组学、元基因组学。它通过直接从环境样品中提取全部微生物的dna，构建宏基因组文库，利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。宏基因组学在微生物组学的基础上发展而来的，不依赖于微生物的分离培养，可用于研究难培养或不可培养的微生物中的天然产物和处于沉默状态的天然产物，极大地提高了宏基因组样品中微生物资源的利用程度。通过对宏基因组样品进行深度测序分析，可以揭示或者评估环境中真实的物种多样性和遗传多样性，也可用于新型微生物活性物质(或新基因)的发现。目前，宏基因组学研究主要包括全基因组测序(wgs)和靶向重测序(tngs)两种手段。

2、与全基因组测序不同，靶向重测序技术可以直接对待测样本中感兴趣的基因组进行靶向富集，将目标基因组与繁杂的背景核酸进行分离再测序。该方法更加地经济和高效，且具有更高的灵敏度以及后续的数据分析会更加便利。例如在临床样本测序数据中，人基因组背景数据可能高达99％，只有1％的数据是目的序列，因此需要大量的数据才能保证数据的准确性，如果对靶向序列进行富集，再单独测序，所需的数据量要求会显著降低，对应的在后续的分析中也能极大的简化相关工作。

3、因此，本领域需要一种组合物，其能对靶标进行富集，使得后续测序所需数据量显著降低，且能够简化分析，可以准确并高效的检测各种靶标。</p>

技术实现思路

1、有鉴于此，第一方面，本专利技术提供一种基于高通量扩增子测序检测真菌的组合物，包括如下所示引物组中的至少4个靶标：

2、如seq id no.1～6所示的扩增白色念珠菌的引物组；

3、如seq id no.7～12所示的扩增耶氏肺孢子菌的引物组；

4、如seq id no.13～18所示的扩增烟曲霉的引物组；

5、如seq id no.19～32所示的扩增近平滑念珠菌的引物组；

6、如seq id no.33～48所示的扩增热带念珠菌的引物组；

7、如seq id no.49～60所示的扩增光滑念珠菌的引物组；

8、如seq id no.61～66所示的扩增马尔尼菲篮状菌的引物组；

9、如seq id no.67～70所示的扩增黄曲霉的引物组；

10、如seq id no.71～76所示的扩增土曲霉的引物组；或者

11、如seq id no.77～80所示的扩增新生隐球菌的引物组。

12、进一步地，本专利技术提供一种基于高通量扩增子测序检测的组合物，包括如上所示引物组中的至少5个靶标。

13、进一步地，本专利技术提供一种基于高通量扩增子测序检测的组合物，包括如上所示引物组中的至少6个靶标。

14、进一步地，本专利技术提供一种基于高通量扩增子测序检测的组合物，包括如上所示引物组中的至少7个靶标。

15、进一步地，本专利技术提供一种基于高通量扩增子测序检测的组合物，包括如上所示引物组中的至少8个靶标。

16、进一步地，本专利技术提供一种基于高通量扩增子测序检测的组合物，包括如上所示引物组中的至少9个靶标。

17、使用本专利技术的组合物，能够在一管内同时扩增并富集多个靶标，使得后续测序所需数据量显著降低，分析工作简化，从而使得整个检测更加准确和效率。

18、需要说明的是，本领域技术人员知晓，如果10个靶标能同时在一管之内进行pcr扩增，那么这10个靶标中的任意组合(例如任意1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个)的靶标均能在一管之内进行pcr扩增，这是毫无疑问的。

19、更进一步地，本专利技术提供一种基于高通量扩增子测序检测的组合物，包括：

20、如seq id no.1～6所示的扩增白色念珠菌的引物组；

21、如seq id no.7～12所示的扩增耶氏肺孢子菌的引物组；

22、如seq id no.13～18所示的扩增烟曲霉的引物组；

23、如seq id no.19～32所示的扩增近平滑念珠菌的引物组；

24、如seq id no.33～48所示的扩增热带念珠菌的引物组；

25、如seq id no.49～60所示的扩增光滑念珠菌的引物组；

26、如seq id no.61～66所示的扩增马尔尼菲篮状菌的引物组；

27、如seq id no.67～70所示的扩增黄曲霉的引物组；

28、如seq id no.71～76所示的扩增土曲霉的引物组；以及

29、如seq id no.77～80所示的扩增新生隐球菌的引物组。

30、使用上述本专利技术的组合物，能够在一管内同时扩增并富集10个靶标，使得后续测序所需数据量显著降低，分析工作简化，从而使得整个检测更加准确和效率。

31、进一步地，所述引物组均带有接头序列，以方便测序。

32、更进一步地，上游引物接头序列为acacgacgctcttccgatct，下游引物接头序列为cttggcacccgagaattcca。

33、在一些具体的实施方案中，所述组合物的各成分存在于同一个包装中。

34、进一步地，本专利技术的组合物的各成分以混合的形式存在。

35、第二方面，本专利技术提供一种上述组合物用于制备高通量扩增子测序检测真菌的试剂盒中的用途。

36、第三方面，本专利技术提供一种高通量扩增子测序检测真菌的试剂盒，包括上述组合物。

37、进一步地，所述试剂盒还包括如下中的至少一种：核酸提取所需试剂、核酸扩增所需试剂、测序所需试剂。

38、进一步地，核酸提取所需试剂可以是从血液中提取dna的试剂。

39、进一步地，核酸扩增所需试剂包括dna聚合酶、dntp、缓冲液，和mg2+。

40、进一步地，测序所需试剂包括磁珠。

41、第四方面，本专利技术提供一种制备高通量扩增子测序检测真菌的组合物的用途，其中，所述检测包括：

42、1)提取或释放待测样本的核酸；

43、2)使用如上所述的组合物扩增，获得扩增产物；

44、3)处理扩增产物并建库；以及

45、4)测序并分析结果。

46、进一步地，所述扩增的条件为：

47、

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【技术保护点】

1.一种基于高通量扩增子测序检测真菌的组合物，包括如下所示引物组中的至少4个靶标：

2.根据权利要求1所述的组合物，其特征在于，包括如上所示引物组中的至少8个靶标。

3.根据权利要求2所述的组合物，其特征在于，包括

4.根据权利要求1～3中任一项所述的组合物，其特征在于，所述引物组均带有接头序列。

5.根据权利要求4所述的组合物，其特征在于，上游引物接头序列如SEQ ID NO.81所示：ACACGACGCTCTTCCGATCT，下游引物接头序列如SEQ ID NO.82所示：CTTGGCACCCGAGAATTCCA。

6.根据权利要求5所述的组合物，其特征在于，所述组合物的各成分以混合的形式存在。

7.如权利要求1～6中任一项所述的组合物用于制备高通量扩增子测序检测真菌的试剂盒中的用途。

8.一种高通量扩增子测序检测真菌的试剂盒，包括如权利要求1～6中任一项所述的组合物。

9.根据权利要求8所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括如下中的至少一种：核酸提取所需试剂、核酸扩增所需试剂、测序所需试剂。

10.一种制备高通量扩增子测序检测真菌的组合物的用途，其中，所述检测包括：

...

【技术特征摘要】

1.一种基于高通量扩增子测序检测真菌的组合物，包括如下所示引物组中的至少4个靶标：

2.根据权利要求1所述的组合物，其特征在于，包括如上所示引物组中的至少8个靶标。

3.根据权利要求2所述的组合物，其特征在于，包括

4.根据权利要求1～3中任一项所述的组合物，其特征在于，所述引物组均带有接头序列。

5.根据权利要求4所述的组合物，其特征在于，上游引物接头序列如seq id no.81所示：acacgacgctcttccgatct，下游引物接头序列如seq id no.82所示：cttggcaccc...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘佳，杨丽，谭涛，戴立忠，陈姮玉，邓小龙，
申请(专利权)人：圣维数智上海基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：

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