用于检测靶向基因变异和病毒基因组的系统及其制备和使用方法技术方案

本公开提供用于检测靶向基因变异和病毒基因组的系统及其制备和使用方法

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测靶向基因变异和病毒基因组的系统及其制备和使用方法

技术介绍

[0001]由于严重急性呼吸综合征相关冠状病毒
(SARS
‑
CoV)、
中东呼吸综合征相关冠状病毒
(MERS
‑
CoV)
和冠状病毒疾病
2019(COVID19)
相关冠状病毒
(SARS
‑
CoV
‑
2)
的大爆发，冠状病毒已成为近年来的重大公共卫生问题
。
对病毒筛查系统的需求大量增加，以识别潜在的感染者，阻止病毒的传播
。
目前冠状病毒检测的黄金标准仍然是实时
PCR
和逆转录酶
PCR(RT
‑
PCR)
测定
。
几种基于抗体的侧流测试也被使用，但是与基于
PCR
的测试相比，通常缺乏敏感性
。
然而，基于
PCR
的测定需要使用实验室设备如
PCR
机器，这限制了这些测试的可扩展性
。
[0002]老年人是冠状病毒感染风险最高的人群之一
。
冠状病毒感染的老年人的疾病严重程度和死亡率高
。
特别地，患有痴呆
(
例如阿尔茨海默病和帕金森病
)
的老年人，感染
、
传播感染和出现更严重疾病结果的风险更高
。
但是，在大流行期间，建议老年人不要去医院和诊所接受痴呆测试
。
有必要对有患痴呆风险的老年人进行筛查，在早期阶段保护他们免受冠状病毒感染
。
[0003]此外，由病毒感染触发的氧化应激是导致器官损伤和呼吸窘迫的途径之一
。
因此，应对氧化应激的系统较弱的人也可能容易受到冠状病毒感染
。
[0004]有研究揭示了不同的单核苷酸核苷酸多态性
(SNP)
如何影响痴呆的发展风险和具有较弱的抗氧化应激系统
。
因此，筛查个体基因组中这类
SNP
的存在可以有助于筛查和识别那些更容易受到冠状病毒感染的个体
。
[0005]等温扩增技术是可以利用具有链置换活性的
DNA
聚合酶在恒温下进行的核酸扩增反应
。
通过将引物
、
底物
、
具有链置换活性的
DNA
聚合酶和样品的反应混合物在恒温下温育
30
‑
60min
，可以在一个步骤中完成扩增
。
环介导的等温扩增
(LAMP)
是一种等温扩增技术，通过使用专门设计的4‑5种不同的引物识别靶基因区中的6‑8个不同区域，实现靶标特异性扩增
。
这增加
LAMP
的特异性
。LAMP
通常在单个反应中扩增目标拷贝
109‑
10
10
倍
。
广泛的扩增会产生大量的质子，并且可以显著影响
LAMP
反应混合物的
pH
值
。
因此，也有可能简单地通过使用
pH
指示剂来检测成功的
LAMP
反应，而不需要使用实验室设备来检测最终的
DNA
产物
。
[0006]总之，亟需开发用于筛查可能感染冠状病毒的个体以及用于筛查具有更高的痴呆风险和较弱的抗氧化应激系统的老年人的护理点方法
。LAMP
技术可能是一种很有前途的方法，通过设计针对冠状病毒基因组以及与阿尔茨海默病
、
帕金森病风险增加和抗氧化基因活性降低相关的
SNP
的特异性引物，用于国产试剂盒，以识别这类个体
。
由于
LAMP
不需要
PCR
机器，并且其结果可以通过比色变化来检测，所以它可以由未经培训的个体进行并用于护理点的场景
。

技术实现思路

[0007]在一些实施方案中，核酸筛查试剂盒可以包含：正向内侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.3、8、13、18、23、28、33、37、42、47、52、57、62
和
67
的核酸序列；以及反向内侧引物，其包含
选自
SEQ ID NO.4、9、14、19、24、29、34、38、43、48、53、58、63
和
68
的核酸序列
。
[0008]在一些实施方案中，核酸筛查试剂盒可以进一步包含：正向外侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.1、6、11、16、21、26、31、35、40、45、50、55、60
和
65
的核酸序列；以及反向外侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.2、7、12、17、22、27、32、36、41、46、51、56、61
和
66
的核酸序列
。
[0009]在一些实施方案中，核酸筛查试剂盒可以进一步包含
Loop
‑
F
引物，其包含选自
SEQ ID NO.5、10、15、20、25、30、39、44、49、54、59、64
和
69
的核酸序列
。
[0010]在一些实施方案中，核酸筛查试剂盒可以进一步包含逆转录酶
。
在一些实施方案中，核酸筛查试剂盒可以进一步包含
pH
指示剂
。
[0011]在一些实施方案中，核酸筛查试剂盒可以进一步包含以下的一种或多种：阳性对照样品；阴性对照样品；具有链置换活性的
DNA
聚合酶；
dNTP
；和反应缓冲液
。
[0012]在一些实施方案中，正向内侧引物包含
SEQ ID NO.3
的核酸序列；反向内侧引物包含
SEQ ID NO.4
的核酸序列；正向外侧引物包含
SEQ ID NO.1
的核酸序列；反向外侧引物包含
SEQ ID NO.2
的核酸序列
。
[0013]在一些实施方案中，核酸筛查试剂盒可以进一步包含
Loop
‑
F
引物，其包含
SEQ ID NO.5
的核酸序列
。
[0014]在一些实施方案中，检测受试者体内靶核苷酸序列的方法可以包含：制备反应混合物，其包含来自受试者的生物样品；正向内侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.3、8、13、18、23、28、33、37、42、47、52、57、62
和
67
的核酸序列；反向内侧引物，其包含选自<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.
一种核酸筛查试剂盒，其包含：正向内侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.3、8、13、18、23、28、33、37、42、47、52、57、62
和
67
的核酸序列；以及反向内侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.4、9、14、19、24、29、34、38、43、48、53、58、63
和
68
的核酸序列
。2.
权利要求1的核酸筛查试剂盒，其进一步包含：正向外侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.1、6、11、16、21、26、31、35、40、45、50、55、60
和
65
的核酸序列；以及反向外侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.2、7、12、17、22、27、32、36、41、46、51、56、61
和
66
的核酸序列
。3.
权利要求1的核酸筛查试剂盒，其进一步包含
Loop
‑
F
引物，其包含选自
SEQ ID NO.5、10、15、20、25、30、39、44、49、54、59、64
和
69
的核酸序列
。4.
权利要求2的核酸筛查试剂盒，其进一步包含
Loop
‑
F
引物，其包含选自
SEQ ID NO.5、10、15、20、25、30、39、44、49、54、59、64
和
69
的核酸序列
。5.
权利要求2的核酸筛查试剂盒，其进一步包含逆转录酶
。6.
权利要求2的核酸筛查试剂盒，其进一步包含以下的一种或多种：阳性对照样品；阴性对照样品；具有链置换活性的
DNA
聚合酶；
dNTP
；和反应缓冲液
。7.
权利要求6的核酸筛查试剂盒，其进一步包含逆转录酶
。8.
权利要求6的核酸筛查试剂盒，其进一步包含
pH
指示剂
。9.
权利要求2的核酸筛查试剂盒，其中：所述正向内侧引物包含
SEQ ID NO.3
的核酸序列；所述反向内侧引物包含
SEQ ID NO.4
的核酸序列；所述正向外侧引物包含
SEQ ID NO.1
的核酸序列；以及所述反向外侧引物包含
SEQ ID NO.2
的核酸序列
。10.
权利要求9的核酸筛查试剂盒，其进一步包含
Loop
‑
F
引物，其包含
SEQ ID NO.5
的核酸序列
。11.
一种检测受试者体内靶核苷酸序列的方法，所述方法包括：制备反应混合物，其包含：来自所述受试者的生物样品；正向内侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.3、8、13、18、23、28、33、37、42、47、52、57、62
和
67
的核酸序列；反向内侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.4、9、14、19、24、29、34、38、43、48、53、58、63
和
68
的核酸序列；
具有链置换活性的
DNA
聚合酶；
dNTP
；
pH
指示剂；以及反应缓冲液；温育反应混合物以产生温育混合物；以及测量温育混合物的浊度
、
荧光和比色变化中的一个或多个以确定结果，其中：浊度
、
荧光和比色变化中的一个或多个变化表示阳性结果，并且阳性结果表示靶核苷酸序列的存在
。12.
权利要求
11
的方法，其中所述反应混合物进一步包含：正向外侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.1、6、11、16、21、26、31、35、40、45、50、55、60
和
65
的核酸序列；以及反向外侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.2、7、12、17、22、27、32、36、41、46、51、56、61
和
66
的核酸序列
。13.
权利要求
12
的方法，其中所述反应混合物进一步包含
Loop
‑
F
引物，其包含选自
SEQ ID NO.5、10、15、20、25、30、39、44、49、54、59、64
和
69
的核酸序列
。14.
权利要求
13
的方法，其中：所述正向内侧引物包含
SEQ ID NO.3
的核酸序列；所述反向内侧引物包含
SEQ ID NO.4
的核酸序列；所述正向外侧引物包含
SEQ ID NO.1
的核酸序列；所述反向外侧引物包含
SEQ ID NO.2
的核酸序列；以及所述
Loop
‑
F
引物包含
SEQ ID NO.5
的核酸序列
。15.
一种检测受试者体内靶核苷酸序列的存在的核酸筛查试剂盒，所述核酸筛查试剂盒包含：第一反应管，其包含：正向内侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.3、8、13、18、23、28、33、37、42、47、52、57、62
和
67
的核酸序列；反向内侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.4、9、14、19、24、29、34、38、43、48、53、58、63
和
68
的核酸序列；具有链置换活性的
DNA
聚合酶；
dNTP
；以及
pH
指示剂；阳性对照管，其包含：正向内侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.3、8、13、18、23、28、33、37、42、47、52、57、62
和
67
的核酸序列；反向内侧引物，其包含选自
SEQ ID NO.4、9、14、19、24、29、34、38、43、48、53、58、63
和
68
的核酸序列；具有链置换活性的
DNA
聚合酶；
dNTP
；
...

【专利技术属性】
技术研发人员：文咏贤，马威，高全桂，
申请(专利权)人：环球生物科技再生医疗集团有限公司，
类型：发明
国别省市：