与大豆抗倒伏指数关联的单核苷酸突变位点制造技术

本发明专利技术属于分子遗传育种技术领域，具体为与大豆抗倒伏指数关联的单核苷酸突变位点

【技术实现步骤摘要】
与大豆抗倒伏指数关联的单核苷酸突变位点S08_40145372及其KASP标记、应用


[0001]本专利技术涉及分子遗传育种
，具体涉及与大豆抗倒伏指数关联的单核苷酸突变位点
S08_40145372
及其
KASP
标记
、
应用
。

技术介绍

[0002]植株倒伏在大豆生产过程中普遍发生，不仅对大豆高产
、
稳产和优质产生不良影响，同时也给机械化收割带来困难
。
大豆植株倒伏后，破坏群体空间结构
、
影响植株通风透气与光合作用，导致营养物质
、
光合产物的分配模式发生改变，荚数
、
粒数和粒重显著减少，造成产量下降
。
植株倒伏后与地面接触，更易受病菌
、
害虫侵害，加之营养物质和光合产物分配失调，造成籽粒皱缩
、
蛋白质和脂肪含量下降，部分豆荚直接接触地面或浸在水中而引致发芽或霉变，严重影响大豆籽粒的外观和内在品质
。
[0003]选育和应用抗倒伏大豆新品种是增加种植密度
、
防止植株倒伏发生
、
提升大豆产量的根本措施之一
。
传统耐密抗倒伏大豆育种是根据育种后代抗倒伏指数进行的单株选择，这种方式不仅费时耗力而且易受环境干扰准确性不高
。
利用目标基因存在的碱基差异，开发特异性分子标记进行辅助选择是提高抗倒伏大豆后代选择效率的最佳方法
。
分子标记在作物育种中具有早期选择
、
不受环境影响以及准确
、
快速
、
高效的优势，已成为一种准确
、
高效的工具
。
其中，竞争性等位基因特异性
PCR
技术
(Kompetitive Allele Specific PCR
，
KASP)
是建立在等位基因特异性扩增
(Amplification Refractory Mutation System
，
ARMS)
和高灵敏度的荧光检测基础之上的一种新型单核苷酸突变位点分型方法
。
其原理是针对等位基因单核苷酸突变位点位点设计两个正向引物和一个通用反向引物，每条正向引物都有特异性序列，可与不同荧光标记结合
。
带有与不同荧光结合序列的正向引物与通用反向引物
PCR
扩增样品的
DNA
，其等位变异就可以通过不同的荧光信号得以反映
。
[0004]大豆倒伏是受气候
、
生态
、
栽培措施和遗传等因素共同调控的复杂性状，遗传特性较为复杂
。
大豆倒伏受环境影响严重，性状遗传不稳定且描述和统计难度大，目前对大豆抗倒伏性状的基因位点定位研究较少
。
由于与株高
、
结荚习性
、
茎秆强度和粗细等性状有关的基因均与大豆抗倒伏性紧密关联，这也导致现已定位的大豆抗倒伏基因区间较大，未能准确定位
。

技术实现思路

[0005]为解决上述技术问题，本专利技术提供了与大豆抗倒伏指数关联的单核苷酸突变位点
S08_40145372
及其
KASP
标记
、
应用
。
[0006]与大豆抗倒伏指数关联的单核苷酸突变位点
S08_40145372
位于大豆基因组
v4.0
的8号染色体
40,145,372bp
位置，发生了碱基
G
至
A
的转换
。
[0007]KASP
标记，
KASP
标记包含所述的单核苷酸突变位点
S08_40145372
，所述
KASP
标记的核苷酸序列如
SEQ ID NO.1
所示
。
[0008]优选的，所述
KASP
分子标记的引物序列为：
[0009]上游引物
F1
：5’‑
gaaggtgaccaagttcatgctgttgtcggcaaattccacatttttcta
‑3’
；
[0010]上游引物
F2
：5’‑
gaaggtcggagtcaacggattgttgtcggcaaattccacatttttctg
‑3’
；
[0011]下游引物
R
：5’‑
tacaatctcaaatgtgtgattgtggtga
‑3’
。
[0012]所述的与大豆抗倒伏指数关联的单核苷酸突变位点
S08_40145372
在大豆耐密抗倒伏性状的辅助选择育种中的应用
。
[0013]所述的
KASP
分子标记在大豆耐密抗倒伏性状的辅助选择育种中的应用
。
[0014]优选的，大豆耐密抗倒伏性状辅助选择育种的步骤，包括以下步骤：
[0015](6.1)
提取大豆植株基因组
DNA
；
[0016](6.2)
以
(6.1)
提取的
DNA
为模板，采用所述
KASP
分子标记的引物进行
PCR
扩增，得到
PCR
产物；
[0017](6.3)
根据
PCR
产物判断单核苷酸突变位点基因型；
[0018](6.4)
根据基因型在不同分离世代选择得到大豆抗倒伏单株或株系
。
[0019]优选的，
(6.2)
中
PCR
反应体系：
20ng/
μ
L
的大豆样品
DNA
模板，2μ
L
；2×
KASP Mastermix
，5μ
L
；
KASPAssayMix
为，
F1:F2:R
＝
2:2:5
，
0.14
μ
L
；水
2.9
μ
L。PCR
循环反应程序设置如下：
94℃
预变性
15min
；
94℃
变性
20sec
，
61
～
55℃
复性
/
延伸
1min
，每一个循环降低
0.6℃
，
10
个循环；
94℃
变性
20s本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
与大豆抗倒伏指数关联的单核苷酸突变位点
S08_40145372
，其特征在于，与大豆抗倒伏指数关联的单核苷酸突变位点
S08_40145372
位于大豆基因组
v4.0
的8号染色体
40,145,372bp
位置，发生了碱基
G
至
A
的转换
。2.KASP
分子标记，其特征在于，
KASP
分子标记包含所述的单核苷酸突变位点
S08_40145372
，所述
KASP
分子标记核苷酸序列如
SEQ ID NO.1
所示
。3.
根据权利要求2所述的
KASP
分子标记，其特征在于，所述
KASP
分子标记的引物序列为：上游引物
F1
：5’‑
gaaggtgaccaagttcatgctgttgtcggcaaattccacatttttcta
‑3’
；上游引物
F2
：5’‑
gaaggtcggagtcaacggattgttgtcggcaaattccacatttttctg
‑3’
；下游引物
R
：5’‑
tacaatctcaaatgtgtgattgtggtga
‑3’
。4.
权利要求1所述的与大豆抗倒伏指数关联的单核苷酸突变位点
S08_40145372
在大豆耐密抗倒伏性状的辅助选择育种中的应用
。5.
权利要求2所述的
KASP
分子标记在大豆耐密抗倒伏性状的辅助选择育种中的应用
。6.
根据权利要求5所述的
KASP
分子标记在大豆耐密抗倒伏性状的辅助选择育种中的应用，其特征在于，大豆耐密抗倒伏性状辅助选择育种的步骤，包括以下步骤：提取大豆植株基因组
DNA
；以提取的
DNA
为模板，采用所述
KASP
分...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈亮，王跃强，邱红梅，陈健，侯云龙，崔正果，刘德泉，王新风，胡金海，马晓萍，
申请(专利权)人：吉林省农业科学院中国农业科技东北创新中心，
类型：发明
国别省市：