一种检测紫茄果皮着色深度的分子标记及引物制造技术

本发明专利技术公开了一种用于检测紫茄果皮着色深度的SNP分子标记Smfpci1。所述的SNP分子标记Smfpci1位于茄子10号染色体的第89019916位碱基，上游引物序列为SEQ ID NO：1，下游引物1序列为SEQ ID NO：2，下游引物2序列为SEQ ID NO：3。本发明专利技术是基于紫茄果皮着色深度QTL定位结果开发的SNP分子标记，检测周期短，通量高。本发明专利技术用于紫茄育种材料中果皮着色深浅的高效选择，可以进行快速检测，提高育种效率。提高育种效率。提高育种效率。

【技术实现步骤摘要】
一种检测紫茄果皮着色深度的分子标记及引物


[0001]本专利技术涉及一种检测紫茄果皮着色深度的分子标记及引物，属于植物育种
，专用于紫茄育种材料中果皮着色深浅的分子检测。

技术介绍

[0002]茄子是我国栽培较广的茄果类蔬菜之一，它不仅具有较高的营养价值，且食用方法也多种多样，是一种可以鲜干结合、周年供应、经济实惠的大宗蔬菜，深受广大生产者和消费者的欢迎。
[0003]根据茄子果皮颜色的不同，茄子主要可分为紫茄、红茄、绿茄和白茄四种类型，其中紫茄是中国生产和消费的主要类型。果皮着色深度是紫茄重要的商品品质性状。然而，随着设施栽培的发展，商品果着色不良已成为我国紫长茄品种设施生产的瓶颈。因此，选育着色深的紫茄品种对茄子优质高效生产具有重要的意义。
[0004]果皮着色深度是一个复杂性状，花青素是决定茄子果皮着色深浅的主要色素，品种间果皮着色深浅差异形成的遗传基础研究十分缺乏。常规育种过程中，果皮着色深浅的鉴定所需时间长，缺乏高效检测的分子标记。因此，迫切需要建立一种高效稳定可靠的紫茄果皮着色深度鉴定与选育的技术方法。

技术实现思路

[0005]针对上述问题，本专利技术在对紫茄果皮着色深度QTL定位的基础上，研究开发了一种与紫茄果皮着色深度紧密连锁的高通量SNP分子标记Smfpci1，用于对紫茄果皮着色深度的分子检测。
[0006]技术方案
[0007]一种检测紫茄果皮着色深度的分子标记，其特征在于，所述的SNP标记Smfpci1位于茄子基因组的10号染色体89019916位置的碱基为G或A。所述SNP标记处碱基是G的为紫茄果皮着色深的材料，所述的SNP标记处碱基是A的为紫茄果皮着色浅的材料。
[0008]所述的分子标记Smfpci1的PCR特异性引物，其特征在于：上游引物为SEQ IDNO：1，下游引物1为SEQ ID NO：2，下游引物2为SEQ ID NO：3。
[0009]所述的分子标记Smfpci1的PCR特异性引物，其特征在于：所述下游引物1和下游引物2的5
’
端加有荧光标签序列。
[0010]所述的分子标记Smfpci1的PCR特异性引物，其特征在于：所述下游引物1的5
’
端加有FAM荧光标签序列，所述下游引物2的5
’
端加有HEX荧光标签序列。
[0011]所述的分子标记Smfpci1的PCR特异性引物，其特征在于：所述FAM荧光标签序列为5
’‑
GAAGGTGACCAAGTTCATGCT
‑3’
，HEX荧光标签序列为5
’‑
GAAGGTCGGAGTCAACGGATT
‑3’
。
[0012]有益效果
[0013]本专利技术以果皮着色深的自交系EP26和果皮着色浅的自交系EP28构建的F2群体为基础，将控制果皮着色深度的QTL定位至Ch10染色体上，通过序列分析设计了一个和果皮着
色深度紧密连锁的SNP分子标记Smfpci1。本专利技术可以在苗期对紫茄果皮着色深度进行快速检测，提高育种效率。
附图说明
[0014]图1紫茄果皮着色深度的QTL定位结果；
[0015]图2分子标记Smfpci1在亲本EP26与EP28杂交F2分离群体中的检测。
具体实施方式
[0016]以下结合具体实施例，对本专利技术进行详细说明。
[0017]实施例1紫茄果皮着色深度分子标记的获得
[0018]1、群体构建与表型鉴定
[0019]群体母本为纯合的茄子高代自交系EP26，父本为纯合的茄子高代自交系EP28，将EP26和EP28进行杂交，得到F1再自交后得到F2分离群体。在群体材料开花结果后，利用日本Minolata色差仪对其果皮着色深度进行表型鉴定：每株取4个正常商品果进行测定，每果测定向光面上、中、下3个点，以3个点平均值作为该果实的测定值，以4个果实的平均值作为单株性状值。
[0020]2、控制紫茄果皮着色深度的QTL定位
[0021]提取亲本和F2分离群体的120个单株的DNA，利用全基因组重测序技术对亲本间多态性标记开发，并构建高密度遗传图谱。根据120个单株的表型鉴定结果，将控制果皮着色深度的主效QTL定位在10号染色体(图1)。
[0022]3、紫茄果皮着色深度的精细定位
[0023]为了缩小初定位区间大小，结合茄子基因组数据(http://doi.org/10.1038/s41598
‑
019
‑
47985
‑
w)，在初定位区域内设计了11个SNP分子标记，并利用这些标记在F2分离群体中筛选重组交换单株，以期缩小候选区域，最终筛选出一个与果皮着色深度紧密连锁的SNP分子标记。
[0024]4、与紫茄果皮着色深度连锁的SNP标记开发
[0025]根据紫茄果皮着色深度定位的结果，依据SNP突变信息特点，设计了Smfpci1的特异性PCR引物，包括上游引物、下游引物1和下游引物2。两条下游引物末端为等位变异碱基C/T，下游引物的5
’
端带有荧光标签序列，其中下游引物1的5
’
端带有FAM荧光标签序列5
’‑
GAAGGTGACCAAGTTCATGCT
‑3’
，下游引物2的5
’
端带有HEX荧光标签序列5
’‑
GAAGGTCGGAGTCAACGGATT
‑3’
。
[0026]实施例2Smfpci1分子标记对紫茄果皮着色深浅的材料进行检测
[0027]1、采用CTAB法提取用于鉴定的亲本EP26和EP28及其杂交F2分离群体的120个单株叶片基因组DNA。
[0028]2、PCR扩增反应体系如下：2
×
PARMS master mix缓冲液5μL，上游引物10.15μL，上游引物20.15μL，下游引物0.4μL，DNA 10
‑
100ng，加ddH2O至10μL。PCR扩增反应条件为：94℃预变性15分钟；94℃变性20秒，65℃退火延伸1分钟(每循环降0.8度)，10个循环；94℃变性20秒，57度延伸1分钟，30个循环，最后降温到10℃。实验设置空白对照。
[0029]3、在亲本EP26和EP28及其120个F2杂交分离群体中，对Smfpci1标记进行检测，使
用TECAN infinite M1000酶标仪读取荧光信号，得到清晰直观的分型图，根据颜色不同，输出基因型结果。在坐标轴原点附近显示的灰色散点为空白对照，在横坐标轴附近显示的蓝色散点表示仅检测到FAM荧光，红色原点表示同时检测到FAM荧光和HEX荧光的杂合信号。Smfpci1位于茄子10号染色体第89019916位碱基，所述89019916位碱基为G时，检测信号为蓝色，与亲本EP26基因型一致。所述89019916位碱本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测紫茄果皮着色深度的SNP分子标记Smfpci1，其特征在于，所述的SNP标记Smfpci1位于茄子基因组的10号染色体89019916位置的碱基为G或A。所述SNP标记处碱基是G的为果皮着色深的紫茄材料，所述的SNP标记处碱基是A的为果皮着色浅的紫茄材料。2.根据权利要求1所述的Smfpci1分子标记的PCR特异性引物，其特征在于：上游引物为SEQ IDNO：1，下游引物1为SEQ ID NO：2，下游引物2为SEQ ID NO：3。3.根据权利要求2所述的Smfpci1分子标记的PCR特异性引物，其特征在于，所述下游引物1和下游引物2的5
’
端加有荧...

【专利技术属性】
技术研发人员：周晓慧，刘松瑜，刘军，杨艳，庄勇，
申请(专利权)人：江苏省农业科学院，
类型：发明
国别省市：