一种与文心兰花梗直径相关的制造技术

本发明专利技术公开了一种与文心兰花梗直径相关的

【技术实现步骤摘要】
一种与文心兰花梗直径相关的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术属于遗传育种和分子生物学
，具体涉及一种与文心兰花梗直径相关的
SNP
分子标记及其应用
。

技术介绍

[0002]文心兰
(Oncidium hybridum)
属于兰科，其中包含超过
750
个原生种，花朵形态优雅，就像一位舞姿轻盈的少女，因此也常被人们叫做“跳舞兰”或“吉祥兰”，其在兰科中占据着重要的地位
。
文心兰原产地为中南美地区的巴西
、
墨西哥和圭亚那等地，主要分布于热带地区，作为世界上最重要的切花品种之一，自上世纪
90
年代在我国引种栽培后，全国的切花产业逐步扩增，而栽培品种的选择关系到切花的产量和品质
。
文心兰切花的等级取决于花梗的质量，在海南省
《
文心兰切花产品质量等级标准
》
中，明确要求鲜切花需要拥有完整的外观
、
清新的香气和坚韧的花梗，在外观完整的前提下，花梗质量越好，切花价值越高
。
[0003]花梗的直径是指花梗的横截面直径，即从一侧到另一侧的最宽距离
。
花梗的直径可以根据具体情况而有所变化，不同植物的花梗直径范围也有所差异
。
鲜切花对花梗直径的要求通常取决于花朵的大小和重量，较粗的花梗通常能够提供更好的支撑力，使花朵能够保持直立而不容易倒伏或折断
。
同时，一般需要较粗的花梗来确保花朵的稳定性；花梗是输送水分和养分到花朵中的通道，较粗的花梗通常能够提供更多的水分和养分，这对于保持花朵的新鲜度和寿命非常重要；较粗的花梗有助于减缓水分蒸发和养分流失，从而延长花朵的寿命
。
花梗直径的适当大小可以确保花朵在切花后能够保持新鲜和持久的花期
。
因此，筛选粗梗文心兰品种，有利于文心兰鲜切花市场的发展，具有重要的育种价值
。
[0004]全基因组关联分析
(Genome
‑
wide association studies,GWAS)
是一种常用的遗传学研究方法，用于寻找基因与特定性状之间的关联
。
单核苷酸多态性
(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)
是遗传学中常见的变异形式，它指的是基因组中单个核苷酸发生变异的位置
。GWAS
和
SNP
之间存在密切的关系，在
GWAS
中会检测出大量的
SNP
，以寻找与感兴趣的性状之间的关联
。
通过比较携带不同
SNP
变异的个体之间的差异，可以确定某些
SNP
与特定性状的关联程度，同时
SNP
也是基因组关联研究中最常用的标记
。

技术实现思路

[0005]有鉴于此，本专利技术旨在通过
GWAS
开发出与文心兰花梗直径关联的
SNP
标记，以促进文心兰鲜切花品种的选育
。
[0006]本专利技术第一方面提供了一个与文心兰花梗直径相关的
SNP
分子标记，该分子标记的核苷酸序列如
SEQ ID NO.1
所示，其中
SNP
位点为
SEQ ID NO.1
所示序列的第
401bp
处，具有
G/A
多态性
。
[0007]本专利技术通过
106
份文心兰种质资源的简化基因组测序数据，结合文心兰花梗直径的表型数据进行全基因组关联分析，定位筛选出与花梗直径相关的分子标记，研究发现其中位于第
05
号染色体的
56360532bp
位置处的
SNP
分子标记
Orc.chr05:p56360532
对文心兰
花梗直径的贡献率高，在文心兰花梗直径的调控起着关键作用
。
[0008]本专利技术第二方面提供了一种开发获取上述
SNP
分子标记的方法，包括以下步骤：
[0009]a)
利用来自不同地区存在遗传性差异的文心兰材料构成关联群体；
[0010]b)
提取关联群体的每份材料的叶片总
DNA
，然后用对群体的
DNA
进行简化基因组测序鉴定群体
SNP
基因型信息；
[0011]c)
通过对
SNP
数据质量过滤筛选高质量群体
SNP
数据集；
[0012]d)
调查关联群体中文心兰材料的花梗直径表型数据；
[0013]e)
结合基因型和花梗直径表型数据，进行全基因组关联分析，鉴定花梗直径显著相关的
QTL
位点，得到与文心兰花梗直径性状相关的
SNP
分子标记；
[0014]在上述方法中，步骤
d)
至少要调查连续两年的花梗直径表型数据
。
[0015]本专利技术第三方面提供了本专利技术所述
SNP
分子标记的应用，为
A)
或
B)
：
[0016]A)
检测或鉴定文心兰花梗直径的粗细；
[0017]B)
文心兰花梗直径的育种
。
[0018]本专利技术第四方面提供了一种在苗期或无花期检测或鉴定文心兰花梗直径粗细的方法，包括以下步骤：
[0019]S1、
提取待测文心兰材料的基因组
DNA
；
[0020]S2、
以
S1
所述基因组
DNA
为模板，扩增得到包含
SEQ ID NO.1
所示序列的目标片段后进行测序，或者直接以基因组
DNA
进行简化基因组测序，以确定待测文心兰材料在
SEQ ID NO.1
所示序列第
401bp
处的碱基类型
。
[0021]在上述方法中，若待测文心兰材料的碱基类型为
GG
时，该材料为细花梗，花梗细弱柔软；若待测文心兰材料的碱基类型为
AA
时，该材料的花梗直径粗壮，具有较强的支撑力
。
[0022]优选地，在上述方法中，步骤
S2
采用如
SEQ ID NO.2
～3所示的引物进行扩增
。
更加优选地，步骤
S2
中的
PCR
扩增体系为：
50ng/
μ
L
模板
DNA 1
μ
L
，2×
PCR Master本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种与文心兰花梗直径相关的
SNP
分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如
SEQ ID NO.1
所示，其中
SNP
位点为
SEQ ID NO.1
所示序列的第
401bp
处，具有
G/A
多态性
。2.
一种获取权利要求1所述
SNP
分子标记的方法，其特征在于，包括以下步骤：
a)
利用来自不同地区存在遗传性差异的文心兰材料构成关联群体；
b)
提取关联群体的每份材料的叶片总
DNA
，然后用对群体的
DNA
进行简化基因组测序鉴定群体
SNP
基因型信息；
c)
通过对
SNP
数据质量过滤筛选高质量群体
SNP
数据集；
d)
调查关联群体中文心兰材料的花梗直径表型数据；
e)
结合基因型和花梗直径表型数据，进行全基因组关联分析，鉴定花梗直径显著相关的
QTL
位点，得到与文心兰花梗直径相关的
SNP
分子标记
。3.
如权利要求1所述
SNP
分子标记在检测或鉴定文心兰花梗直径中的应用
。4.
一种在苗期或无花期检测或鉴定文心兰花梗直径的方法，其特性在于，包括以下步骤：
S1、
提取待测文心兰材料的基因组
DNA
；
S2、
...

【专利技术属性】
技术研发人员：凌鹏，郭璁，唐敏强，张叶，胡旭，刘乐，谢尚潜，
申请(专利权)人：海南大学，
类型：发明
国别省市：