用于检测牛制造技术

本发明专利技术公开了用于检测牛

【技术实现步骤摘要】
用于检测牛10种遗传缺陷基因的ARMS
‑
PCR引物组合及试剂盒


[0001]本专利技术属于分子生物
，具体地说，涉及用于检测牛
10
种遗传缺陷基因的
ARMS
‑
PCR
引物组合及试剂盒
。

技术介绍

[0002]近年来，奶牛的高强度选择，使得重要经济性状取得了显著的遗传进展
。
然而，育种过程中，仅在少数优秀家系中选择种公牛，导致后代近交程度增加，有害突变积累
。
科学家们在过去
20
多年里，在荷斯坦牛中先后发现了多种遗传缺陷基因，包括白细胞黏附缺陷
(bovine leukocyte adhesion deficiency
，
BLAD
；
Shuster et al.1992)
，脊柱畸形综合征
(complex vertebral malformation
，
CVM
；
Agerholm et al.2001)
，短脊柱畸形综合征
(Brachyspina
，
BS
；
Charlier et al.2012)
等
。
随着基因组检测技术发展，大量基因组数据分析显示，在荷斯坦牛群中存在一些频率较高但是从未纯合的单倍型，一旦纯合就会造成胚胎早期死亡或者初生犊牛死亡，其中包括荷斯坦牛遗传缺陷单倍型
HH1、HH2、HH3(Holstein haplotype
；
VanRaden et al.,2011)
，
HH4(Fritz et al.,2013)
，
HH5(Cooper et al.,2013)、HH6(Fritz et al.,2018)
和
HCD(haplotype for cholesterol deficiency
；
Kipp et al.,2015)。
[0003]上述
10
种遗传缺陷基因呈现隐性遗传模式，即携带者本身表现正常，但如果携带者公牛和携带者母牛交配，其
1/4
后代为缺陷基因纯合子，表现为胚胎早期死亡或者初生牛犊死亡
。
因此，为了实现牛群改良，需要及时检测和发现遗传缺陷携带者，逐步淘汰携带者，同时采用科学手段避免携带者之间的交配
。
[0004]针对致因突变已知的遗传缺陷，基于变异类型特点，可通过多种检测方法在
DNA
水平检测其携带者
。
目前已报道多种遗传缺陷位点的检测方法，例如，采用
PCR
‑
RFLP
方法检测
HH4(Fritz et al.,2013
；
Kumar et al.,2020)
，利用
TaqMan
探针和特异性引物进行实时
PCR
检测
CVM
和
BLAD(Zhang et al.,2012)
，通过
PCR
产物电泳的方法检测
BS(Charlier et al.,2012
；
Fang et al.,2013)、HCD(Menzi et al.,2016
；
Sch
ü
tz et al.,2016)
和
HH5(Sch
ü
tz et al.,2016)。
[0005]除上述描述的针对单个致因突变位点的检测方法，
KASP
和
ARMS
‑
PCR
方法可实现多位点联合检测方法
。
虽然两种方法均是基于
PCR
的基因分型技术，但相较于
KASP
，
ARMS
‑
PCR
方法具备效率高
、
成本低
、
操作简便
、
准确性高等特点，更适用于大规模样本的基因分型检测
。
因此，利用
ARMS
‑
PCR
方法实现一次反应筛选多个遗传缺陷位点，能够准确
、
快速鉴定出有害突变，为选育更健康的动物提供了可能
。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的是提供用于检测牛
10
种遗传缺陷基因的
ARMS
‑
PCR
引物组合及试剂盒
。
[0007]为了实现本专利技术目的，第一方面，本专利技术提供一套用于检测牛
10
种遗传缺陷基因
HIDI(
高度去离子甲酰胺，
ABI
公司
)
及
0.2
μ
L LIZ500
分子量内标
(ABI
公司
)
，混合静置数分钟，
95℃
变性3分钟，立即冰浴3分钟，离心后放入
ABI3730
测序仪中，准备检测
。
[0022]借由上述技术方案，本专利技术至少具有下列优点及有益效果：
[0023](
一
)
本专利技术通过优化引物序列，在
ARMS
引物序列中引入错配碱基，提高引物的特异性，使检测结果准确可靠
。
[0024](
二
)
反复优化多重
PCR
体系，通过调整优化各位点
PCR
引物的浓度，优化
PCR
扩增程序，使
10
个位点可以在同一个体系中同时完成
PCR
扩增，大幅提高了检测效率，操作方法简单，检测耗时短
。
[0025](
三
)
优化设计各位点的
PCR
产物长度，借助不同的荧光和
PCR
产物长度，使
10
个位点通过单次毛细管电泳即可区分基因型，实现了高效检测
。
[0026](
四
)
检测灵敏度高，低至
2ng
的
DNA
模板量可以得到准确分型
。
附图说明
[0027]图1是本专利技术试剂盒检测的
HH1
遗传缺陷位点携带者的结果
。
[0028]图2是本专利技术试剂盒检测的
HH2
遗传缺陷位点携带者的结果
。
[0029]图3是本专利技术试剂盒检测的
HH3
遗传缺陷位点携带者的结果
。
[0030]图4是本专利技术试剂盒检测的
HH4
遗传缺陷位点携带者的结果...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
用于检测牛
10
种遗传缺陷基因的
ARMS
‑
PCR
引物组合，其特征在于，所述引物组合包括
10
组，其中，第一组引物如
SEQ ID No:1
‑3所示，用于检测奶牛缺陷单倍型
HH1
所对应的遗传缺陷基因位点；第二组引物如
SEQ ID No:4
‑6所示，用于检测奶牛缺陷单倍型
HH2
所对应的遗传缺陷基因位点；第三组引物如
SEQ ID No:7
‑9所示，用于检测奶牛缺陷单倍型
HH3
所对应的遗传缺陷基因位点；第四组引物如
SEQ IDNo:10
‑
12
所示，用于检测奶牛缺陷单倍型
HH4
所对应的遗传缺陷基因位点；第五组引物如
SEQ ID No:13
‑
15
所示，用于检测奶牛缺陷单倍型
HH5
所对应的遗传缺陷基因位点；第六组引物如
SEQ ID No:16
‑
18
所示，用于检测奶牛缺陷单倍型
HH6
所对应的遗传缺陷基因位点；第七组引物如
SEQ ID No:19
‑
21
所示，用于检测胆固醇缺失症所对应的遗传缺陷基因位点；第八组引物如
SEQ ID No:22
‑
24
所示，用于检测奶牛白细胞粘附缺陷所对应的遗传缺陷基因位点；第九组引物如
S...

【专利技术属性】
技术研发人员：张毅，代冬梅，李尚桐，陈拼，肖炜，李凯扬，
申请(专利权)人：北京格致博雅生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：