棉花皱叶控制基因制造技术

本发明专利技术属于棉花叶型品种选育技术领域，涉及一种棉花皱叶控制基因

【技术实现步骤摘要】
棉花皱叶控制基因GhZY、连锁SNP位点及其应用


[0001]本专利技术涉及一种棉花叶型品种选育
，特别涉及一种棉花皱叶控制基因
GhZY、
连锁
SNP
位点及其应用
。

技术介绍

[0002]棉花是重要的经济作物之一，不仅是纺织工业原料，更是重要的战略物资，在国民经济发展中占有重要地位
。
棉花全基因组序列的发布，极大促进了棉花分子生物学研究，为分子设计辅助育种提供了坚实的基础
。
进一步明确基因功能，寻找控制棉花重要性状的关键基因，是目前棉花分子生物学的首要内容
。
[0003]国内外学者对陆地棉栽培品种遗传多样性的鉴定，发现现今主要陆地棉栽培品种的遗传背景狭窄，这对新栽培品种的培育带来了巨大的挑战
。
在一定程度上，棉花种质的遗传多样性的高低决定着新品种培育的难易，因此提高陆地棉栽培种的遗传多样性是培育棉花新品种的首要任务
。
突变体库的构建则是创造棉花新的种质资源的有利途径
。
突变体是发现新基因
、
揭示基因功能的理想材料
。
功能基因组学是以鉴定基因功能为目标，目的是揭示基因与性状之间关系
。
随着基因组测序工作的大规模发展，大量核酸序列信息的获取，仅通过对自然突变获得的突变体进行基因功能的研究远远不能满足分子生物学的研究需求
。
[0004]棉花的皱叶性状为叶脉之间紧密连结，导致呈现皱叶状态，并在背部皱叶区域长出叶片，表型和棉花曲叶病性状相近
。
皱叶棉花的品质和产量都不如正常叶棉花，其属于非优质棉花种质资源
。
正常叶参见图
1A
和皱叶参见图
1B。
[0005]克隆基因是寻找与目标性状连锁的分子标记最重要的应用之一
。
图位克隆
(Mapbased cloning)
是利用分子遗传图谱，把目标性状和分子标记通过遗传连锁作图联系起来，把目标基因定位在与之连锁非常紧密的侧翼标记之间；也可以用群体分离分析法
(BSA
法
)
或近等基因系法得到与目标基因连锁的分子标记，然后利用作图群体把该分子标记定位到图谱上
。
然后由这些标记去筛选大片段
DNA
文库，鉴定出与标记有关的克隆，继之以亚克隆和染色体步移
(Chromosome walking)
形式获得含有目的基因的克隆片段，最终再辅之以转化和互补测验加以验证
。
目前，运用基于图位克隆技术已分离到了大量的植物基因，但未见有关控制棉花皱叶的基因被成功克隆的报道
。

技术实现思路

[0006]针对现有技术的缺陷，本专利技术的目的之一在于提供一种棉花皱叶控制基因
GhZY、
控制棉花皱叶性状的蛋白质以及相关材料和应用
。
[0007]本专利技术第二个目的在于提供一种棉花皱叶控制基因
GhZY
连锁
SNP
位点
。
[0008]根据该
SNP
位点，本专利技术的目的之三在于提供用于检测上述
SNP
位点的多态性或基因型的引物对
。
[0009]本专利技术的目的之四在于提供用于检测棉花皱叶控制基因
GhZY
连锁
SNP
位点的多态性或基因型的物质
。
[0010]本专利技术的目的之五在于提供上述
SNP
位点
、
引物对和物质的用途
。
[0011]本专利技术的目的之六在于提供一种鉴定或辅助鉴定棉花皱叶或正常叶的方法
。
[0012]本专利技术所述棉花皱叶控制基因
GhZY
连锁
SNP
位点位于棉花参考基因组
D
亚组第
12
号染色体上的第
61394027
位核苷酸（或者说是，
SNP
位点位于序列表序列6中第
1734
位），所述棉花皱叶控制基因
GhZY
连锁
SNP
位点的碱基为
G
或
A。
针对该
SNP
位点，本专利技术提供了如下几个技术方案：第一方面，本专利技术提供用于检测棉花皱叶控制基因
GhZY
连锁
SNP
位点的多态性或基因型的引物对，所述棉花皱叶控制基因
GhZY
连锁
SNP
位点位于棉花参考基因组
Ghir.ZJU
（
https://cottonfgd.net/about/download/assembly/ genome.Ghir.ZJU. fa.gz
）的
D
亚组第
12
条染色体的第
61394027
位核苷酸，所述棉花皱叶控制基因
GhZY
连锁
SNP
位点的碱基为
G
或
A。
[0013]进一步地，所述引物对包括：上游引物
ZY
‑
F
，其核苷酸序列为如下（1）或（2）：（1）如序列表中序列1所示（即
AGCCTTTGGGTGAGGGTCTA
），（2）序列1中的一个或几个核苷酸经取代
、
缺失或增加后获得的与序列1具有相同功能的序列；下游引物
TM
‑1‑
R
，其核苷酸序列为如下（3）或（4）：（3）如序列表中序列2所示（即
ACCTTCACACGATCAGCATCAG
），（4）序列2中的一个或几个核苷酸经取代
、
缺失或增加后获得的与序列2具有相同功能的序列
。
[0014]上游引物
ZY
‑
F
中的（2）所要表达的是，序列1的核苷酸序列中有
1、2
或3个被其它核苷酸取代或者缺失，或者序列1中增加了
1、2
或3个核苷酸后得到的新的序列仍然可以用于扩增上述
SNP
位点
。
[0015]下游引物
TM
‑1‑
R
中的（2）所要表达的是，序列2的核苷酸序列中有
1、2
或3个被其它核苷酸取代或者缺失，或者序列1中增加了
1、2
或3个核苷酸后得到的新的序列仍然可以用于扩增上述
SNP
位点
。
[0016]第二方面，本专利技术提供一种用于检测棉花皱叶控制基因
GhZY
连锁
SNP
位点的多态性或基因型的物质，所述物质包括：上述引物对，以及
XbaI...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
用于检测棉花皱叶控制基因
GhZY
连锁
SNP
位点的多态性或基因型的引物对，其特征在于，所述棉花皱叶控制基因
GhZY
连锁
SNP
位点位于棉花参考基因组
Ghir.ZJU
的
D
亚组第
12
号染色体上的第
61394027
位核苷酸，所述棉花皱叶控制基因
GhZY
连锁
SNP
位点的碱基为
G
或
A
；所述引物对包括：上游引物
ZY
‑
F
，其核苷酸序列为如下（1）或（2）：（1）如序列表中序列1所示，（2）序列1中的一个或几个核苷酸经取代
、
缺失或增加后获得的与序列1具有相同功能的序列；下游引物
TM
‑1‑
R
，其核苷酸序列为如下（3）或（4）：（3）如序列表中序列2所示，（4）序列2中的一个或几个核苷酸经取代
、
缺失或增加后获得的与序列2具有相同功能的序列
。2.
用于检测棉花皱叶控制基因
GhZY
连锁
SNP
位点的多态性或基因型的物质，其特征在于，所述物质包括：权利要求1所述的引物对，以及
XbaI
限制性内切酶；所述棉花皱叶控制基因
GhZY
连锁
SNP
位点位于棉花参考基因组
Ghir.ZJU
的
D
亚组第
12
号染色体上的第
61394027
位核苷酸，所述棉花皱叶控制基因
GhZY
连锁
SNP
位点的碱基为
G
或
A。3.
权利要求1所述的引物对或者权利要求2所述的物质在如下方面之一中的应用：（
a
）鉴定或辅助鉴定棉花皱叶或正常叶中的应用；（
b
）制备用于鉴定或辅助鉴定棉花皱叶与否的产品中的应用；（
c
）在棉花育种中去除皱叶品种的应用；用权利要求1所述的引物对或者权利要求2所述的物质检测棉花皱叶控制基因
GhZY
连锁
SNP
位点的多态性或基因型来鉴定或辅助鉴定棉花皱叶或正常叶：当
SNP
位点的基因型为
G:G
时，棉花是皱叶，当
SNP
位点的基因型为
A:A
时，棉花是正常叶，当
SNP
位点的基因型为
A:G
时，棉花是正常叶
。4.
一种鉴定或辅助鉴定棉花皱叶或正常叶的方法，其特征在于，包括如下步骤：检测待测棉花基因组中
SNP
位点的基因型，当
SNP
位点的基因型为
G:G
时，棉花是皱叶，当
SNP
位点的基因型为
A:A
时，棉花是正常叶，当
SNP
位点的基因型为
A:G
时，棉花是正常叶，其中
SN...

【专利技术属性】
技术研发人员：张锐，魏云晓，李凯利，
申请(专利权)人：中国农业科学院生物技术研究所，
类型：发明
国别省市：