与小麦实心茎抑制基因紧密连锁的KASP引物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与小麦实心茎抑制基因紧密连锁的KASP引物及其应用，涉及遗传育种技术领域，该KASP引物包含核苷酸序列分别如SEQ IDNO.4、SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.6所示的3条引物。由该KASP引物扩增所得KASP分子标记KASP

【技术实现步骤摘要】
与小麦实心茎抑制基因紧密连锁的KASP引物及其应用


[0001]本专利技术涉及遗传育种
，具体涉及一种与小麦实心茎抑制基因紧密连锁的KASP引物及其应用。

技术介绍

[0002]可以通过远缘杂交导入外源有益基因改良普通小麦，但是外源有益基因在普通小麦中有时不能表达或不能完全表达。因此，发掘和利用新的抑制基因，解析抑制基因的作用机制，可促进外源有益基因的有效利用。
[0003]单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)指的是基因组内DNA某一特定核苷酸位置上存在转换、颠换、插入、缺失等变化而引起的DNA序列多态性。其技术是利用己知序列信息来比对寻找SNP位点，再利用发掘的变异位点设计特异性的引物来对基因组DNA或cDNA进行PCR扩增，得到基于SNP位点的特定的多态性产物，最后利用电泳技术分析产物的多态性。SNP标记的优点是数量多，分布广泛；在单个基因和整个基因组中分布不均匀；SNP等位基因频率容易估计。
[0004]KASP是由LGC公司(Laboratory of the Government Chemist，http://www.lgcgenomics.com)研发的竞争性等位基因特异性PCR技术(Kompetitive Allele Specific PCR，KASP)具有低成本、高通量特点的新型基因分型技术，通过引物末端碱基的特异匹配来对SNP以及InDel位点进行精准的双等位基因分型，在水稻、小麦、大豆等作物的分子标记辅助选择中得到广泛应用。
[0005]科学家们在将外源有益基因导入普通小麦时，多次出现外源基因表达减弱甚至丧失的现象。到目前为止，已报道的抑制基因大多来源于D基因组多条染色体上，包括抗白粉病的抑制基因Su
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Pm21、抗叶锈病的抑制基因Su
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Lr23以及抗秆锈病的抑制基因SuSr
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D1等。节节麦(Aegilopstauschii,2n＝2x＝14，DD)是普通小麦D基因组的供体，是普通小麦遗传改良的重要基因源。但是，关于四倍体小麦的实心茎抑制基因，到目前为止，仅在普通小麦3D染色体上报道存在。然而，关于抑制基因的定位以及机制研究仍然十分有限。到目前为止，仅在普通小麦Canthatch的7DL上定位了一个秆锈病抑制基因SuSr
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D1，其通过编码中介体复合物的亚基介导秆锈病抗性。但相关研究依然较少，因此，有必要挖掘更多的抑制基因，解析更多地抑制现象的作用机制及其功能通路非常重要。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的是提供一种与小麦实心茎抑制基因紧密连锁的KASP引物及其应用，该KASP引物包含3条引物，能准确地跟踪小麦实心茎抑制基因，鉴定小麦茎秆的性状，提高实心茎小麦创制的准确性，创制出具有实心茎的抗倒伏小麦育种，加快实心茎小麦品种的选育进程。
[0007]为了达到上述目的，本专利技术提供了一种与小麦实心茎抑制基因紧密连锁的KASP引物，该KASP引物包含核苷酸序列分别如SEQ ID NO.4、SEQ IDNO.5、SEQ ID NO.6所示的3条
引物；
[0008]其中，该KASP引物是由小麦基因组版本为RefSeqv1.0中定位于的小麦7D染色体短臂上的SNP位点开发所得；该SNP位点位于物理位置6.70Mbp处，其多态性为C/T，该KASP引物可用于鉴定小麦茎秆的性状。
[0009]本专利技术还提供了一种由上述的KASP引物扩增所得的KASP分子标记KASP
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669。
[0010]本专利技术还提供了一种小麦茎杆性状的鉴定方法，包含如下步骤：
[0011](1)：提取待测小麦样品的基因组DNA；
[0012](2)：以提取的DNA为模板，利用上述的KASP引物进行PCR扩增；
[0013](3)：检测PCR扩增产物的荧光，当扩增产物的荧光为蓝色荧光时，代表该小麦的茎秆性状为实心茎；当扩增产物的荧光为黄色荧光时，代表该小麦的茎秆性状为空心茎(纯合)；当扩增产物的荧光为绿色荧光时，代表该小麦的茎秆性状为空心茎(杂合)。
[0014]本专利技术还提供了一种用于鉴定小麦茎秆性状的试剂盒，该试剂盒包含上述的KASP引物。
[0015]本专利技术提供的KASP引物可被用于小麦育种中，包含筛选含有实心茎性状的小麦或创制实心茎性状的小麦株系。
[0016]本专利技术的与小麦实心茎抑制基因紧密连锁的KASP引物，能够鉴定小麦植株是否含有实心茎抑制基因，能够预测小麦的茎秆性状，解决了小麦茎秆性状检测难的问题，提高了实心茎小麦创制的准确性，具有以下优点：
[0017]本专利技术首次公开了来自节节麦AS92的小麦实心茎抑制基因Su
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TdDof，其位于人工合成小麦7D染色体短臂上，该基因显著抑制实心基因的表达，该基因在实心茎小麦创制及抗倒伏育种具有重要的利用价值。
[0018]本专利技术首次公开了基于荧光定量PCR平台精确检测来自节节麦AS92的分子标记KASP
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669，其为共显性标记，检测准确高效、扩增方便稳定。
[0019]本专利技术公开的分子标记KASP
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669与实心茎抑制基因Su
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TdDof极显著相关，呈现紧密连锁标记特征，用于分子标记及其引物辅助选择的准确性高，且成功率高。
附图说明
[0020]图1为本专利技术中的KASP分子标记和实心茎抑制基因Su
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TdDof在小麦7D染色体上的定位图。
[0021]图2为本专利技术中通过KASP
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669的3条KASP引物对139个株系的KASP分型结果。
具体实施方式
[0022]下面将对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0023]实验例1实心茎抑制基因Su
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TdDof、KASP分子标记及其KASP引物的获得
[0024]1)群体家系创制
[0025]本专利技术利用硬粒小麦Ma与两份节节麦AS92、AS96分别杂交，在自然条件下进行染
色体加倍，创制了人工合成的小麦并分别命名为小麦Syn
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SAU
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117与Syn
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SAU
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119，Ma是由加拿大渥太华研究与发展中心的GeorgeFedak提供的一种半干硬粒小麦，节节麦以AS为代码保存于四川农业大学小麦研究所。以小麦Syn
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SAU
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117为母本，以小麦Syn
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SAU
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119为父本杂交，得到杂种F1代，F1代单株自交获得F2代，F2代自交获得F
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.与小麦实心茎抑制基因紧密连锁的KASP引物，其特征在于，该KASP引物包含核苷酸序列分别如SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.6所示的3条引物；其中，所述的KASP引物是由小麦基因组版本为RefSeqv1.0中定位于的小麦7D染色体短臂上的SNP位点开发所得；所述的SNP位点位于物理位置6.70Mbp处，其多态性为C/T，该KASP引物可用于鉴定小麦茎秆的性状。2.由权利要求1所述的KASP引物扩增所得的KASP分子标记，其特征在于，该分子标记为KASP
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669。3.一种小麦茎杆性状的鉴定方法，其特征在于，包含如下步骤：(1...

【专利技术属性】
技术研发人员：张连全，李辉，张明虎，姜晓梅，柳欣，郝明，黄林，甯顺腙，袁中伟，姜博，陈雪姣，陈雪，刘登才，
申请(专利权)人：四川农业大学，
类型：发明
国别省市：