本申请公开了一种基于单细胞测序的肝癌标志物及其应用。本申请基于单细胞测序的肝癌标志物由CLDN6、CNN3、CYP27A1、CYP2C9、FGB、HMGCS2、S100A10、S100A9和SQSTM1九个基因或这九个基因表达的蛋白组成。本申请基于单细胞测序的肝癌标志物，能够用于肝癌患者总体生存情况预测、癌症状态预测和预后结局预测，通过单细胞测序检测本申请的肝癌标志物，能够检测组织内部的异质性，识别不同细胞内部的基因表达特征。特征。特征。
【技术实现步骤摘要】
一种基于单细胞测序的肝癌标志物及其应用
[0001]本申请涉及肝癌检测
，具体涉及一种基于单细胞测序的肝癌标志物及其应用。
技术介绍
[0002]根据2020年全球抗癌网的统计数据，2020年全球将有905677例肝癌新病例和830180例肝癌患者死亡。其中，肝癌通常发生在乙型和丙型肝炎等慢性肝病患者身上。肝癌转移是指从原发部位转移和侵袭到身体其他部位，是肝癌患者死亡的主要原因。尽管在治疗和诊断方面取得了进步，但由于肝癌的复发率高和手术切除后容易发生转移，因此，肝癌也有很高的死亡率。研究显示，肝癌是目前全世界发病率和死亡率极高的恶性肿瘤之一。
[0003]现有的肝癌检测方法和预测模型都是基于普通RNA测序获得结果，无法检测到组织内部的异质性，无法识别不同细胞内部的基因表达特征。目前尚未有基于单细胞测序的肝癌检测或预测模型。
[0004]因此，如何实现单细胞测序检测或预测肝癌，对检测组织内部异质性、识别不同细胞内部基因表达特征、深入研究和阐述肝癌的发生和发展过程具有重要意义。
技术实现思路
[0005]本申请的目的是提供一种新的基于单细胞测序的肝癌标志物及其应用。
[0006]为了实现上述目的，本申请采用了以下技术方案：
[0007]本申请的第一方面公开了一种基于单细胞测序的肝癌标志物，该肝癌标志物由CLDN6、CNN3、CYP27A1、CYP2C9、FGB、HMGCS2、S100A10、S100A9和SQSTM1九个基因或这九个基因表达的蛋白组成。
[0008]需要说明的是，本申请通过使用scRNA
‑
seq图谱，识别并分类了原发性和转移性肝细胞癌的基因组特征和标记基因；并从The Cancer Genome Atlas(TCGA)和Cancer Genome Consortium(ICGC)数据库中获取肝癌患者的转录组数据和临床数据；通过生物信息学技术，识别转移相关基因；进一步的，通过训练和验证获得9个关键的血管生成相关基因作为基于单细胞测序的肝癌标志物，即CLDN6、CNN3、CYP27A1、CYP2C9、FGB、HMGCS2、S100A10、S100A9和SQSTM1九个基因。通过对本申请肝癌标志物中的九个基因的表达量进行检测，能够有效的预测肝癌患者总生存情况，对肝癌预后风险评估和肝癌检测具有重要参考价值。并且，本申请的九个基因血管生成相关基因是筛选自转录组数据和临床数据的识别转移相关基因，能够实现单细胞测序检测和预测肝癌，能够检测组织内部的异质性，识别不同细胞内部的基因表达特征。
[0009]还需要说明的是，本申请的肝癌标志物，关键在于通过检测九个基因的表达量来实现肝癌检测、肝癌患者生存情况预测或肝癌预后风险评估；可以理解，本申请的九个基因的表达量也可以通过检测其表达的蛋白来分析判断。因此，本申请九个基因表达的蛋白同样可以作为本申请的肝癌标志物。
[0010]本申请的第二方面公开了本申请的肝癌标志物在制备肝癌检测、肝癌患者生存情况预测或肝癌预后风险评估的试剂盒或装置中的应用。
[0011]可以理解，通过检测本申请的肝癌标志物，能够判断肝癌、肝癌患者生存情况或肝癌预后风险；因此，本申请的肝癌标志物能够用于制备肝癌检测、肝癌患者生存情况预测或肝癌预后风险评估的试剂盒或装置。具体的，例如根据本申请的肝癌标志物制备相应的检测试剂，或者专用的装置。
[0012]本申请的第三方面公开了一种试剂盒，该试剂盒用于肝癌检测、肝癌患者生存情况预测或肝癌风险评估，该试剂盒包括检测本申请的肝癌标志物的试剂。
[0013]本申请的一种实现方式中，试剂盒中的试剂为检测CLDN6、CNN3、CYP27A1、CYP2C9、FGB、HMGCS2、S100A10、S100A9和SQSTM1九个基因的引物和/或探针。
[0014]可以理解，在本申请公开了本申请的九个基因能够作为肝癌标志物的情况下，本领域技术人员完全可以根据现有技术对这九个基因设计相应的引物和/或探针，实现九个基因表达量的检测。
[0015]优选的，试剂盒还包括用于引物和/或探针检测基因的酶和/或反应液。
[0016]可以理解，如果试剂盒中是采用引物和/或探针对九个基因进行检测，为了使用方便，试剂盒中可以进一步的包含相应的酶和/或反应液。
[0017]本申请的一种实现方式中，试剂盒中的试剂为检测CLDN6、CNN3、CYP27A1、CYP2C9、FGB、HMGCS2、S100A10、S100A9和SQSTM1九个基因表达的蛋白的核酸和/或多肽。
[0018]优选的，试剂盒还包括用于核酸和/或多肽检测蛋白的反应液。
[0019]需要说明的是，本申请的肝癌标志物为本申请的九个基因表达的蛋白时，可以采用相应的核酸和/或多肽检测这些蛋白；因此，本申请的试剂盒中的试剂也可以是检测本申请九个基因表达的蛋白的核酸和/或多肽。
[0020]本申请的第四方面公开了一种基因组合作为肝癌标志物的应用，该基因组合由CLDN6、CNN3、CYP27A1、CYP2C9、FGB、HMGCS2、S100A10、S100A9和SQSTM1九个基因组成。
[0021]本申请的一种实现方式中，本申请的应用包括根据本申请的九个基因的表达量进行肝癌检测、肝癌患者生存情况预测或肝癌预后风险评估。
[0022]本申请的一种实现方式中，根据九个基因的表达量进行肝癌预后风险评估的预后风险评分公式如下，
[0023]预后风险评分＝(0.1250
×
CLDN6的基因表达量)+(0.0075
×
CNN3的基因表达量)+(
‑
0.0014
×
CYP27A1的基因表达量)+(
‑
0.0016
×
CYP2C9的基因表达量)+(
‑
0.0001
×
FGB的基因表达量)+(
‑
0.0005
×
HMGCS2的基因表达量)+(0.0016
×
S100A10的基因表达量)+(0.0008
×
S100A9的基因表达量)+(0.0024
×
SQSTM1的基因表达量)。
[0024]优选的，预后风险评分大于或等于中位值为高风险，低于中位值为低风险。其中，中位值是根据若干已知肝癌患者的九个基因表达谱和患者生存时间信息建立的模型的中位值。例如，本申请的一种实现方式中，具体的中位值是0.888356928。
[0025]需要说明的是，本申请的风险评分，其数值实际上就是预测概率，高风险和低风险只是一个初步的划分，以便于临床应用和区分。
[0026]本申请的第五方面公开了一种蛋白组合作为肝癌标志物的应用，该蛋白组合由CLDN6、CNN3、CYP27A1、CYP2C9、FGB、HMGCS2、S100A10、S100A9和SQSTM1九个基因表达的蛋白<本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种基于单细胞测序的肝癌标志物，其特征在于：所述肝癌标志物由CLDN6、CNN3、CYP27A1、CYP2C9、FGB、HMGCS2、S100A10、S100A9和SQSTM1九个基因或这九个基因表达的蛋白组成。2.根据权利要求1所述的肝癌标志物在制备肝癌检测、肝癌患者生存情况预测或肝癌预后风险评估的试剂盒或装置中的应用。3.一种试剂盒，所述试剂盒用于肝癌检测、肝癌患者生存情况预测或肝癌风险评估，其特征在于：包括检测权利要求1所述的肝癌标志物的试剂。4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂为检测CLDN6、CNN3、CYP27A1、CYP2C9、FGB、HMGCS2、S100A10、S100A9和SQSTM1九个基因的引物和/或探针。5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于：还包括用于引物和/或探针检测基因的酶和/或反应液。6.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂为检测CLDN6、CNN3、CYP27A1、CYP2C9、FGB、HMGCS2、S100A10、S100A9和SQSTM1九个基因表达的蛋白的核酸和/或多肽；优选的，还包括用于核酸和/或多肽检测蛋白的反应液。7.一种基因组合作为肝癌标志物的应用，其特征在于：所述基因组合由CLDN6、CNN3、CYP27A1、CYP2C9、FGB、HMGCS2、S100A10、S100A9和SQSTM1九个基因组成。8.根据权...
【专利技术属性】
技术研发人员：牟丽莎，蒲祖辉，倪勇，
申请(专利权)人：深圳市第二人民医院深圳市转化医学研究院，
类型：发明
国别省市：
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