识别HA-1抗原的结合蛋白及其用途制造技术

本文提供识别HA

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】识别HA
‑
1抗原的结合蛋白及其用途
[0001]对相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求于2020年11月6日提交的美国临时申请号63/110,851、于2020年11月9日提交的美国临时申请号63/111,462、于2020年12月23日提交的美国临时申请号63/129,804和于2021年4月15日提交的美国临时申请号63/175,350的权益；所述申请中的每篇的全部内容均通过引用整体并入本文。
[0003]专利技术背景
[0004]大约30
‑
40％的AML患者在同种异体造血干细胞移植疗法后复发，使他们的治疗选择非常少(Pavletic et al.(2010)Biol Blood Marrow Transplant.16:871
‑
890；Miller et al.(2010)Biol Blood Marrow Transplant.16:565
‑
586)。然而，天然发展HA
‑
1特异性移植物抗白血病T细胞应答的罕见患者显示出显著降低的复发率(Marijt et al.(2003)PNAS.100:2742
‑
2747；Spierings et al.(2013)Biol Blood Marrow Transplant.19:1244
‑
1253)。HA
‑
1(VLHDDLLEA，基因型RS_1801284A/G或A/A)是HLA
‑
A*02:01和造血受限的次要组织相容性抗原，使其成为针对液体肿瘤的TCR免疫疗法的理想候选物(Bleakley and Riddell(2011)Immunol.Cell Biol.89:396
‑
407)。需要开发HA
‑
1特异性TCR免疫疗法，诸如治疗以HA
‑
1抗原表达为特征的病症。
[0005]专利技术概述
[0006]本专利技术至少部分基于包含识别HA
‑
1抗原的T细胞受体(TCR)的结合蛋白的发现。
[0007]一方面，提供了结合蛋白，其包含：a)T细胞受体(TCR)α链CDR序列，其与选自由表1中所列TCRα链CDR序列组成的组的TCRα链CDR序列具有至少约80％同一性；和/或b)TCRβ链CDR序列，其与选自由表1中所列TCRβ链CDR序列组成的组的TCRβ链CDR序列具有至少约80％同一性，其中结合蛋白能够与HA
‑
1免疫原性肽
‑
MHC(pMHC)复合物结合，任选地其中结合亲和力具有小于或等于约5x10
‑4M的K
d
。
[0008]在另一方面，提供了结合蛋白，其包含：a)TCRα链可变(V
α
)域序列，其与选自由表1中所列TCR V
α
域序列组成的组的TCR V
α
域序列具有至少约80％同一性；和/或b)TCRβ链可变(V
β
)域序列，其与选自由表1中所列TCR V
β
域序列组成的组的TCR V
β
域序列具有至少约80％同一性，其中结合蛋白能够与HA
‑
1免疫原性肽
‑
MHC(pMHC)复合物结合，任选地其中结合亲和力具有小于或等于约5x10
‑4M的K
d
。
[0009]在另一方面，提供了结合蛋白，其包含：a)TCRα链序列，其与选自由表1中所列TCRα链序列组成的组的TCRα链序列具有至少约80％同一性；和/或b)TCRβ链序列，其与选自由表1中所列TCRβ链序列组成的组的TCRβ链序列具有至少约80％同一性，其中结合蛋白能够与HA
‑
1免疫原性肽
‑
MHC(pMHC)复合物结合，任选地其中结合亲和力具有小于或等于约5x10
‑4M的K
d
。
[0010]在又一方面，提供了结合蛋白，其包含：a)TCRα链CDR序列，其选自由表1中所列的TCRα链CDR序列组成的组；和/或b)TCRβ链CDR序列，其选自由表1中所列的TCRβ链CDR序列组成的组，其中结合蛋白能够与HA
‑
1免疫原性肽
‑
MHC(pMHC)复合物结合，任选地其中结合亲和力具有小于或等于约5x10
‑4M的K
d
。
[0011]在另一方面，提供了结合蛋白，其包含：a)TCRα链可变(V
α
)域序列，其选自由表1中所列的TCR V
α
域序列组成的组；和/或b)TCRβ链可变(V
β
)域序列，其选自由表1中所列的TCR V
β
域序列组成的组，其中结合蛋白能够与HA
‑
1免疫原性肽
‑
MHC(pMHC)复合物结合，任选地其中结合亲和力具有小于或等于约5x10
‑4M的K
d
。
[0012]在另一方面，提供了结合蛋白，其包含：a)TCRα链序列，其选自由表1中所列的TCRα链序列组成的组；和/或b)TCRβ链序列，其选自由表1中所列的TCRβ链序列组成的组，其中结合蛋白能够与HA
‑
1免疫原性肽
‑
MHC(pMHC)复合物结合，任选地其中结合亲和力具有小于或等于约5x10
‑4M的K
d
。
[0013]进一步提供了许多实施方案，这些实施方案可以应用于本专利技术所涵盖的任何方面和/或与本文所述的任何其他实施方案组合。例如，在一个实施方案中，1)TCRα链CDR、TCR V
α
域和/或TCRα链由选自表1中所列的TRAV、TRAJ和TRAC基因的组的TRAV、TRAJ和/或TRAC基因或其片段编码，和/或2)TCRβ链CDR、TCR V
β
域和/或TCRβ链由选自表1中所列的TRBV、TRBJ和TRBC基因的组的TRBV、TRBJ和/或TRBC基因或其片段编码，和/或3)结合蛋白的每个CDR与表1中所列的关联参考CDR序列相比具有多达五个氨基酸取代、插入、缺失或其组合。在另一个实施方案中，HA
‑
1免疫原性肽包含氨基酸序列VLHDDLLEA。在又一个实施方案中，结合蛋白是嵌合的、人源化的或人的。在又一个实施方案中，结合蛋白是TCR、TCR的抗原结合片段、单链TCR(scTCR)、嵌合抗原受体(CAR)或包含TCR和效应物域的融合蛋白，任选地其中结合域包含跨膜域和细胞内的效应物域。在另一个实施方案中，TCRα链和TCRβ链共价连接，任选地其中TCRα链和TCRβ链通过接头肽共价连接。在又一个实施方案中，TCRα链和/或TCRβ链共价连接至部分，任选地其中共价连接的部分包含亲和标签或标记物。在又一个实施方案中，亲和标签选自由CD34富集标签、谷胱甘肽...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.结合蛋白，其包含：a)T细胞受体(TCR)α链CDR序列，其与选自由表1中所列TCRα链CDR序列组成的组的TCRα链CDR序列具有至少约80％同一性；和/或b)TCRβ链CDR序列，其与选自由表1中所列TCRβ链CDR序列组成的组的TCRβ链CDR序列具有至少约80％同一性，其中所述结合蛋白能够与HA
‑
1免疫原性肽
‑
MHC(pMHC)复合物结合，任选地其中结合亲和力具有小于或等于约5x10
‑
4 M的K
d
。2.结合蛋白，其包含：a)TCRα链可变(V
α
)域序列，其与选自由表1中所列TCR V
α
域序列组成的组的TCR V
α
域序列具有至少约80％同一性；和/或b)TCRβ链可变(V
β
)域序列，其与选自由表1中所列TCR V
β
域序列组成的组的TCR V
β
域序列具有至少约80％同一性，其中所述结合蛋白能够与HA
‑
1免疫原性肽
‑
MHC(pMHC)复合物结合，任选地其中结合亲和力具有小于或等于约5x10
‑
4 M的K
d
。3.结合蛋白，其包含：a)TCRα链序列，其与选自由表1中所列TCRα链序列组成的组的TCRα链序列具有至少约80％同一性；和/或b)TCRβ链序列，其与选自由表1中所列TCRβ链序列组成的组的TCRβ链序列具有至少约80％同一性，其中所述结合蛋白能够与HA
‑
1免疫原性肽
‑
MHC(pMHC)复合物结合，任选地其中结合亲和力具有小于或等于约5x10
‑4M的K
d
。4.结合蛋白，其包含：a)TCRα链CDR序列，其选自由表1中所列的TCRα链CDR序列组成的组；和/或b)TCRβ链CDR序列，其选自由表1中所列的TCRβ链CDR序列组成的组，其中所述结合蛋白能够与HA
‑
1免疫原性肽
‑
MHC(pMHC)复合物结合，任选地其中结合亲和力具有小于或等于约5x10
‑
4 M的K
d
。5.结合蛋白，其包含：a)TCRα链可变(V
α
)域序列，其选自由表1中所列的TCR V
α
域序列组成的组；和/或b)TCRβ链可变(V
β
)域序列，其选自由表1中所列的TCR V
β
域序列组成的组，其中所述结合蛋白能够与HA
‑
1免疫原性肽
‑
MHC(pMHC)复合物结合，任选地其中结合亲和力具有小于或等于约5x10
‑
4 M的K
d
。6.结合蛋白，其包含：a)TCRα链序列，其选自由表1中所列的TCRα链序列组成的组；和/或b)TCRβ链序列，其选自由表1中所列的TCRβ链序列组成的组，其中所述结合蛋白能够与HA
‑
1免疫原性肽
‑
MHC(pMHC)复合物结合，任选地其中结合亲和力具有小于或等于约5x10
‑
4 M的K
d
。7.如权利要求1
‑
6中任一项所述的结合蛋白，其中1)所述TCRα链CDR、TCR V
α
域和/或TCRα链由选自表1中所列的TRAV、TRAJ和TRAC基因的组的TRAV、TRAJ和/或TRAC基因或其片段编码，和/或2)所述TCRβ链CDR、TCR V
β
域和/或TCRβ链由选自表1中所列的TRBV、TRBJ和TRBC基因的组的TRBV、TRBJ和/或TRBC基因或其片段编码，和/或3)所述结合蛋白的每个CDR与表1中所列的关联参考CDR序列相比具有多达五个氨基酸取代、插入、缺失或其组合。8.如权利要求1
‑
7中任一项所述的结合蛋白，其中所述HA
‑
1免疫原性肽包含氨基酸序
列VLHDDLLEA。9.如权利要求1
‑
8中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白是嵌合的、人源化的或人的。10.如权利要求1
‑
9中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白是TCR、TCR的抗原结合片段、单链TCR(scTCR)、嵌合抗原受体(CAR)或包含TCR和效应物域的融合蛋白，任选地其中结合域包含跨膜域和细胞内的效应物域。11.如权利要求1
‑
10中任一项所述的结合蛋白，其中所述TCRα链和所述TCRβ链共价连接，任选地其中所述TCRα链和所述TCRβ链通过接头肽共价连接。12.如权利要求1
‑
11中任一项所述的结合蛋白，其中所述TCRα链和/或所述TCRβ链共价连接至部分，任选地其中所述共价连接的部分包含亲和标签或标记物。13.如权利要求12所述的结合蛋白，其中所述亲和标签选自由CD34富集标签、谷胱甘肽
‑
S
‑
转移酶(GST)、钙调蛋白结合蛋白(CBP)、蛋白C标签、Myc标签、HaloTag、HA标签、Flag标签、His标签、生物素标签和V5标签组成的组，和/或其中所述标记物是荧光蛋白。14.如权利要求1
‑
13中任一项所述的结合蛋白，其中所述共价连接的部分选自由炎性剂、细胞因子、毒素、细胞毒性分子、放射性同位素或抗体或其抗原结合片段组成的组。15.如权利要求1
‑
14中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白与细胞表面上的所述pMHC复合物结合。16.如权利要求1
‑
15中任一项所述的结合蛋白，其中所述MHC是MHC多聚体，任选地其中所述MHC多聚体是四聚体。17.如权利要求1
‑
16中任一项所述的结合蛋白，其中所述MHC是MHC I类分子。18.如权利要求1
‑
17中任一项所述的结合蛋白，其中所述MHC包含为HLA血清型HLA
‑
A*02的MHCα链。19.如权利要求1
‑
18中任一项所述的结合蛋白，其中所述HLA等位基因选自由HLA
‑
A*0201、HLA
‑
A*0202、HLA
‑
A*0203、HLA
‑
A*0205、HLA
‑
A*0206和HLA
‑
A*0207等位基因组成的组。20.如权利要求1
‑
19中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白与所述HA
‑
1肽
‑
MHC(pMHC)复合物的结合引发免疫应答，任选地其中所述免疫应答是T细胞应答。21.如权利要求1
‑
20中任一项所述的结合蛋白，其中所述T细胞应答选自由T细胞扩增、细胞因子释放和/或细胞毒性杀伤组成的组。22.如权利要求1
‑
21中任一项所述的结合蛋白，所述结合蛋白能够以小于或等于约1x10
‑
4 M、小于或等于约5x10
‑
5 M、小于或等于约1x10
‑
5 M、小于或等于约5x10
‑
6 M、小于或等于约1x10
‑
6 M、小于或等于约5x10
‑
7 M、小于或等于约1x10
‑
7 M、小于或等于约5x10
‑
8 M、小于或等于约1x10
‑
8 M、小于或等于约5x10
‑
9 M、小于或等于约1x10
‑
9 M、小于或等于约5x10
‑
10 M、小于或等于约1x10
‑
10 M、小于或等于约5x10
‑
11 M、小于或等于约1x10
‑
11 M、小于或等于约5x10
‑
12 M或小于或等于约1x10
‑
12 M的K
d
与所述HA
‑
1免疫原性肽
‑
MHC(pMHC)复合物特异性和/或选择性结合。23.如权利要求1
‑
22中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白对所述肽
‑
MHC(pMHC)的结合亲和力比已知的T细胞受体高。24.如权利要求1
‑
23中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白对所述肽
‑
MHC(pMHC)的结合亲和力比已知的T细胞受体高至少1.05倍。
25.如权利要求1
‑
24中任一项所述的结合蛋白，其中在与具有HA
‑
1的杂合表达的靶细胞接触时，所述结合蛋白与已知的T细胞受体相比诱导更多的T细胞扩增、细胞因子释放和/或细胞毒性杀伤。26.如权利要求1
‑
25中任一项所述的结合蛋白，其中在与具有HA
‑
1的杂合表达的靶细胞接触时，所述结合蛋白与已知的T细胞受体相比诱导T细胞扩增、细胞因子释放和/或细胞毒性杀伤的至少1.05倍增加。27.如权利要求25或26所述的结合蛋白，其中所述靶细胞是THP
‑
1或TF1细胞系。28.如权利要求25或26所述的结合蛋白，其中所述靶细胞是癌细胞，任选地其中所述癌细胞是造血癌细胞、白血病细胞、淋巴瘤细胞、骨髓增生异常病症细胞、骨髓增生性赘生物细胞，或骨髓瘤细胞。29.如权利要求22
‑
28中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白不与HA
‑1R
肽
‑
MHC(pMHC)复合物结合，其中所述HA
‑1R
肽包含氨基酸序列VLRDDLLEA。30.如权利要求22
‑
29中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白不与CCDC114肽
‑
MHC(pMHC)复合物结合，任选地其中所述CCDC114肽是SMIDDLLGV。31.TCRα链和/或β链，其选自由表1中所列的TCRα链和β链序列组成的组。32.分离的核酸分子，其在严格条件下与以下项的互补物杂交：编码选自由表1中所列多肽序列组成的组的多肽的核酸或与编码选自由表1中所列多肽序列组成的组的多肽的核酸具有至少约80％同源性的序列，任选地其中所述分离的核酸分子包含1)选自表1中所列的TRAV、TRAJ和TRAC基因的组的TRAV、TRAJ和/或TRAC基因或其片段，和/或2)选自表1中所列的TRBV、TRBJ和TRBC基因的组的TRBV、TRBJ和/或TRBC基因或其片段。33.如权利要求32所述的分离的核酸，其中所述核酸针对在宿主细胞中的表达进行密码子优化。34.载体，其包含权利要求32或33所述的分离的核酸。35.如权利要求34所述的载体，其中所述载体是克隆载体、表达载体或病毒载体。36.如权利要求34或35所述的载体，其中所述载体进一步包含编码CD8α和/或CD8β的核酸序列。37.如权利要求34
‑
36中任一项所述的载体，其中所述编码CD8α或CD8β的核酸序列可操作地连接至编码标签的核酸。38.如权利要求34
‑
37中任一项所述的载体，其中所述编码标签的核酸位于所述编码CD8α或CD8β的核酸序列的5
’
上游，使得所述标签融合至CD8α或CD8β的N端。39.如权利要求34
‑
38中任一项所述的载体，其中所述标签是CD34富集标签。40.如权利要求34
‑
39中任一项所述的载体，其中权利要求23或24所述的分离的核酸和所述编码CD8α和/或CD8β的核酸序列与内部核糖体进入位点或编码自切割肽的核酸序列相互连接。41.如权利要求34
‑
40中任一项所述的载体，其中所述自切割肽是P2A、E2A、F2A或T2A。42.宿主细胞，其包含权利要求32或33所述的分离的核酸，包含权利要求34
‑
41中任一项所述的载体，和/或表达权利要求1
‑
30中任一项所述的结合蛋白，任选地其中所述细胞是遗传工程化的。43.如权利要求42所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞包含TCR基因、HLA基因或两者的
染色体基因敲除。44.如权利要求42或43所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞包含选自α1巨球蛋白基因、α2巨球蛋白基因、α3巨球蛋白基因、β1微球蛋白基因、β2微球蛋白基因及其组合的HLA基因的敲除。45.如权利要求42
‑
44中任一项所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞包含选自TCRα可变区基因、TCRβ可变区基因、TCR恒定区基因及其组合的TCR基因的敲除。46.如权利要求42
‑
45中任一项所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞表达CD8α和/或CD8β。47.如权利要求46所述的宿主细胞，其中所述CD8α和/或CD8β与CD34富集标签融合。48.如权利要求47所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞使用所述CD34富集标签进行富集。49.如权利要求42
‑
48中任一项所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞是造血祖细胞、外周血单个核细胞(PBMC)、脐带血细胞或免疫细胞。50.如权利要求42
‑
49中任一项所述的宿主细胞，其中所述免疫细胞是细胞毒性淋巴细胞、细胞毒性淋巴细胞前体细胞、细胞毒性淋巴细胞祖细胞、细胞毒性淋巴细胞干细胞、CD4
+
T细胞、CD8
+
T细胞、CD4/CD8双阴性T细胞、gamma delta(γδ)T细胞、自然杀伤(NK)细胞、NK
‑
T细胞、树突状细胞或其组合。51.如权利要求42
‑
50中任一项所述的宿主细胞，其中所述T细胞是初始T细胞、中央记忆T细胞、效应记忆T细胞或其组合。52.如权利要求42
‑
51中任一项所述的宿主细胞，其中所述T细胞是原代T细胞或T细胞系的细胞。53.如权利要求42
‑
52中任一项所述的宿主细胞，其中所述T细胞不表达内源性TCR或具有较低的内源性TCR表面表达。54.如权利要求42
‑
53中任一项所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞在与包含肽
‑
MHC(pMHC)复合物的靶细胞接触时能够产生细胞因子或细胞毒性分子，所述肽
‑
MHC(pMHC)复合物包含在MHC分子的背景下的HA
‑
1肽表位。55.如权利要求54所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞在体外、离体或体内与靶细胞接触。56.如权利要求54或55所述的宿主细胞，其中所述细胞因子是TNF
‑
α、IL
‑
2和/或IFN
‑
γ。57.如权利要求54
‑
56中任一项所述的宿主细胞，其中所述细胞毒性分子是穿孔素和/或颗粒酶，任选地其中所述细胞毒性分子是颗粒酶B。58.如权利要求54
‑
57中任一项所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞在与具有HA
‑
1的杂合表达的靶细胞接触时能够产生更高水平的细胞因子或细胞毒性分子。59.如权利要求58所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞能够产生高至少1.05倍水平的细胞因子或细胞毒性分子。60.如权利要求54
‑
59中任一项所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞能够杀伤包含肽
‑
MHC(pMHC)复合物的靶细胞，所述肽
‑
MHC(pMHC)复合物包含在MHC分子的背景下的HA
‑
1肽表位。
61.如权利要求61所述的宿主细胞，其中所述杀伤通过杀伤测定来确定。62.如权利要求60或61所述的宿主细胞，其中所述杀伤测定中宿主细胞与靶细胞的比率为20:1至0.625:1。63.如权利要求60
‑
62中任一项所述的宿主细胞，其中靶细胞是用1μg/mL至50pg/mL的HA
‑
1肽脉冲的T2细胞。64.如权利要求60
‑
62中任一项所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞在与具有HA
‑
1的杂合表达的靶细胞接触时能够杀伤更多数量的靶细胞。65.如权利要求64所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞能够杀伤高至少1.05倍数量的靶细胞。66.如权利要求60、61、64和65中任一项所述的宿主细胞，其中所述靶细胞是THP
‑
1或TF1细胞系。67.如权利要求54
‑
66中任一项所述的宿主细胞，其中所述HA
‑
1免疫原性肽包含氨基酸序列VLHDDLLEA。68.如权利要求54
‑
67中任一项所述的宿主细胞，其中所述MHC分子是MHC I类分子。69.如权利要求54
‑
68中任一项所述的宿主细胞，其中所述MHC分子包含为HLA血清型HLA
‑
A*02的MHCα链。70.如权利要求54
‑
69中任一项所述的宿主细胞，其中所述HLA等位基因选自由HLA
‑
A*02:01、HLA
‑
A*02:02、HLA
‑
A*02:03、HLA
‑
A*02:05、HLA
‑
A*02:06和HLA
‑
A*02:07等位基因组成的组。71.如权利要求54
‑
70中任一项所述的宿主细胞，其中所述靶细胞是选自由SupM2、THP
‑
1和TF1细胞系组成的组的细胞系，所述靶细胞是表达HA
‑
1的造血癌细胞，或所述靶细胞不是SU
‑
DHL1。72.如权利要求71所述的宿主细胞，其中所述癌细胞是选自由白血病、淋巴瘤、骨髓增生异常病症、骨髓增生性赘生物或骨髓瘤组成的组的血液恶性肿瘤的。73.如权利要求54
‑
72中任一项所述的宿主细胞，其中a)所述宿主细胞在与包含肽
‑
MHC(pMHC)复合物的靶细胞接触时不诱导T细胞扩增、细胞因子释放或细胞毒性杀伤，所述肽
‑
MHC(pMHC)复合物包含在MHC分子的背景下的CCDC114肽表位，和/或b)所述宿主细胞不表达HA
‑
1抗原、不由权利要求1
‑
30中任一项所述的结合蛋白识别、不属于血清型HLA
‑
A*02的，和/或不表达HLA
‑
A*02等位基因，任选地其中所述HLA
‑
A*02等位基因是HLA
‑
A*02:01和/或HLA
‑
A*02:06。74.如权利要求42
‑
73中任一项所述的宿主细胞的群。75.组合物，其包含：a)根据权利要求1
‑
30中任一项所述的结合蛋白，b)根据权利要求32或33所述的分离的核酸，c)根据权利要求34
‑
41中任一项所述的载体，d)根据权利要求42
‑
73中任一项所述的宿主细胞，和/或e)根据权利要求74的宿主细胞的群，以及载剂。76.装置或试剂盒，其包...

【专利技术属性】
技术研发人员：R，
申请(专利权)人：T扫描治疗股份有限公司，
类型：发明
国别省市：