一种基于SSR荧光标记的非洲菊种质资源鉴评方法技术

本发明专利技术公开了一种基于SSR荧光标记的非洲菊种质资源鉴评方法，属于分子生物学领域，以编号GHSSR

【技术实现步骤摘要】
一种基于SSR荧光标记的非洲菊种质资源鉴评方法


[0001]本专利技术涉及分子生物学领域，尤其涉及一种基于SSR荧光标记的非洲菊种质资源鉴评方法。

技术介绍

[0002]非洲菊(Gerbera hybrid)是菊科扶郎花属多年生常绿草本植物，别名扶郎花、舞娘花、灯盏花，原产于南非，在温度适宜的条件下可周年开花，具有很高的观赏价值，是世界十大切花之一。非洲菊园艺品种很多，商品名称易混淆，不利于种质资源的收集与鉴评。因此，开发适用于非洲菊种质资源鉴评的分子标记，可实现对非洲菊种质资源的快速鉴评，为非洲菊新品种的选育奠定基础。
[0003]目前，在菊属种质资源遗传多样性研究中，SSR分子标记技术应用广泛。肖雨沙等对南美蟛蜞菊转录组测序得到的23338个SSR位点设计引物，随机选择了200对引物进行了扩增实验验证，有效扩增55对，其中6对引物特异性高，重复性好。宋江琴等基于表型性状和SSR标记的9份万寿菊种质遗传多样性分析发现9个材料具有较高的遗传多样性，且两种聚类结果总体上具有一致性。丁红旭对菊花全长转录组测序结果开发SSR标记进行综合研究发现，SSR标记在菊花全长转录组5
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UTR区扩增多态性最高，定位于菊花某些性状相关基因上的SSR与性状有相关性，菊花插穗再生植株和组培苗中SSR标记的多态性受5
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氮杂胞苷(5
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Azacytidine，5
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azaC)或甲基磺酸乙酯(Ethyl methane sulfonate，EMS)处理影响。Yuan等(2014)基于SSR标记多态性对中国菊花品种进行鉴定和分类，为菊花种质资源鉴评奠定了良好的基础。
[0004]在非洲菊中，SSR标记的开发和应用尚不多见，仅有少量基于非洲菊转录组测序的SSR位点信息分析和非洲菊ESTs
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SSR标记的频率和分布特点等报道，有关SSR标记在非洲菊种质资源鉴评中的应用研究较少。
[0005]有鉴于此，本专利技术采用18对SSR标记对12份非洲菊种质进行亲缘关系分析，构建其指纹图谱，筛选出可用于非洲菊分子育种的SSR荧光标记引物，以期为非洲菊种质资源鉴评及创新利用提供参考。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的是提出一种基于SSR荧光标记的非洲菊种质资源鉴评方法。
[0007]为了实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：
[0008]以编号为GHSSR
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1、GHSSR
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18、GHSSR
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20和GHSSR
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21的4对引物为核心引物，合成带M13标记的荧光引物，使这4对引物分别带有HEX、6
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FAM、6
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FAM和ROX标记，SSR标记类型分别为AG(2*8)、TCT(3*5)、CA(2*6)和GT(2*6)；利用这4个SSR荧光标记的引物将非洲菊品种中扩增的等位位点进行串联排列，得出非洲菊品种的指纹图谱编码进行资质资源鉴评；其中：
[0009]GHSSR
‑
1引物序列为：
[0010]正向引物：ACCTGCAAATGCAAAGATTTCTA
[0011]反向引物：TCTCTGGCTCTGTACACTTTTCC
[0012]GHSSR
‑
18引物序列为：
[0013]正向引物：GTGACTAGTTTTTGCTTCTGCGT
[0014]反向引物：GAACGCAAACCATCGTATTTCTA
[0015]GHSSR
‑
20引物序列为：
[0016]正向引物：ATAATTTAATCATTGGCGGGTTC
[0017]反向引物：GTTCGGATCAAACTCCCATATTT
[0018]GHSSR
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21引物序列为：
[0019]正向引物：GTTCGGATCAAACTCCCATATTT
[0020]反向引物：GGCTAACTGCCATAACTCCTCTT
[0021]M13序列为：
[0022]TGTAAAACGACGGCCAGT
[0023]进一步地，非洲菊品种包括以下品种：
[0024]云南红、大088、情人、绣色、粉佳人、福娃、黄球、真爱、淑女、粉球、紫水晶、深圳5号。
[0025]与现有技术相比，本专利技术的技术效果：
[0026]本专利技术提出的一种基于SSR荧光标记的非洲菊种质资源鉴评方法，从非洲菊
‘
香槟
’
转录组开发出的SSR标记中随机挑选二核苷酸重复和三核苷酸重复标记16和34个，设计引物，PCR扩增后琼脂糖电泳结果显示，18对引物多态性好，进一步合成其带M13标记接头的荧光引物，对12份种质PCR扩增后毛细管电泳检测，结果表明，18对引物在12份非洲菊材料中共扩增出74个多态性等位变异片段，平均每对引物扩增出多态性等位变异片段数4.1个，通过聚类分析将12份种质分为5组，筛选出4对能将12份种质区分开的引物，为非洲菊亲本选择提供理论依据。同时以编号GHSSR
‑
1、GHSSR
‑
18、GHSSR
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20和GHSSR
‑
21的4对引物为核心，基于该4对SSR荧光标记引物扩增结果，对多态性片段排序，成功构建12份非洲菊品种的指纹图谱，通过对12份非洲菊种质进行亲缘关系分析，为非洲菊种质资源鉴评及创新利用提供可靠的SSR荧光标记引物。
附图说明
[0027]为了更清楚地说明本申请实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术中记载的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，还可以根据这些附图获得其他的附图。
[0028]图1为本专利技术提供的基于50个SSR标记设计引物的PCR扩增电泳图。图中样品编号如表1，引物编号如表2；每4个样品对应1对引物，200个泳道共对应50对引物。M:DNA marker(B500437，生工生物工程股份有限公司)。
[0029]图2为本专利技术提供的12个非洲菊品种UPGMA聚类分析结果。
具体实施方式
[0030]为了使本领域的技术人员更好地理解本专利技术的技术方案，下面将结合实施例和附图对本专利技术作进一步的详细介绍。显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不
是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0031]下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。
[0032]下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。
[0033]1 材料与方法
[0034]1.1 试验材料
[0035]植株：供试1本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于SSR荧光标记的非洲菊种质资源鉴评方法，其特征在于，以编号为GHSSR
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1、GHSSR
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18、GHSSR
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20和GHSSR
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21的4对引物为核心引物，合成带M13标记的荧光引物，使这4对引物分别带有HEX、6
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FAM、6
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FAM和ROX标记，SSR标记类型分别为AG(2*8)、TCT(3*5)、CA(2*6)和GT(2*6)；利用这4个SSR荧光标记的引物将非洲菊品种中扩增的等位位点进行串联排列，得出非洲菊品种的指纹图谱编码进行资质资源鉴评；其中：GHSSR
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1引物序列为：正向引物：ACCTGCAAATGCAAAGATTTCTA反向引物：TCTCTGGCTCTGT...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘小飞，于波，钟荣辉，孙映波，黄丽丽，杨钰钗，
申请(专利权)人：广东省农业科学院环境园艺研究所，
类型：发明
国别省市：