【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物，具体涉及鉴定华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰的分子标记及其应用。
技术介绍
0、背景
1、蝴蝶兰属落叶蝴蝶兰组种类主要有华西蝴蝶兰、尖囊蝴蝶兰、滇西蝴蝶兰、海南蝴蝶兰等。华西蝴蝶兰(phalaenopsis wilsonii)和尖囊蝴蝶兰(phalaenopsis braceana)均属于落叶型蝴蝶兰，附生，其形态特征和生长环境类似，如气生根发达簇生，长而弯曲，表面密生疣状突起；茎短，包被在叶鞘中，长约1厘米，通常具4-5枚叶；叶稍肉质，长圆形或近椭圆形，萼片和花瓣多样，有粉色、绿色、褐色、白色不等，蒴果狭长；花期4-7月，果期8-9月。生于海拔800-2150米的树干上或林下阴湿的岩石上。在自然条件下，花期经常落叶，花时无叶或具1-2枚存留的小叶，在无花时，仅从形态上难以区分不同种类。
2、目前，蝴蝶兰属分类鉴定仍以形态分类和分子生物学方法为主。应用在蝴蝶兰属分类上的dna分子标记有限制性片段长度多态性(restriction fragment lengthpolymorphism,rflp)标记、随机扩增多态性dna(randomamplified polymorphic dna,rapd)标记、扩增片段长度多态性(amplified fragments length polymorphism,aflp)标记短串联的简单重复序列(simple sequence repeat,ssr，又称为微卫星microsatellite)标记、简单序列重复间区(inter-simple sequence
3、不同的分子标记在区分种属特别是形态相似的个体间的精确度不一，使得落叶兰组不同亚属、种间分类关系错综复杂。落叶蝴蝶兰种类在落叶后未有花朵时形态特征极为相似，细微差别是唇瓣基部是否有距或爪(金效华，2019，中国野生兰科植物原色图鉴)，而仅凭根系特征难以分辨其种属，纵使专业人士也常有误判。区分不同种属的最显著特征就是花朵特征，但由于即使在花期，由于受气候、地理环境等因素的影响，华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰在花型、花色多样，往往有的个体(变种或变型)间非常接近，特别是在野外采集时无花的情况下，往往很难区分，如图1。因此，非常有必要开发快速、准确区分落叶蝴蝶兰种类，特别是区分华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶的分子标记。
技术实现思路
1、本专利技术主要针对上述技术问题，提供一种简便的分子标记的方法，实现华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰的鉴定区分。具体提供一种鉴定华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰的分子标记及其应用。本专利技术利用高通量测序的方法，从华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰全基因组序列中组装出基因组contigs，并对华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰的基因组contigs进行比较。华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰基因组内存在多个长度超过10bp的indel，推测可作为分子标记，通过常规的pcr和琼脂糖凝胶电泳,或通过一代测序对华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰进行鉴定区分。
2、具体地，本专利技术提供如下技术方案：
3、第一方面，本专利技术提供一种鉴定区分华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰的分子标记，所述分子标记包含如下所示任一序列(seq id no:1-seq id no:11)的下划线部分：
4、
5、注：短横线“-”为两个物种的同源序列比对出现的gap位置；jn代表尖囊蝴蝶兰；hx代表华西蝴蝶兰。
6、在一个实施方案中，所述分子标记包含表1中seq id no:1-seq id no:11或其在表1中对应的同源序列。
7、进一步针对上indel序列设计引物，使上indel序列包含在引物扩增产物内部。
8、选择华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰样品，利用设计的引物进行pcr产物片段长度以及两种蝴蝶兰之间差异和预期一致，所述pcr产物均可作为鉴定区分华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰的分子标记，所述pcr产物的序列如下：
9、primer1pcr产物
10、hx:
11、acgagaagaataattttcattgccattcctaattattataaattagataagattctaatagatagattatcttatacattattaaattcattattcaattattaaa---------------------aaaaaaattatctattatctatatctaactatatctaaattaagaattaatagaatgaatatattctattttcattttatattatatctatttacttatttactaattgaatttactaattgaatcttagagattctatttctattctcagtatatttagtatattctagtaaattagagtctaaattagaagatttaatctttatagctttatagtaaaaatagtaaaaaagagtaaaagtgttctagtactcttatctagtactcttactagtatatagtatatactaatatagtactaatattgtactaatgtactaaggtttttcgtctttattc-ttttttttttcaagttttcccgcggtggaacaaaata
12、jn:
13、acgagaagaataattttcattgccattcctaattattataaattagataagattctaatagatagattatcttatacattattaaattcattattcaattatttaaaaaaattattcaattatttaaaaaaaaattatctattatctatatctaactatatctaaattaagaattaatagaatgaatatattctattttcattttatattatatctatttacttatttactaattgaatttactaattgaatcttagagattctatttctattctcagtatatttagtatattctagtaaattagagtctaaattagaagatttaatctttatagctttatagtaaaaatagtaaaaaagagtaaaagtgttctagtactcttatctagtactcttactagtatatagtatatactaatatagtactaatattgtactaatgtactaaggtttttcgtctttattctttttttttttcaagttttcccgcggtggaacaaaata
14、primer2pcr产物
15、jn:
16、ggttcaaatcctattggacgcaatttctttctataatttatttctatatatctattctagatagagaatagatatatagaaggaactttatttt本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于鉴定区分华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰的分子标记，其特征在于，所述分子标记包含如下表所示SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:11任一序列或其同源序列的下划线部分：
2.一种用于鉴定区分华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰的分子标记，其特征在于，所述分子标记为如权利要求1所述的SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:11所述任一序列或其同源序列。
3.用于鉴定区分华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰的引物，所述引物为能够在华西蝴蝶兰或尖囊蝴蝶兰基因组扩增出权利要求1或权利要求2所述分子标记或其同源序列的引物。
4.根据权利要求3所述的引物，其特征在于，所述引物包括如SEQ ID NO:12至SEQ IDNO:22所示至少一条正向引物，以及SEQ ID NO:23至SEQ ID NO:33所示至少一条反向引物序列。
5.含有权利要求3或4所述的引物的试剂盒。
6.一种鉴定区分东华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰的方法，其特征在于包含以下步骤：
7.一种鉴定区分东华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰的方法，其特征在于包含以下步骤：
8.权利
9.权利要求6-7任一项所述的方法的以下任一应用：
...【技术特征摘要】
1.一种用于鉴定区分华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰的分子标记，其特征在于，所述分子标记包含如下表所示seq id no:1-seq id no:11任一序列或其同源序列的下划线部分：
2.一种用于鉴定区分华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰的分子标记，其特征在于，所述分子标记为如权利要求1所述的seq id no:1至seq id no:11所述任一序列或其同源序列。
3.用于鉴定区分华西蝴蝶兰和尖囊蝴蝶兰的引物，所述引物为能够在华西蝴蝶兰或尖囊蝴蝶兰基因组扩增出权利要求1或权利要求2所述分子标记或其同源序列的引物。
4.根据权利要求3所述的引物，其...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘海林，叶广英，李冬梅，王再花，
申请(专利权)人：广东省农业科学院环境园艺研究所，
类型：发明
国别省市：
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