本发明专利技术属于生物技术领域，尤其是涉及双峰驼产奶性状相关基因MYRIP及其作为分子标记的应用。本发明专利技术利用二代测序技术对162头双峰驼进行基因组重测序，通过与骆驼产奶量性状进行全基因组关联分析，鉴定出MYRIP基因中与双峰驼驼乳中产奶量高/低相关的分子标记。该标记位于第17号染色体41245716bp位点，发生C>T单碱基突变(g.41245716C>T)，该突变位点可以提高驼奶的产奶量，利用该标记能针对双峰驼的驼产奶量性状开展分子标记辅助选择。产奶量性状开展分子标记辅助选择。产奶量性状开展分子标记辅助选择。
【技术实现步骤摘要】
双峰驼产奶量相关基因MYRIP及其作为分子标记的应用
[0001]本专利技术属于生物
，尤其是涉及双峰驼产奶量相关基因MYRIP及其作为分子标记的应用。
技术介绍
[0002]双峰驼乳营养成分多、胰岛素含量高、易消化吸收而深受消费者喜爱，在国内外市场上供不应求。但是我国双峰驼品种原始，未进行过乳用性驼的定向选育，平均产乳水平较低，日产乳量仅1kg/峰左右，而个别驼日产量可达6kg以上，个体间差异极大，选育提高产乳量的空间很大。但有关双峰驼产奶性状相关基因研究报道较少，而利用现代生物分子标记技辅助双峰驼育种提高产奶性能的专利技术尚未见报道。目前乳用性状分子水平上的研究多集中在牛、羊上，而双峰驼乳用性能的研究则主要集中于表型数据的收集与整理及初期泌乳规律和泌乳特性的分析上。因此，亟待进一步从分子遗传水平深入研究双峰驼泌乳机制及调控机理，是加快双峰驼乳用性能提高的主要途径之一。双峰驼是中国西北荒漠地区的特色畜种资源，目前双峰驼役用的作用已经大大减弱，正在由传统的单一的生产方式向生产专门化、商品化的方向转变。驼产品主要包括驼乳、驼肉、驼皮、驼骨等。驼乳是其中重要一个组成部分，驼乳因有益于身体健康而深受消费者欢迎，在市场上供不应求的乳品。但与此同时，驼乳的产乳量较低，造成生产效率不高，具有一定的局限性，因此，如何提高产乳量直接关系着驼乳产业的发展，对牧区农牧民增收以及社会稳定具有重要意义。传统的育种方式主要是利用表型信息和系谱信息进行杂交选育，对遗传力低和测量复杂的性状，存在测定成本高、时间长、育种过程复杂的问题。随着高通量测序技术、生物信息学及统计学方法的快速发展，全基因组关联分析(Genome Wide Association Study,GWAS)已成为禽畜重要性状主效基因挖掘与鉴定的主要手段。
技术实现思路
[0003]基于现有技术中缺少从分子遗传水平深入研究双峰驼泌乳机制及调控机理的现状，本专利技术提供一种双峰驼产奶性状相关基因MYRIP及其作为分子标记的应用。
[0004]本专利技术将选择的分子标记应用于筛选出产奶量高/低的双峰驼，为选育具有优良性状的双峰驼品种提供技术支撑。
[0005]本专利技术的目的可以通过以下技术方案来实现：
[0006]本专利技术首先提供一种双峰驼产奶性状相关基因MYRIP作为与双峰驼产奶性状相关的分子遗传标记的应用。
[0007]进一步地，所述产奶性状具体是指双峰驼产奶量。
[0008]进一步地，提供一种与双峰驼产奶量相关的SNP分子标记，位于双峰驼17号染色体41245716处核酸位点，该位点的碱基为C或T(g.41245716C>T)，包含在MYRIP基因内含子内，其中，MYRIP基因位于骆驼参考基因组17号染色体41142158bp
–
41295982bp，其核酸序列可在NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)查询获得。
[0009]本专利技术进一步提供所述SNP分子标记进行选育或辅助选育双峰驼泌乳相关品种或品系的方法，具体是选育或辅助选育产奶量高/低的双峰驼。
[0010]进一步地，基于所述SNP分子标记选育或辅助选育产奶量高/低的双峰驼详细步骤为：采集双峰驼组织样或血液样本，提取双峰驼基因组DNA，检测双峰驼的第17号染色体41245716核苷酸的序列为C或T，确定待测双峰驼的基因型是CC、CT或TT型，根据需要选择TT型基因的双峰驼进行下一步选种和/或育种。
[0011]进一步说明，所述TT基因型双峰驼产奶量高于CT型双峰驼，CT基因型双峰驼产奶量则高于CC基因型双峰驼。
[0012]本专利技术还提供一种鉴定如上所述SNP分子标记的方法，具体步骤为：
[0013]1)采集并获取双峰驼产奶性状：
[0014]采集并获取双峰驼产奶性状，记录其乳脂率及其影响因素，包括群体、年份、胎次、年龄、饲养方式、采样日期；
[0015]2)获取双峰驼样本：
[0016]采取对应双峰驼耳部组织样本，收集于离心管中，加入无水乙醇浸没样品，密封编号后于
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80℃保存备用；
[0017]3)基因组DNA提取：
[0018]按照动物组织样DNA提取试剂盒说明书的流程，提取骆驼基因组DNA样品，使用NanoDrop 2000检测DNA样品的浓度和质量，并采用琼脂糖凝胶电泳检测DNA的完整性；
[0019]4)基因组重测序
[0020]采用Illumina公司标准建库流程制备测序文库，用Hiseq测序平台进行双峰驼基因组重测序，测序深度为4x；
[0021]5)检测变异位点：
[0022]用PLINK软件对测得的原始文库数据进行过滤处理，以减少碱基错误对结果造成的影响，过滤标准如下：(1)去除带接头的序列；(2)去除无法确定碱基信息的序列；(3)当单端序列含有质量低于5，需要去除此对序列；(4)仅保留双端序列；
[0023]6)全基因组关联分析：
[0024]采用Vcftools软件对变异中的SNP根据群体变异分布进行过滤，过滤阈值包括：(1)次要等位基因数量大于3；(2)SNP缺失率超过5％；(3)SNP质量大于30；(4)最小测序深度5；(5)最小等位频率低于0.05；最后，通过过滤的SNP用于全基因组关联分析，应用rMVP软件，利用一般线性模型(GLM)、混合线性模型(MLM)、固定和随机模型循环概率统一方法(FarmCPU)进行全基因组关联分析，鉴定影响产奶性状的关键候选基因及位点。
[0025]进一步地，步骤5)检测变异位点时，具体方法为：
[0026]使用BWA
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mem软件将基因组序列比对到骆驼参考基因组(BCGSAC_Cfer_1.0assembly)上，采用Samtools软件对比对结果进行排序和建立索引；然后，使用GATK软件进行下游分析：首先，使用GATK MarkDuplicates去除因PCR造成的序列重复；随后，使用GATK HaplotypeCaller对全基因组范围内的变异进行检索；最后，使用GATK VariantFiltration对变异位点进行硬过滤，其中，SNP过滤的阈值设为“QD<2.0，MQ<40.0，FS>60.0，SOR>3.0，MQRankSum<
‑
12.5，ReadPosRankSum<
‑
8.0”，INDEL过滤的阈值设为“QD<2.0，FS>200.0，SOR>10.0，MQRankSum<
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12.5，ReadPosRankSum<
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8.0”。
[0027]本专利技术还进一步提供一种双峰驼选育方法，包括如下步骤：
[0028]检测供试双峰驼基于SNP分子标记的基因型，根据基本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种双峰驼产奶性状相关基因MYRIP作为与双峰驼产奶性状相关的分子遗传标记的应用，其特征在于，MYRIP基因位于骆驼参考基因组17号染色体41142158bp
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41295982bp。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述产奶性状具体是指双峰驼产奶量。3.一种与双峰驼产奶量相关的SNP分子标记，其特征在于，位于双峰驼17号染色体41245716处核酸位点，该位点的碱基为C或T(g.41245716C>T)，包含在MYRIP基因内含子内，其中，MYRIP基因位于骆驼参考基因组17号染色体41142158bp
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41295982bp。4.权利要求3所述SNP分子标记进行选育或辅助选育双峰驼泌乳相关品种或品系的方法，其特征在于，是选育或辅助选育产奶量高/低的双峰驼。5.根据权利要求4所述SNP分子标记进行选育或辅助选育双峰驼泌乳相关品种或品系的方法，其特征在于，基于所述SNP分子标记选育或辅助选育产奶量高/低的双峰驼详细步骤为：采集双峰驼组织样或血液样本，提取双峰驼基因组DNA，检测双峰驼的第17号染色体41245716核苷酸的序列为C或T，确定待测双峰驼的基因型是CC、CT或TT型，根据需要选择TT型基因的双峰驼进行下一步选种和/或育种。6.根据权利要求5所述SNP分子标记进行选育或辅助选育双峰驼泌乳相关品种或品系的方法，其特征在于，所述TT基因型双峰驼产奶量高于CT型双峰驼，CT基因型双峰驼产奶量则高于CC基因型双峰驼。7.一种鉴定权利要求3所述SNP分子标记的方法，其特征在于，具体步骤为：1)采集并获取双峰驼产奶性状：采集并获取双峰驼产奶性状，记录其乳脂率及其影响因素，包括群体、年份、胎次、年龄、饲养方式、采样日期；2)获取双峰驼样本：采取对应双峰驼耳部组织样本，收集于离心管中，加入无水乙醇浸没样品，密封编号后于
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80℃保存备用；3)基因组DNA提取：按照动物组织样DNA提取试剂盒说明书的流程，提取骆驼基因组DNA样品，使用NanoDrop 2000检测DNA样品的浓度和质量，并采用琼脂糖凝胶电泳检测DNA的完整性；4)基因组重测序采用Illumina公司标准建库流程制备测序文库，用Hiseq测序平台进行双峰驼基因组重测序，测序深度为4x；5)检测变异位点：用PLINK软件对测得的原始文库数据进行过滤处理，以减少碱基错误对结果造成的影响，过滤标准如下：(1)去除带接头的序列；(2)去除无法确定碱基信息的序列；(3)当单端序列含有质量低于5，需要...
【专利技术属性】
技术研发人员：道勒玛，孟和，张文彬，刘佳佳，乌仁套迪，王筱珊，宝迪，
申请(专利权)人：上海交通大学，
类型：发明
国别省市：
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