一种单细胞转录组细胞碎片和多细胞过滤方法、介质和设备技术

本发明专利技术公开了一种单细胞转录组低质量细胞过滤方法，涉及涉及生物数据处理方法。包括以下步骤：对细胞进行分群；按基因取表达量平均值，生成细胞群的特征表达谱；将所述细胞群的特征表达谱随机两两组合，生成人工多细胞；合并所述人工多细胞表达谱和真实细胞表达谱，计算每个细胞间的距离；在规定范围内设置若干等距的邻域，计算每个邻域下，每个真实细胞在邻域内的人工多细胞比例；统计每个邻域下的人工多细胞比例分布，求其双峰系数，并以双峰系数最大的邻域为最优邻域；在最优邻域下，将人工多细胞比例最大的规定数量的真实细胞认定为多细胞，将其从真实细胞表达谱中删除。提高了单细胞转录组数据的过滤标准和精准度，增强了数据的可靠性。了数据的可靠性。了数据的可靠性。

【技术实现步骤摘要】
一种单细胞转录组细胞碎片和多细胞过滤方法、介质和设备
[0001]相关申请的交叉引用本申请是基于申请号为2022113673004，申请日为：2022年11月03日，专利技术名称为：一种单细胞转录组低质量细胞过滤方法、介质和设备的分案申请。


[0002]本专利技术涉及涉及生物数据处理方法，尤其涉及一种单细胞转录组细胞碎片和多细胞过滤方法、介质和设备。

技术介绍

[0003]基于微流控技术的单细胞转录组测序能够在单个实验中对数万个细胞的基因表达进行量化。其主要是基于序列标签来识别单细胞，其核心技术是给每个细胞添加一个独特的序列标签，在测序时把携带相同标签的核酸序列视为来自同一个细胞。10X Genomics 单细胞转录组测序平台为目前应用广泛的一种技术，该平台利用微流控、油滴包裹和barcode标签等技术来实现高通量的细胞分选与捕获，能够一次性分离、并标记500至数万个单细胞，测序后可获得每个细胞的转录组信息，具有细胞通量高、建库成本低、捕获周期短等优势。
[0004]典型的单细胞转录组测序实验流程如下，首先制备细胞悬浮液，在相应本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种单细胞转录组细胞碎片和多细胞过滤方法，其特征在于，包括以下步骤：S101，基于真实细胞表达谱，对细胞进行分群；将基因分别设置四个基因集A
gene
，并计算每个细胞群的表达基因分数S
gene
；A
gene
为一次过滤细胞表达谱中的总基因集，S
gene
为细胞群中所有细胞的表达基因数量的平均值；设置S
gene
、S
mt
、S
active
、S
antioxi
对应的阈值G
gene
；在真实细胞表达谱中，当S
gene
分数小于G
gene
时，判定细胞群为细胞碎片，将判定为细胞碎片的细胞删除；S1041，将每个细胞群的细胞表达谱，按基因取表达量平均值，生成每一细胞群的特征表达谱；S1042，将所述细胞群的特征表达谱随机两两组合，生成一定数量的人工多细胞；S1043，合并所述人工多细胞表达谱和真实细胞表达谱，计算每个细胞间的距离；S1044，在规定范围内设置若干等距的邻域，计算每个邻域下，每个真实细胞在邻域内的人工多细胞比例；S1045，统计每个邻域下的人工多细胞比例分布，求其双峰系数，并以双峰系数最大的邻域为最优邻域；S1046，在最优邻域下，将人工多细胞比例最大的规定数量的真实细胞认定为多细胞，将其从真实细胞表达谱中删除；所述双峰系数为：其中，BC为双峰系数；s...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈哲名，郎秋蕾，韩斐然，
申请(专利权)人：杭州联川生物技术股份有限公司，
类型：发明
国别省市：