一种基于铜死亡相关基因的肺腺癌预后模型的构建方法技术

本申请提供一种基于铜死亡相关基因的肺腺癌预后模型的构建方法，所述方法包括：获取来自基因表达综合数据库的肺腺癌单细胞数据；根据单细胞分析对所述肺腺癌单细胞数据进行分析以获取铜死亡通路活性最高的细胞亚群；筛选所述铜死亡通路活性最高的细胞亚群与其他细胞亚群之间的差异化表达基因；筛选所述差异化表达基因以获取肺腺癌生存预测基因；根据所述肺腺癌生存预测基因建立肺腺癌预后模型，其中，所述肺腺癌生存预测基因包括ANKRD29、RHOV、TLE1及NPAS2，所述方法能够更准确地评估患者的预后风险，并为个体化治疗决策提供参考，这样的预后模型根据患者的基因表达特征和生存信息制定更有效的治疗方案，提高患者的生存率和生活质量。存率和生活质量。存率和生活质量。

【技术实现步骤摘要】
一种基于铜死亡相关基因的肺腺癌预后模型的构建方法


[0001]本申请涉及健康管理
，尤其涉及一种基于铜死亡相关基因的肺腺癌预后模型的构建方法。

技术介绍

[0002]肺腺癌(Lung Adenocarcinoma，LUAD)是肺癌的一种亚型，在全球范围内的发病率和死亡率均较高，对人类健康构成了严重威胁。目前，肺腺癌往往难以识别，大多数患者在诊断时已处于晚期，癌细胞的远距离扩散会导致严重的健康后果。化疗、放疗和手术是肺癌的常规治疗方法，但不同患者的治疗效果有所不同，有些患者预后效果较差，需要及时介入。因此，迫切需要识别预后特征，以预测LUAD患者的长期生存率，从而为提供个体化治疗方案、改善预后提供依据。
[0003]细胞死亡是生命中常见的现象，也是生命科学研究中的热点之一。细胞可以通过不同的方式进行死亡，包括凋亡、坏死和铁死亡等多种类型。金属离子在细胞功能中起着重要作用，其中铜是人体必需的微量元素。然而，当细胞暴露在过多或过少的铜离子环境中时，可能导致细胞死亡。在哺乳动物细胞中，铜的含量通常较低，超过细胞所需的稳态阈值会引发细胞毒性反应。近期的研究发现了一种新型的依赖于铜离子调控的细胞死亡模式，被称为铜诱导的细胞死亡或铜死亡。然而，铜死亡相关基因在肺腺癌中的作用尚不清楚。

技术实现思路

[0004]有鉴于此，有必要提供一种基于铜死亡相关基因的肺腺癌预后模型的构建方法，能够至少克服以上缺陷之一。
[0005]第一方面，本申请实施例提供一种基于铜死亡相关基因的肺腺癌预后模型的构建方法，所述方法包括：获取来自基因表达综合数据库的肺腺癌单细胞数据；根据单细胞分析对所述肺腺癌单细胞数据进行分析以获取铜死亡通路活性最高的细胞亚群；筛选所述铜死亡通路活性最高的细胞亚群与其他细胞亚群之间的差异化表达基因；筛选所述差异化表达基因以获取肺腺癌生存预测基因；根据所述肺腺癌生存预测基因建立肺腺癌预后模型，其中，所述肺腺癌生存预测基因包括ANKRD29、RHOV、TLE1及NPAS2。
[0006]根据本申请的一个实施例，所述铜死亡通路活性最高的细胞亚群为上皮细胞亚群。
[0007]根据本申请的一个实施例，所述筛选所述差异化表达基因以获取肺腺癌生存预测基因，包括：应用单因素COX生存分析算法分析所述差异化表达基因以获取预后相关基因；应用随机森林生存算法筛选所述预后相关基因以获取所述肺腺癌生存预测基因。
[0008]根据本申请的一个实施例，所述方法还包括：根据FindMarkers算法筛选所述上皮细胞亚群与其他细胞亚群的所述差异化表达基因。
[0009]根据本申请的一个实施例，所述根据所述肺腺癌生存预测基因建立肺腺癌预后模型，包括：根据癌症基因组图谱获取肺腺癌患者的转录图谱及临床信息；根据所述肺腺癌生
存预测基因、所述转录图谱及所述临床信息或建立所述肺腺癌预后模型。
[0010]根据本申请的一个实施例，所述获取来自基因表达综合数据库的肺腺癌单细胞数据还包括：排除患者生存时间小于三十天的所述临床信息。
[0011]根据本申请的一个实施例，所述肺腺癌预后模型为：风险系数＝0.0595*NPAS2+0.1717*TLE1+0.1217*RHOV+(
‑
0.073)*ANKRD29。
[0012]根据本申请的一个实施例，所述肺腺癌预后模型用于预测肺腺癌患者的1年、3年及5年生存率。
[0013]根据本申请的一个实施例，所述方法还包括：根据所述转录图谱及所述临床信息建立训练组以及验证组；根据所述训练组训练所述肺腺癌预后模型；根据所述验证组验证所述肺腺癌预后模型的预测结果。
[0014]根据本申请的一个实施例，所述方法还包括：将所述训练组的数据输入所述肺腺癌预后模型，以获取所述风险系数的中位数；根据所述中位数将所述肺腺癌患者分为高危组及低危组。
[0015]本申请实施方式提供的基于铜死亡相关基因的肺腺癌预后模型的构建方法，能够更准确地评估患者的预后风险，并为个体化治疗决策提供参考。这样的预后模型根据患者的基因表达特征和生存信息制定更有效的治疗方案，提高患者的生存率和生活质量。
附图说明
[0016]图1为本申请一实施例提供的基于铜死亡相关基因的肺腺癌预后模型的构建方法流程示意图。
[0017]图2为本申请一实施例提供的铜死亡通路的活性示意图。
[0018]图3为本申请一实施例提供的细胞亚群中铜死亡通路的活性示意图。
[0019]图4为本申请一实施例提供的基因预测能力示意图。
[0020]图5a为本申请一实施例提供的K
‑
M生存分析示意图。
[0021]图5b为本申请一实施例提供的K
‑
M生存分析示意图。
[0022]图6为本申请一实施例提供的肺腺癌患者生存率示意图。
具体实施方式
[0023]下面将结合本申请实施方式中的附图，对本申请实施方式中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施方式是本申请一部分实施方式，而不是全部的实施方式。
[0024]需要说明的是，本申请实施例中“至少一个”是指一个或者多个，多个是指两个或两个以上。除非另有定义，本文所使用的所有的技术和科学术语与属于本申请中的
的技术人员通常理解的含义相同。本申请的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的，不是旨在于限制本申请。
[0025]需要说明的是，本申请实施例中，“第一”、“第二”等词汇，仅用于区分描述的目的，而不能理解为指示或暗示相对重要性，也不能理解为指示或暗示顺序。限定有“第一”、“第二”的特征可以明示或者隐含地包括一个或者更多个所述特征。在本申请实施例的描述中，“示例性的”或者“例如”等词用于表示作例子、例证或说明。本申请实施例中被描述为“示例
性的”或者“例如”的任何实施例或设计方案不应被解释为比其它实施例或设计方案更优选或更具优势。确切而言，使用“示例性的”或者“例如”等词旨在以具体方式呈现相关概念。
[0026]基于本申请中的实施方式，本领域普通技术人员在没有付出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施方式，都是属于本申请保护的范围。
[0027]肺腺癌(Lung Adenocarcinoma，LUAD)是肺癌的一种亚型，在全球范围内的发病率和死亡率均较高，对人类健康构成了严重威胁。目前，肺腺癌往往难以识别，大多数患者在诊断时已处于晚期，癌细胞的远距离扩散会导致严重的健康后果。化疗、放疗和手术是肺癌的常规治疗方法，但不同患者的治疗效果有所不同，有些患者预后效果较差，需要及时介入。因此，迫切需要识别预后特征，以预测LUAD患者的长期生存率，从而为提供个体化治疗方案、改善预后提供依据。
[0028]细胞死亡是生命中常见的现象，也是生命科学研究中的热点之一。细胞可以通过不同的方式进行死亡，包括凋亡、坏死和铁死亡等多种类型。金属离子在细胞功能中起着重要作用，其中铜是人体必需的微量元素。然而，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于铜死亡相关基因的肺腺癌预后模型的构建方法，其特征在于，所述方法包括：获取来自基因表达综合数据库的肺腺癌单细胞数据；根据单细胞分析对所述肺腺癌单细胞数据进行分析以获取铜死亡通路活性最高的细胞亚群；筛选所述铜死亡通路活性最高的细胞亚群与其他细胞亚群之间的差异化表达基因；筛选所述差异化表达基因以获取肺腺癌生存预测基因；根据所述肺腺癌生存预测基因建立肺腺癌预后模型，其中，所述肺腺癌生存预测基因包括ANKRD29、RHOV、TLE1及NPAS2。2.如权利要求1所述的基于铜死亡相关基因的肺腺癌预后模型的构建方法，其特征在于：所述铜死亡通路活性最高的细胞亚群为上皮细胞亚群。3.如权利要求2所述的基于铜死亡相关基因的肺腺癌预后模型的构建方法，其特征在于，所述筛选所述差异化表达基因以获取肺腺癌生存预测基因，包括：应用单因素COX生存分析算法分析所述差异化表达基因以获取预后相关基因；应用随机森林生存算法筛选所述预后相关基因以获取所述肺腺癌生存预测基因。4.如权利要求2所述的基于铜死亡相关基因的肺腺癌预后模型的构建方法，其特征在于，所述方法还包括：根据FindMarkers算法筛选所述上皮细胞亚群与其他细胞亚群的所述差异化表达基因。5.如权利要求1所述的基于铜死亡相关基因的肺腺癌预后模型的构建方法，其特征在于，所述根据所述肺腺癌生存预测基因建立肺腺癌预后模型，包括：根...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑泽茂，胡亚惠，葛静，
申请(专利权)人：南方医科大学南方医院，
类型：发明
国别省市：