对空间转录组数据进行微生物信息挖掘的方法和装置制造方法及图纸

本发明专利技术实施例提供一种对空间转录组数据进行微生物信息挖掘的方法和装置，该方法包括：获取样本对象的空间转录组数据；将转录组数据中的所有载荷序列和预设的微生物参考基因组、宿主参考基因组进行匹配，确定样本对象对应的微生物信息；根据样本对象对应的微生物信息和正常对象对应的微生物信息，确定所述样本对象与所述正常对象之间存在差异的微生物信息。本发明专利技术实施例的方法可以准确地确定所述样本对象与所述正常对象之间存在差异的微生物信息，实现了样本对象中的微生物信息的挖掘。掘。掘。

【技术实现步骤摘要】
对空间转录组数据进行微生物信息挖掘的方法和装置


[0001]本专利技术涉及生物信息
，尤其涉及一种对空间转录组数据进行微生物信息挖掘的方法和装置。

技术介绍

[0002]基于基因组学的研究表明，大多数主要类型的人类和物体内部都含有微生物群。这些微生物群落中特定的细菌可能会导致风险的发生和发展，如水果、食品、环境中特定的细菌会引起食品的变质和发霉。
[0003]相关技术中，仍无法捕获样本对象的空间转录组数据中的微生物信息，从而也就无法基于样本对象的空间转录组数据中的微生物信息确定其在宿主体内发挥哪种作用及对宿主的影响。因而如何准确的挖掘和识别出样本对象中的微生物信息，从而根据样本对象中的微生物信息确定其在宿主体内发挥哪种作用及对宿主的影响，是本领域技术人员亟需解决的技术问题。

技术实现思路

[0004]针对现有技术中的问题，本专利技术实施例提供一种对空间转录组数据进行微生物信息挖掘的方法和装置。
[0005]具体地，本专利技术实施例提供了以下技术方案：
[0006]第一方面，本专利技术实施例提供了一种微生物信息挖掘方法，包括：
[0007]获取样本对象的空间转录组数据；
[0008]将所述转录组数据中的所有载荷序列和预设的微生物参考基因组、宿主参考基因组进行匹配，确定所述样本对象对应的微生物信息；
[0009]根据所述样本对象对应的微生物信息和正常对象对应的微生物信息，确定所述样本对象与所述正常对象之间存在差异的微生物信息。
[0010]进一步地，所述将所述转录组数据中的所有载荷序列和预设的微生物参考基因组、宿主参考基因组进行匹配，确定所述样本对象对应的微生物信息，包括：
[0011]将所述转录组数据中的所有载荷序列和预设的微生物参考基因组、宿主参考基因组进行匹配，确定所述样本对象对应位置的目标载荷序列；所述目标载荷序列为与所述微生物参考基因组匹配成功的载荷序列以及与所述宿主参考基因组匹配成功的载荷序列；
[0012]根据所述目标载荷序列，确定所述样本对象对应位置的微生物信息和基因表达信息。
[0013]进一步地，所述根据所述目标载荷序列，确定所述样本对象对应位置的微生物信息和基因表达信息，包括：
[0014]根据各个所述目标载荷序列对应的微生物类型和空间采样位点，确定各个空间采样位点中所包含的微生物的类型及各个微生物类型对应的UMI的数量；
[0015]将各个所述空间采样位点中所包含的微生物的类型及各个微生物类型对应的UMI
的数量，作为所述样本对象对应位置的微生物信息。
[0016]进一步地，所述根据所述样本对象对应的微生物信息和正常对象对应的微生物信息，确定所述样本对象与所述正常对象之间存在差异的微生物信息，包括：
[0017]将所述样本对象对应的微生物信息和所述正常对象对应的微生物信息进行比较，获取样本对象对应的各个空间采样点位中增加的微生物的类型；
[0018]根据各个所述空间采样点位中增加的微生物的类型，确定所述确定所述样本对象与所述正常对象之间存在差异的微生物信息。
[0019]进一步地，所述将所述转录组数据中的多个载荷序列和预设的微生物参考基因组、宿主参考基因组进行匹配，确定所述样本对象对应的微生物信息之后，还包括：
[0020]根据与预设的宿主参考基因组匹配成功的载荷序列，确定各个空间采样点位中对应的宿主基因的UMI的数量；
[0021]根据各个所述空间采样位点中所包含的微生物的类型、各个微生物类型对应的UMI的数量和各个所述空间采样点位中对应的宿主宿主的UMI的数量，过滤所述样本对象对应的微生物信息。
[0022]进一步地，所述根据所述样本对象对应的微生物信息和正常对象对应的微生物信息，确定所述样本对象与所述正常对象之间存在差异的微生物信息之后，还包括：
[0023]确定样本对象中各类型的差异微生物的空间分布特征；和/或，
[0024]确定样本对象中细胞类型和差异微生物类型的关联关系。
[0025]第二方面，本专利技术实施例还提供了一种对空间转录组数据进行微生物信息挖掘的装置，包括：
[0026]获取模块，用于获取样本对象的空间转录组数据；
[0027]确定模块，用于将所述转录组数据中的所有载荷序列和预设的微生物参考基因组、宿主参考基因组进行匹配，确定所述样本对象对应的微生物信息；
[0028]挖掘模块，用于根据所述样本对象对应的微生物信息和正常对象对应的微生物信息，确定所述样本对象与所述正常对象之间存在差异的微生物信息。
[0029]第三方面，本专利技术实施例还提供了一种电子设备，包括存储器、处理器及存储在所述存储器上并可在所述处理器上运行的计算机程序，所述处理器执行所述程序时实现如第一方面所述对空间转录组数据进行微生物信息挖掘的方法。
[0030]第四方面，本专利技术实施例还提供了一种非暂态计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，所述计算机程序被处理器执行时实现如第一方面所述对空间转录组数据进行微生物信息挖掘的方法。
[0031]第五方面，本专利技术实施例还提供了一种计算机程序产品，包括计算机程序，所述计算机程序被处理器执行时实现如第一方面所述对空间转录组数据进行微生物信息挖掘的方法。
[0032]本专利技术实施例提供的对空间转录组数据进行微生物信息挖掘的方法和装置，通过将样本对象的空间转录组数据中的所有载荷序列与预设的微生物参考基因组、宿主参考基因组进行匹配，确定样本对象中的各个空间采样点位中的基因表达信息和微生物信息；进而将样本对象对应的微生物信息和正常对象对应的微生物信息进行比较，也就可以准确地确定所述样本对象与所述正常对象之间存在差异的微生物信息，从而也就识别出了样本对
象中所特有的微生物物种，实现了样本对象中的微生物信息的挖掘，进而也就可以结合空间采样点位中包含的细胞类型信息进一步分析样本对象中的微生物信息在宿主体内发挥哪种作用及对宿主的影响。
附图说明
[0033]为了更清楚地说明本专利技术或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作一简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
[0034]图1是本专利技术实施例提供的对空间转录组数据进行微生物信息挖掘方法的流程示意图；
[0035]图2是本专利技术实施例提供的对空间转录组数据进行微生物信息挖掘方法的另一流程示意图；
[0036]图3是本专利技术实施例提供的对空间转录组数据进行微生物信息挖掘的装置的结构示意图；
[0037]图4是本专利技术实施例提供的电子设备的结构示意图。
具体实施方式
[0038]为使本专利技术的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将结合本专利技术中的附图，对本专利技术中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本专利技术一部分实施例，而不是本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种对空间转录组数据进行微生物信息挖掘的方法，其特征在于，包括：获取样本对象的空间转录组数据；将所述转录组数据中的所有载荷序列和预设的微生物参考基因组、宿主参考基因组进行匹配，确定所述样本对象对应的微生物信息；根据所述样本对象对应的微生物信息和正常对象对应的微生物信息，确定所述样本对象与所述正常对象之间存在差异的微生物信息。2.根据权利要求1所述的对空间转录组数据进行微生物信息挖掘的方法，其特征在于，所述将所述转录组数据中的所有载荷序列和预设的微生物参考基因组、宿主参考基因组进行匹配，确定所述样本对象对应的微生物信息，包括：将所述转录组数据中的所有载荷序列和预设的微生物参考基因组、宿主参考基因组进行匹配，确定所述样本对象对应位置的目标载荷序列；所述目标载荷序列为与所述微生物参考基因组匹配成功的载荷序列以及与所述宿主参考基因组匹配成功的载荷序列；根据所述目标载荷序列，确定所述样本对象对应位置的微生物信息和基因表达信息。3.根据权利要求2所述的对空间转录组数据进行微生物信息挖掘的方法，其特征在于，所述根据所述目标载荷序列，确定所述样本对象对应位置的微生物信息和基因表达信息，包括：根据各个所述目标载荷序列对应的微生物类型和空间采样位点，确定各个空间采样位点中所包含的微生物的类型及各个微生物类型对应的唯一分子标识符UMI的数量；将各个所述空间采样位点中所包含的微生物的类型及各个微生物类型对应的唯一分子标识符UMI的数量，作为所述样本对象对应位置的微生物信息；将各个空间采样位点中所包含的宿主基因及各个基因对应的唯一分子标识符UMI的数量，作为样本对象对应位置的基因表达信息。4.根据权利要求1
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3任一项所述的对空间转录组数据进行微生物信息挖掘的方法，其特征在于，所述根据所述样本对象对应的微生物信息和正常对象对应的微生物信息，确定所述样本对象与所述正常对象之间存在差异的微生物信息，包括：将所述样本对象对应的微生物信息和所述正常对象对应的微生物信息进行比较，获取样本对象对应的各个空间采样点位中增加的微生物的类型；根据各个所述空间采样点位中增加的微生物的类型，确定所...

【专利技术属性】
技术研发人员：侯睿，宫月，杨家亮，田埂，
申请(专利权)人：北京元码医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：