一种燕麦SNP育种芯片的开发方法及其应用技术

本发明专利技术涉及遗传学、分子生物学、生物信息学和燕麦分子育种领域、以及全基因组基因芯片技术领域，更具体涉及一种燕麦SNP育种芯片开发方法及其应用。本发明专利技术的燕麦50K SNP靶向捕获探针包含燕麦50K SNP位点探针，所述燕麦50K SNP位点探针是根据燕麦50K（共计58900个）SNP分子标记合成的单链DNA。该燕麦50K SNP靶向捕获探针可快速、有效地追踪燕麦的遗传物质，有利于加快燕麦育种进程，提高新品种选育效率。本发明专利技术与以往的6K燕麦芯片相比，具有更多的位点数量、广泛的遗传多样性、更均匀的覆盖染色体、芯片更加灵活、拥有更高的检出率和更好的重复性。重复性。重复性。

【技术实现步骤摘要】
一种燕麦SNP育种芯片的开发方法及其应用


[0001]本专利技术涉及遗传学、分子生物学、生物信息学和燕麦分子育种领域、以及全基因组基因芯片
，更具体涉及一种基于靶向测序技术开发的燕麦育种芯片开发方法及其应用。

技术介绍

[0002]燕麦(Avena sativa L.，2n＝6
×
＝42，AACCDD基因组)属于禾本科燕麦属，是全球种植的粮饲兼用作物，具有重要经济价值，是分子育种研究的重点植物。其籽粒富含膳食纤维、抗氧化剂、矿物质和维生素，对降血糖和预防心血管疾病具有重要作用，长期以来一直受到消费者的珍视。然而，燕麦是异源六倍体、基因组庞大(～11GB)，极大的限制了燕麦的基础研究。伴随高通量测序技术及基因组组装技术的快速发展，高质量二倍体、四倍体及六倍体燕麦基因组序列信息释放，提高了对燕麦基本生物学的理解，对于遗传学、基因组学及分子育种研究等至关重要。
[0003]单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)作为基因组中分布更为广泛的遗传标记，具有密度高、遗传稳定性高和本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种燕麦50K SNP靶向捕获探针，其特征在于，包含燕麦50K SNP位点探针，所述燕麦50K SNP位点探针是根据燕麦50K SNP分子标记合成的单链DNA，所述50K SNP位点包括如下所示的核心SNP分子标记：1～104：chr1A：5283582、7103302、10734851、10945761、11664332、14467396、15047396、16398486、21270926、25425155、29414961、75223307、101003855、115488498、135276592、148522929、202683424、205620149、222308771、229586249、234567116、240417456、253749877、281357546、293747404、298042526、298551987、304720100、308580466、315853787、316067487、317504915、323176649、323573314、326044569、331209279、331937768、331978174、340045388、342258714、346927231、352153597、352895025、353681133、353814760、354406639、356296360、357079009、359814991、360764207、361568511、364411537、366545162、368905078、370338339、370873141、371665959、371666020、378118472、378609831、381550595、381678547、382379106、383609412、385331788、387527211、387561633、388365359、390782899、391759928、392823534、396147375、401560695、405883242、407306848、407534418、408130557、415475150、420947480、430805639、451372954、461369888、462031762、472352616、484252481、488853414、495087041、499171795、502654285、506758067、507037483、509192469、509662645、515161916、515262213、517095456、522371782、525396862、527223945、528829545、533025127、539185410、540315630、540617233；105～159：chr2A：2100930、4239492、10704631、10938210、13436858、14441332、18422955、32282364、39418692、59982919、60887086、70607983、75197819、89599242、104954798、112783291、130463628、132068088、135426392、217334034、242505005、266261884、274342752、296150888、316167952、317795068、330610398、332882630、335767331、340794839、344918901、345951965、348518457、351045498、354468810、358393070、359546799、365230751、367437482、376887627、381029377、382692023、386423751、388053059、392483868、392798434、396593342、414088827、417851447、420594190、420595093、424692775、427321507、442730057、446172245；160～205：chr3A：1610216、6683114、8014312、10110259、10485169、14172173、14776263、17340560、20488584、21496967、26049655、32772758、33991651、35299853、38586125、44880561、54997130、58739452、62189906、85688337、94820162、114658260、116633323、128773290、151178376、200425079、280387479、351442042、363495278、375553019、383400710、390469516、396533215、397753012、401574339、401783978、406500645、408866831、409429625、412020155、413066356、416646002、417059585、420444403、421675699、425498293；206～315：chr4A：5868933、8392393、19170174、19413350、25203745、25791291、28906638、30909572、31909139、36204577、37380881、37931499、51111451、56156245、59101899、61464368、73797069、74531320、89017088、90449403、92562971、104373841、111027202、111827939、111827957、115429197、117630111、121222702、135528254、136756326、137303694、139458951、159197158、161232316、163502837、168263215、170902690、171546185、177665690、187622384、195349317、197153086、207347401、
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【专利技术属性】
技术研发人员：韩冰，王婷，张春林，
申请(专利权)人：内蒙古农业大学，
类型：发明
国别省市：