联合检测流感病毒和泛沙贝冠状病毒的引物探针组合物及多重荧光RT-PCR试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了一种联合检测流感病毒和泛沙贝冠状病毒的引物探针组合物及多重荧光RT

【技术实现步骤摘要】
联合检测流感病毒和泛沙贝冠状病毒的引物探针组合物及多重荧光RT
‑
PCR试剂盒


[0001]本专利技术属于病毒分子检测
，具体涉及一种联合检测流感病毒和泛沙贝冠状病毒的引物探针组合物及多重荧光RT
‑
PCR试剂盒。

技术介绍

[0002]泛沙贝冠状病毒(Pan
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sarbecovirus)亚属除了包括已引起大范围疫情的SARS和SARS
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CoV
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2冠状病毒外，还包括存在于蝙蝠、穿山甲、果子狸等动物宿主中的类SARS相关冠状病毒，这类泛沙贝冠状病毒易发生从动物到人类的溢出感染，造成严重的传染病疫情。在新冠疫情后，全球应持续开展强有力的病原监测和早期防控措施，这对防范未来泛沙贝冠状病毒传染病疫情至关重要。
[0003]荧光RT
‑
qPCR技术凭借优异的灵敏度和特异性，成为目前SARS
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CoV
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2检测的“金标准”。例如世界卫生组织(WHO)、中国CDC、美国CDC等机构都发布了荧光RT
‑
PCR技术检测SARS
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CoV
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2的特异性引物探针序列，但生物信息学分析显示，这些引物探针序列仅能用于特异性检测SARS
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CoV
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2，而对2003年的SARS冠状病毒以及蝙蝠、穿山甲等动物源的类SARS冠状病毒等泛沙贝冠状病毒亚属均有不同程度的脱靶情况。
[0004]虽然目前对SARS
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CoV
‑
2的特异性检测是目前传染病流行检测的重点，但我们必须兼顾监测2003年SARS的再发，同时跟踪以蝙蝠和穿山甲为宿主的类SARS冠状病毒的跨宿主传播，因此开发一种泛沙贝冠状病毒的引物探针组合是非常必要的。
[0005]此外，新冠病毒等泛沙贝冠状病毒感染初期以发热、咳嗽、鼻塞、流涕为主要症状，这与流感的早期症状极为相似，临床上难以甄别，必须通过实验室检测来确诊。流感是世界卫生组织(WHO)重点关注的呼吸道传染病之一，历史上曾引发数次世界大流行，如2009年H1N1型流感在美国大面积爆发，并快速蔓延到全球100多个国家和地区，导致近20万人死亡。近年来我国几乎每年都会出现一定流行程度的流感疫情，关注度较高的有2009年H1N1流感疫情、2013年H7N9禽流感疫情、2018年的乙型流感疫情等。
[0006]后新冠疫情时代，如何整合资源进行病原监测，将预防与监测关口前移，及时对发热患者进行新冠感染和流感的快速鉴别诊断，达到患者早发现、早预防、早治疗的目的，就显得尤为重要。
[0007]多重荧光RT
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PCR技术在同一反应体系中加入多对引物与探针，利用探针上标记不同波长的荧光染料来区分检测靶标，可以实现一管多检。与单重荧光RT
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PCR相比，多重荧光RT
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PCR检测效率高，操作流程简单，尤其在进行大量样品检测时，可显著降低检测成本和操作时间。目前该技术已广泛用于引发症状相似疾病的多种病原体检测，国内外有研究已将多重荧光RT
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PCR技术用于甲、乙流及SARS
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CoV
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2的检测，但该技术中使用的甲、乙流的引物探针序列均是2008年美国CDC发布的流感检测引物探针，到目前未进行更新，易造成流感检测的脱靶现象。且目前未报道有多重荧光RT
‑
PCR技术联合检测甲、乙型流感病毒及泛沙贝冠状病毒的检测技术。

技术实现思路

[0008]本专利技术的专利技术目的是提供一种联合检测流感病毒和泛沙贝冠状病毒的引物探针组合物及多重荧光RT
‑
PCR试剂盒，该引物探针组合物能够同时对流感病毒和泛沙贝冠状病毒进行准确、灵敏的检测。
[0009]为实现上述专利技术目的，本专利技术的技术方案为：
[0010]联合检测流感病毒和泛沙贝冠状病毒的引物探针组合物，所述的流感病毒包括甲型流感病毒和乙型流感病毒中的至少一种；
[0011]其中，用于检测甲型流感病毒的引物和探针为：
[0012]FluA上游引物：5
’‑
CCGAGGTCGAAACGTA
‑3’
；
[0013]FluA下游引物：5
’‑
CTTGTCTTTAKCCAYTCCAT
‑3’
；
[0014]FluA荧光探针：荧光报告基团
‑
CAGGCCCCCTCAAAG
‑
荧光淬灭基团；
[0015]用于检测乙型流感病毒的引物和探针为：
[0016]FluB上游引物：5
’‑
AGGACATTCAAAGCCAATT
‑3’
；
[0017]FluB下游引物：5
’‑
GTGCTCTTGACCAAATT
‑3’
；
[0018]FluB荧光探针：荧光报告基团
‑
CAGCTGAAACTGCGGTGGGA
‑
荧光淬灭基团；
[0019]用于检测泛沙贝冠状病毒的引物和探针为：
[0020]Pan
‑
Sarbecovirus上游引物：5
’‑
TAGTYACACTAGCCATCCTTA
‑3’
；
[0021]Pan
‑
Sarbecovirus下游引物：5
’‑
ACTCACGTTAACAATATTGCA
‑3’
；
[0022]Pan
‑
Sarbecovirus荧光探针：荧光报告基团
‑
CGCTTCGATTGTGTGCGTA
‑
荧光淬灭基团；
[0023]至少Pan
‑
Sarbecovirus荧光探针中的荧光报告基团与FluA荧光探针或FluB荧光探针中的荧光报告基团是不同的。
[0024]本专利技术从NCBI和GISAID数据库中下载国内外SARS
‑
CoV
‑
2(包含Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron等变异株)、2003年SARS冠状病毒、蝙蝠和穿山甲等动物源SARS相关冠状病毒的全基因序列，以及不同年份地区和基因亚型的甲型流感病毒、乙型流感病毒的基因序列，在进行同源性比对分析后，找出了甲型流感病毒、乙型流感病毒和泛沙贝冠状病毒中高度保守且通用的基因区域，针对这些基因区域设计了上述特异性的引物和探针，能够用于对相应的病毒种类进行特异性检测，与其他人类冠状病毒如MERS
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CoV、HCoV
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229E、HCoV
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OC43、HCoV
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HKU1、HCoV
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NL6本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.联合检测流感病毒和泛沙贝冠状病毒的引物探针组合物，其特征在于，所述的流感病毒包括甲型流感病毒和乙型流感病毒中的至少一种；其中，用于检测甲型流感病毒的引物和探针为：FluA上游引物：5
’‑
CCGAGGTCGAAACGTA
‑3’
；FluA下游引物：5
’‑
CTTGTCTTTAKCCAYTCCAT
‑3’
；FluA荧光探针：荧光报告基团
‑
CAGGCCCCCTCAAAG
‑
荧光淬灭基团；用于检测乙型流感病毒的引物和探针为：FluB上游引物：5
’‑
AGGACATTCAAAGCCAATT
‑3’
；FluB下游引物：5
’‑
GTGCTCTTGACCAAATT
‑3’
；FluB荧光探针：荧光报告基团
‑
CAGCTGAAACTGCGGTGGGA
‑
荧光淬灭基团；用于检测泛沙贝冠状病毒的引物和探针为：Pan
‑
Sarbecovirus上游引物：5
’‑
TAGTYACACTAGCCATCCTTA
‑3’
；Pan
‑
Sarbecovirus下游引物：5
’‑
ACTCACGTTAACAATATTGCA
‑3’
；Pan
‑
Sarbecovirus荧光探针：荧光报告基团
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CGCTTCGATTGTGTGCGTA
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荧光淬灭基团；至少Pan
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Sarbecovirus荧光探针中的荧光报告基团与FluA荧光探针或FluB荧光探针中的荧光报告基团是不同的。2.如权...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐昌平，潘振煌，冯燕，陈寅，高见，
申请(专利权)人：浙江省疾病预防控制中心，
类型：发明
国别省市：