一种单细胞开放染色质和转录组共测序文库的构建方法技术

本发明专利技术提供了一种单细胞开放染色质和转录组共测序文库的构建方法，利用细胞核原位两步Tn5酶切反应构建开放染色质和转录组共测序文库。本发明专利技术提供的方法，缩短了实验流程，简化了转录组文库构建中mRNA的物理分离步骤；设计了Tn5测序接头序列和逆转录引物的碱基序列，在mRNA

【技术实现步骤摘要】
一种单细胞开放染色质和转录组共测序文库的构建方法


[0001]本专利技术涉及生物
，尤其涉及一种单细胞开放染色质和转录组共测序文库的构建方法。

技术介绍

[0002]单细胞测序及组学分析技术对阐明组织中复杂多样的细胞个体在发育和功能等方面的异质性具有重要作用。其中，单细胞开放染色质测序(ATAC
‑
seq)在单细胞水平揭示基因组调控元件的染色质开放模式，而单细胞转录组测序(RNA
‑
seq)则提供了在单细胞水平观测基因表达的方法。近年来，同一细胞内转录组与染色质可及性共测序文库构建技术的发展使得可以整合同一细胞内染色质开放与基因转录两个层面的信息，从而对基因表达调控机制进行更深入的研究。
[0003]目前，单细胞开放染色质和转录组共测序中，染色质可及性文库一般利用一种或多种转座酶将接头序列插入基因组上开放的DNA片段两端，用于后续建库。对于转录组文库，一种方法是先将细胞裂解后进行RNA逆转录；另一种方法是在细胞原位逆转录。后续两种方法均通过特异性转座酶或连接酶添加接头和标签。在这些技术中，scN本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种单细胞开放染色质和转录组共测序文库的构建方法，其特征在于，所述方法包括步骤：1.1提供Tn5转座子1，在待测细胞的细胞核染色质开放区域添加第一接头；1.2利用针对待测细胞的特异性逆转录引物A，通过原位逆转录在细胞核中合成mRNA
‑
cDNA杂合双链，并添加第二接头的其中一侧；1.3提供Tn5转座子2，在所述mRNA
‑
cDNA杂合双链上添加第二接头的另一侧；1.4提供含有核酸外切酶和逆转录酶的外切酶/逆转录酶反应体系，去除多余引物并补齐Tn5酶切产生的双链缺口；1.5反应完成后，利用流式分选将标记完成的细胞核分选至含有针对待测细胞的特异性引物组合B的多孔板中进行裂解和RNA文库预扩增；1.6提供针对待测细胞的ATAC
‑
S5引物，进行ATAC文库预扩增；1.7用针对待测细胞的特异性引物组合C对RNA和ATAC文库进行同时扩增；1.8将扩增产物回收后，即得到所述单细胞开放染色质和转录组共测序文库。2.根据权利要求1所述的单细胞开放染色质和转录组共测序文库的构建方法，其特征在于，所述Tn5转座子1为Tn5蛋白与经修饰的寡核酸双链A和寡核酸双链B的结合体；所述Tn5转座子2为Tn5蛋白与经修饰的寡核酸双链B的结合体。3.根据权利要求1所述的单细胞开放染色质和转录组共测序文库的构建方法，其特征在于，所述逆转录引物A的5'端添加有生物素标记。4.根据权利要求1所述的单细胞开放染色质和转录组共测序文库的构建方法，其特征在于，所述特异性引物组合B包括一条针对待测细胞的通用RNA
‑
S5引物以及一条针对待测细胞的孔特异性的N7xxx引物；其中，所述N7xxx引物含8bp的索引序列。5.根据权利要求1所述的...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈曦，靳文菲，徐玮，洪旎，
申请(专利权)人：南方科技大学，
类型：发明
国别省市：