一种SOS1突变基因、突变体以及Noonan综合征检测试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了一种SOS1突变基因、突变体以及Noonan综合征检测试剂盒，该试剂盒包括特异性引物：正向引物1的核苷酸序列为SEQ ID NO:1,反向引物1的核苷酸序列为SEQ ID NO:2,正向引物2的核苷酸序列为SEQ ID NO:3,反向引物2的核苷酸序列为SEQ ID NO:4。该SOS1突变基因、突变体以及Noonan综合征检测试剂盒所检测位点可以区分Noonan综合征患者与正常人群，作为临床辅助确诊Noonan综合征的标记物，通过检测该位点的变异情况，为受检者提供生育指导，减少患儿出生，为认识Noonan综合征提供了新的论据，也为该领域创新药物的开发提供了新的思路及潜在靶点。及潜在靶点。及潜在靶点。

【技术实现步骤摘要】
一种SOS1突变基因、突变体以及Noonan综合征检测试剂盒


[0001]本专利技术涉及人类遗传学和心血管外科
，具体来说，涉及一种SOS1突变基因、突变体以及Noonan综合征检测试剂盒。

技术介绍

[0002]Noonan综合征(Noonan syndrome,努南综合征)是一种可由不同的基因突变所致的具有相似临床表现的常染色体遗传病。由于该病呈不完全外显率，表现度不一，且大多数的病例属散发型。国外文献报道发生率1/2500～1/1000活产儿，国内暂无准确的流行病学数据。该病的典型临床表现包括特征性面容、矮小、先天性心脏病和骨骼异常等。目前已知的致病基因包括PTPN11、SOS1、RAF1等。其中约20％的患者是SOS1突变所致。
[0003]人类有两种SOS同源体：SOS1和SOS2，在人类基因组中分别位于2号染色体与14号染色体。SOS1和SOS2基因与有70％的同源性，在结构和序列上高度相似，但它们各自的生物功能存在一定差异。目前研究发现SOS1蛋白大小为150kD，由1300个氨基酸组成。目前的研究显示，Noonan综合征患者SOS1蛋白的异常体现在6个结构域上，且主要在N端磷酸酪氨酸结合结构域、位于中央的SH3结构域和C端的“效应器区域”结构域。
[0004]Noonan综合征是引发先天性心脏病的第二大常见综合病因，其患病率仅次于21
‑
三体综合症。心脏缺陷可出现于80％的患者，特征性的表现为肺动脉瓣发育不良/狭窄。肥厚性心肌病(梗阻型或非梗阻型)可见于30％的患者，可在出生时、婴儿期或儿童期出现。其他频繁出现的心脏缺陷包括房间隔和室间隔缺损、肺动脉分支狭窄、Fallot四联征和主动脉缩窄。由于患者出现多种心血管表型，发病和死亡主要依赖于先天性心脏病的出现时期及类型。这导致在预防上，十分地被动和消极。目前基因检测已经成为确诊Noonan综合征的重要手段。但对于该病的研究，国内暂无准确的流行病学数据，国际上主要集中在PTPN11基因上，对于SOS1基因的研究较少，鉴于Noonan综合征的罕见性以及不完全外显率的特性，以及基因突变的随机性和不定向性，发现任何一个Noonan综合征的相关基因突变位点都是对本领域的重要技术贡献，都有助于预防和确诊Noonan综合征，对提高我国人口素质，降低Noonan综合征以及先天性心脏病的发生有重要意义。
[0005]通过对Noonan综合征的家系成员进行分析时，发现该家系患者具有下述突变：
[0006][0007]SOS1基因包含23个外显子并编码一个150kD的多结构域蛋白质，是一种RAS特异性鸟嘌呤核苷酸交换因子(GEF)，在受体酪氨酸激酶刺激后募集到质膜上。通过催化激活RAS
‑
MAPK通路，将RAS
‑
GDP转化为RAS
‑
GTP。该基因突变以错义突变为主，既往研究已报到的热点突变有D309Y、Y337C、W432R和G434R。
[0008]所述的c.284C>G表示，在SOS1基因的CDS区，第284位，由碱基C突变为了碱基G，该基因编码的蛋白所对应的第95位氨基酸，由脯氨酸变为精氨酸，按照ACMG变异分级为可能致病变异。
[0009]查询人群频率数据库发现该变异为罕见变异(千人基因组：无，ExAC：无)，采用SIFT生物信息预测软件交叉预测，结果均为有害，提示该变异所致的氨基酸改变可能会对蛋白功能产生影响。查询数据库发现该位置的氨基酸在脊椎动物中保守较好，文献检索未发现该变异与疾病相关的报导。
[0010]由于目前，基因组中的特定变化与疾病表型联系起来仍然是一个巨大的挑战，因为人类群体中的变异数量远远超过了目前研究的数量，特别是不能扩展到基于变体的关联分析，并且严重依赖于与人类疾病表型相关或至少与人类疾病表型相关分析的可用性。
[0011]在这里我们还使用了由哈佛医学院和牛津大学在2021.10联合开发的，经由Nature等多国际机构验证过的EVE变异效应进化模型，验算出该位点突变的EVE Score为0.706，属于致病性变异(图1)，该结果与患者表型临床诊断结果一致。

技术实现思路

[0012]针对相关技术中的上述技术问题，本专利技术提出一种SOS1突变基因、突变体以及Noonan综合征检测试剂盒，能够克服现有技术的上述不足。
[0013]为实现上述技术目的，本专利技术的技术方案是这样实现的：
[0014]一种SOS1突变基因，其特征在于，在基因组位置chr2:39058713，该核酸位置的碱基C突变为碱基G。
[0015]一种SOS1突变体，其特征在于，该核酸位点所对应的第95个氨基酸序列发生突变，具体为p.Pro95Arg突变。
[0016]一种Noonan综合征检测试剂盒，其特征在于，包括用于检测SOS1突变基因和/或SOS1突变体的试剂，所述试剂包括特异性引物：正向引物1的核苷酸序列为SEQ ID NO:1,反向引物1的核苷酸序列为SEQ ID NO:2,正向引物2的核苷酸序列为SEQ ID NO:3,反向引物2的核苷酸序列为SEQ ID NO:4。
[0017]进一步的，所述试剂还包括阳性重组对照质粒、阴性重组对照质粒、Taq酶、反应buffer、含四色荧光标记ddntp的测序mix以及稳定剂。
[0018]进一步的，所述试剂还包括PCR缓冲体系。
[0019]进一步的，所述试剂为用于检测Noonan综合征的测序试剂。
[0020]本专利技术的有益效果：本专利技术的SOS1突变基因、突变体以及Noonan综合征检测试剂盒所检测位点可以区分Noonan综合征患者与正常人群，作为临床辅助确诊Noonan综合征的标记物，通过检测该位点的变异情况，为受检者提供生育指导，减少患儿出生，为认识Noonan综合征提供了新的论据，也为该领域创新药物的开发提供了新的思路及潜在靶点。
附图说明
[0021]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获
得其他的附图。
[0022]图1为EVE模型验算出chr2:39058713位点的c.284C>G突变情况；
[0023]图2为Noonan综合征家系图；
[0024]图3为先证者Sanger测序图；
[0025]图4为家系中非患病成员的Sanger测序图。
具体实施方式
[0026]下面将对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0027]如图1所示，根据本专利技术实施例所述的SOS1突变基因，其特征在于本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种SOS1突变基因，其特征在于，在基因组位置chr2:39058713，该核酸位置的碱基C突变为碱基G。2.一种SOS1突变体，其特征在于，包括权利要求1所述的SOS1突变基因，所述SOS1突变体的核酸位点所对应的第95个氨基酸序列发生突变，具体为p.Pro95Arg突变。3.一种Noonan综合征检测试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述的用于检测SOS1突变基因和/或权利要求2所述的SOS1突变体的试剂，所述试剂包括特异性引物：正向引物1的...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘彤，董建增，杜昕，吕强，景寅，张梦，张海霞，魏星，
申请(专利权)人：北京华诺奥美医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：