一种急性髓系白血病患者铜死亡相关预后模型构建方法技术

本发明专利技术公开了一种急性髓系白血病患者铜死亡相关预后模型构建方法，包括：基于GSE37642、GSE12417和TCGA

【技术实现步骤摘要】
一种急性髓系白血病患者铜死亡相关预后模型构建方法


[0001]本专利技术涉及生物信息
，特别是涉及一种急性髓系白血病患者铜死亡相关预后模型构建方法。

技术介绍

[0002]急性骨髓性白血病（Acute myeloid leukemia，AML）是一种分子和细胞遗传学异质性疾病，以髓系前体的克隆性扩展为特征。在所有白血病亚型中，AML的死亡率为44.3%。到目前为止，化疗仍然是AML患者的常规治疗方法。然而，传统的强化化疗的治愈率只有30~50%。随着基础医学研究的进展，对AML有了更深入的了解，尤其是在AML的潜在机制、环境和遗传风险因素以及新的治疗方法方面。新的疗法（尤其是靶向疗法和免疫疗法）和新的临床研究对于改善AML患者的预后至关重要。新预后标志物的确定对于指导白血病相关研究和推进临床治疗非常重要。
[0003]铜死亡是一种新型的细胞死亡，被定义为细胞内铜积累引发线粒体脂酰化蛋白的聚集和铁硫簇蛋白的不稳定，而导致一种独特的细胞死亡。仅有的两项研究（Zhu, Y., He, J., Li, Z. & Yang,本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种急性髓系白血病患者铜死亡相关预后模型构建方法，其特征在于，包括以下步骤：构建铜死亡相关预后特征初步模型：以GSE37642数据集为训练集，以GSE12417和TCGA
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LAML队列为验证集，结合多个已知的铜死亡相关基因，确定新的铜死亡相关基因集；在新的铜死亡相关基因集中，通过单因素Cox回归获得与预后相关的铜死亡相关基因，随后，通过spike
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and
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slab lasso对预后相关的铜死亡相关基因进行降维，最后，通过逐步回归获取最佳的基因组合及其回归系数，构建铜死亡相关预后特征初步模型；扩展铜死亡相关预后特征初步模型：基于堆叠策略，将铜死亡相关预后特征初步模型与若干基因模型进行拟合，得到扩展后的堆叠模型，作为最终的急性髓系白血病患者铜死亡相关预后模型。2.根据权利要求1所述的急性髓系白血病患者铜死亡相关预后模型构建方法，其特征在于，所述多个已知的铜死亡相关基因，包括：CDKN2A、FDX1、DLD、DLAT、LIAS、GLS、LIPT1、MTF1、PDHA1和PDHB。3.根据权利要求1所述的急性髓系白血病患者铜死亡相关预后模型构建方法，其特征在于，所述以GSE37642数据集为训练集，以GSE12417和TCGA
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LAML队列为验证集，结合多个已知的铜死亡相关基因，确定新的铜死亡相关基因集，包括：将多个已知的铜死亡相关基因与GSE37642、GSE12417和TCGA
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LAML三个数据集的共有基因做Spearman秩相关，得到每个基因的相关系数与P值；将相关系数的绝对值大于0.4，且P值小于0.05的基因作为新的铜死亡相关基因，得到新的铜死亡相关基因集。4.根据权利要求3所述的急性髓系白血病患者铜死亡相关预后模型构建方法，其特征在于，所述在新的铜死亡相关基因集中，通过单因素Cox回归获得与预后相关的铜死亡相关基因，包括：通过单因素Cox回归，从新的铜死亡相关基因集中选择P值小于0.01的基因作为与预后相关的铜死亡相关基因。5.根据权利要求4所述的急性髓系白血病患者铜死亡相关预后模型构建方法，其特征在于，所述铜死亡相关预后特征初步模型的公式表示为：，其中，n为最终建模基因数，Exp
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为基因的表达量，β
i
为逐步回归的回归系数。6.根据权利要求1所述的急性髓系白血病患者铜死亡相关预后模型构建方法，其特征在于，所述若干基因模型包括4
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mRNA模型以及24gene模型。7.根据...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘松柏，汤在祥，陈苏宁，王玺超，孙昊，东勇飞，
申请(专利权)人：苏州卫生职业技术学院，
类型：发明
国别省市：