一种特异性识别RNA-m1A甲基化位点的链状脱氧核酶探针及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种特异性识别RNA

【技术实现步骤摘要】
一种特异性识别RNA
‑
m1A甲基化位点的链状脱氧核酶探针及其应用


[0001]本专利技术属于脱氧核酶探针
，具体涉及一种特异性识别RNA
‑
m1A甲基化位点的链状脱氧核酶探针及其应用。

技术介绍

[0002]功能核酸是指通过体外筛选技术即指数富集的配体系统进化(Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment,SELEX)技术获得的具有特殊结构和功能的核酸分子片段，主要包括具有特异性靶物质结合功能的适配体(Aptamer)，具有催化能力的脱氧核酶(DNAzyme)，和同时具有靶物质结合和催化功能的适体核酶(Aptazyme)等。由于功能核酸的生物学识别功能与抗体极为相似，但具有靶标范围广、稳定性高、便于化学修饰和合成等诸多优点，因此常作为识别单元用于功能核酸探针。其中，Joyce和Breaker于1994年最初描述的DNAzyme是一种具有RNA切割活性的DNAzymes(RNA
‑
cleaving DNAzymes)，能够促使RNA磷酸二酯键发生断裂。自此，越来越多的DNAzymes探针被应用于生物传感及检测等领域。
[0003]核苷酸的翻译后修饰对RNA的功能多样性十分重要，目前已知的核苷酸修饰有170多种。其中，RNA
‑
m1A甲基化修饰是由甲基转移酶在腺嘌呤的1号位氮原子上催化形成1个甲基。由于该位置发生在沃森
‑
克里克界面上，影响了正常氢键作用，因此易造成反转录的提前终止和碱基错配。同时m1A由于带正电荷的特性，能够影响蛋白质与RNA的相互作用以及二级结构等。研究表明，RNA
‑
m1A甲基化修饰与肿瘤的发生、发展、侵袭、转移等密切相关，有望作为肿瘤精准诊疗最具潜力的新型分子指标。但是目前对这些修饰的检测方法和定量仍具有一定的局限性，因此，开发一种简单快速、高灵敏的生化方法以知晓RNA
‑
m1A甲基化状态具有一定的挑战性。
[0004]此前，已有研究者通过体外筛选得到对RNA
‑
m6A、RNA
‑
m3C等响应的脱氧核酶，并在生物传感领域得到了应用。因此亟需开发识别RNA
‑
m1A甲基化修饰的脱氧核酶，以实现在生物传感及疾病诊断中的即时、快速、灵敏检测。

技术实现思路

[0005]为了实现RNA
‑
m1A甲基化修饰的即时、快速、灵敏检测的目的，本专利技术通过设计的体外筛选方案获得可特性性识别RNA
‑
m1A的链状脱氧核酶探针。
[0006]为实现上述目的，本专利技术提供如下技术方案：
[0007]本专利技术提供了一种脱氧核酶探针，所述脱氧核酶探针的序列为如下序列(1)～(5)中的任一个：
[0008](1)5
’‑
CTATGAACTGACTRTGACCTCACTACCAAGGATATCAGACCACAACGG TTTCCCGGGTGCGGGGTGGTTGCATAAAACTGTCATTCAATGTCATAGCATAACCCCT TGF
‑3’
；
[0009](2)5
’‑
CTATGAACTGACTRTGACCTCACTACCAAGGATATCAGACCACAACGG TTTCCCCAGTTGA
GGTTGCATTAATCTGTCATTGTCTACGTTGTTATAGCATAACCCCT TGF
‑3’
；
[0010](3)5
’‑
CTGACTRTGACCTCACTATCAGACCACAACGGTTTCCCGGGTGCGGGG TGGTTGCATAAAACTGTCATTCAATGTCATAGCATF
‑3’
；
[0011](4)5
’‑
CTGACTRTGACCTCACTATCAGACCACAACGGTTTCCCCAGTTGAGGT TGCATTAATCTGTCAT TGTCTACGTTF
‑3’
；
[0012]其中，序列(1)、序列(2)、序列(3)或序列(4)构成顺式结构脱氧核酶；
[0013](5)SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18或SEQ ID NO:19所示的序列与底物链序列混合构成反式结构脱氧核酶；
[0014]所述底物链序列为：5
’‑
CTATGAACTGACTRTGACCTCACTACCAAGGAT
‑3’
或5
’‑
CTGACTRTGACCTCACT
‑3’
；其中R表示RNA碱基A，F表示荧光基团。
[0015]基于上述技术方案，进一步地，SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17与序列为5
’‑
CTATGAACTGACTRTGACCTCACTACCAAGGAT
‑3’
的底物链构成反式结构脱氧核酶。
[0016]基于上述技术方案，进一步地，SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19与序列为5
’‑
CTGACTRTGACCTCACT
‑3’
的底物链构成反式结构脱氧核酶。
[0017]基于上述技术方案，进一步地，所述荧光基团为FAM。
[0018]本专利技术另一方面提供了一种识别RNA
‑
m1A甲基化修饰的试剂盒，包括所述的脱氧核酶探针。
[0019]基于上述技术方案，进一步地，所述试剂盒中包括辅助因子，所述辅助因子为Mn
2+
。
[0020]本专利技术还提供了所述的脱氧核酶探针或者所述的试剂盒在生物传感方面的应用，用于特异性识别RNA
‑
m1A甲基化修饰。
[0021]基于上述技术方案，进一步地，所述脱氧核酶探针在特异性识别RNA
‑
m1A甲基化修饰时的条件为：pH为7.2～7.5，室温，Mn
2+
作为辅助因子。
[0022]基于上述技术方案，进一步地，Mn
2+
的终浓度为5
‑
20mM。
[0023]本专利技术相对于现有的有益效果：
[0024](1)本专利技术获得了多条链状脱氧核酶探针，脱氧核酶探针信号随时间的延长而增加。
[0025](2)本专利技术提供的脱氧核酶探针稳定性好，灵敏度高，特异性好，可以在生物传感应用方面发挥显著的优势。
附图说明
[0026]为了更清楚地说明本专利技术具体实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对具体实施方式描述中所需要使用的附图作简单介绍。
[0027]图1是链状脱氧核酶筛选流程示意图。
[0028]图2是每一轮筛选切割率统计图。
[0029]图3是脱氧本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种脱氧核酶探针，其特征在于，所述脱氧核酶探针的序列为如下序列(1)～(5)中的任一个：(1)5
’‑
CTATGAACTGACTRTGACCTCACTACCAAGGATATCAGACCACAACGG TTTCCCGGGTGCGGGGTGGTTGCATAAAACTGTCATTCAATGTCATAGCATAACCCCT TGF
‑3’
；(2)5
’‑
CTATGAACTGACTRTGACCTCACTACCAAGGATATCAGACCACAACGG TTTCCCCAGTTGAGGTTGCATTAATCTGTCATTGTCTACGTTGTTATAGCATAACCCCT TGF
‑3’
；(3)5
’‑
CTGACTRTGACCTCACTATCAGACCACAACGGTTTCCCGGGTGCGGGG TGGTTGCATAAAACTGTCATTCAATGTCATAGCATF
‑3’
；(4)5
’‑
CTGACTRTGACCTCACTATCAGACCACAACGGTTTCCCCAGTTGAGGT TGCATTAATCTGTCAT TGTCTACGTTF
‑3’
；其中，序列(1)、序列(2)、序列(3)或序列(4)构成顺式结构脱氧核酶；(5)SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18或SEQ ID NO:19所示的序列与底物链序列混合构成反式结构脱氧核酶；所述底物链序列为：5
’‑
CTATGAACTGACTRTGACCTCACTACCAAGGAT
‑3’
或5
...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘猛，时佳荣，常洋洋，
申请(专利权)人：大连理工大学，
类型：发明
国别省市：