【技术实现步骤摘要】
一种抑制肿瘤异常增殖的uORF的筛选方法
[0001]本专利技术属于生物医药
，特别是涉及一种抑制肿瘤异常增殖的uORF的筛选方法。
技术介绍
[0002]现如今癌症已经是我国城市居民死亡的主要原因，并且多种复杂因素共同作用在肿瘤的发展中，给肿瘤治疗带来了巨大的挑战，而翻译组学的出现为解决肿瘤问题提供了新的方向。
[0003]随着高通量测序技术的飞速发展以及对真核生物翻译过程的研究日益增加，翻译组学也在不断发展，进而对mRNA(信使核糖核酸)翻译的研究不再局限于CDS(蛋白编码序列)区域，而是开始关注5'UTR(5
’
端非翻译区)上的翻译现象，其中被翻译的序列被称为uORF(上游开放阅读框)；由于uORF在翻译调控中的重要性日益凸显，对于uORF在肿瘤中的调控研究也日益增多，如：口腔鳞状细胞癌中ATF4蛋白(环腺苷酸依赖性转录因子)的翻译过程受到了uORF翻译异常调控，导致了肿瘤了异常增殖；uORF抑制HER2(重要的乳腺癌及胃癌预后判断因子)的mRNA翻译在乳腺癌中被抑制，HER2的uORF...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种抑制肿瘤异常增殖的uORF的筛选方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：S1、基于人类全基因组文件和人类基因组注释文件识别全基因组的uORF；S2、根据肿瘤的翻译组数据获取有翻译信号的uORF；S3、设定肿瘤异常增殖uORF的筛选标准，并基于所设定的筛选标准获取抑制肿瘤异常增殖的uORF。2.如权利要求1所述的抑制肿瘤异常增殖的uORF的筛选方法，其特征在于，所述步骤S1具体包括：S11、从ENSEMBL数据库下载人类全基因组cDNAfasta文件和人类基因组注释文件，并基于人类基因组注释文件将蛋白编码基因筛选出来，然后根据人类全基因组cDNA fasta文件从筛选出来的蛋白编码基因中找出uORF，uORF满足：在同一个转录本的CDS的起始密码子之前由起始密码子起始，且在起始密码子的同一个开放阅读框内存在终止密码子；S12、提取uORF的基因背景信息并对uORF注释文件进行完善以识别出全基因组的uORF。3.如权利要求2所述的抑制肿瘤异常增殖的uORF的筛选方法，其特征在于，所述步骤S12具体为：提取并记录uORF的基因组背景信息，同时，按照转录本名字加上该uORF起始密码子第一个碱基在转录本上的位置进行注释，并记录该uORF起始密码子的位置、终止密码子的位置和序列长度。4.如权利要求3所述的抑制肿瘤异常增殖的uORF的筛选方法，其特征在于，所述提取并记录该uORF的基因组背景信息具体为：首先，从UCSC站点中提取所有注释的uORF的起始密码子和完整的uORF序列的phyloP分数对uORF的保守性进行判断；然后，基于全体蛋白编码基因的CDS起始密码子上游的6个核苷酸以及CDS起始密码子下游的1个核苷酸建立位置概率矩阵，并以该位置概率矩阵作为Kozak序列得分背景；再提取uORF起始密码子上游的6个核苷酸和uORF起始密码子下游的1个核苷酸计算该uORF的Kozak分数；最后，根据该uORF所在转录本的位置，计算该uORF起始密码子与转录本起始位置之间的距离以及该uORF终止密码子与所在转录本CDS起始密码子之间的距离，进而得到该uORF的基因组背景信息。5.如权利要求4所述的抑制肿瘤异常增殖的uORF的筛选方法，其特征在于，所述步骤S2具体包括：S21、获取转录组和翻译组的fastq数据，并分别去除读段中的接头序列、质量不达标的读段，以及完全匹配上rRNA和tRNA的读段；S22、利用STAR软件将经步骤S21处理后得到的读段与参考基因组进行比对以获取成功比对到参考基因组上读段的二进制序列比对图谱bam格式文件，然后基于RSEM软件从转录组的bam格式文件中识别出样本内每个基因最高表达量的转录本并生成新的人类基因组注释文件；S23、基于featureCounts软件并利用新的人类基因组注释文件确定转录组数据内每个基因在转录组水平的表达量；S24、统计翻译组数据内不同长度读段的数量，并筛选出覆盖85％总读段以上的长度读段；S25、根据翻译起始位点以及三碱...
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