基于CRISPR的高通量筛选数据分析可视化操作系统技术方案

本发明专利技术公开了基于CRISPR的高通量筛选数据分析可视化操作系统，涉及生物医学技术领域。本发明专利技术包括文件输入模块、筛选分析模块和结果输出模块，文件输入模块进行输入文件的特征选择，首先进行文件参数填写，参数填写前确认流程运行项目，文件输入模块包括读取测序文件和读取sgRNA文件，分别对测序文件和sgRNA文件进行测序数据比对，筛选分析模块对比对后的测序数据进行筛选分析，并将分析结果上传至结果输出模块，利用结果输出模块对结果数据进行匹配输出，完成可视化分析操作。本发明专利技术基于现有的CRISPR筛选分析流程MAGeCKFlute，开发了一套可视化操作系统，能让分析者仅需通过上传数据和调整关键参数实现分析流程，拿到分析结果。果。果。

【技术实现步骤摘要】
基于CRISPR的高通量筛选数据分析可视化操作系统


[0001]本专利技术属于生物医学
，特别是涉及基于CRISPR的高通量筛选数据分析可视化操作系统。

技术介绍

[0002]CRISPR是成簇规律间隔短回文重复序列的缩写，它是微生物体内的天然“免疫系统”，当病毒入侵细菌时，细菌能够捕捉到外来的遗传物质片段并且将其整合到自身基因组的CRISPR序列中，随后通过Cas核酸酶精准切断病毒DNA，抵御病毒入侵，CRISPR
‑
Cas9是由RNA指导Cas核酸酶对八项基因进行特定DNA修饰的技术，是一个细菌以及古细菌进化出来用以抵御病毒和质粒入侵的适应性机制；
[0003]基于CRISPR
‑
Cas9的高通量筛选是生物医学领域进行基因功能系统性研究的有力工具，针对筛选数据分析，目前已有国际上多个课题组给出了基于linux或R语言运行的流程代码，但对于一些缺乏编程语言基础的生物医学工作者并不友好；为此，我们提出基于CRISPR的高通量筛选数据分析可视化操作系统。

技术实现思路
<br/>[0004]本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.基于CRISPR的高通量筛选数据分析可视化操作系统，其特征在于：包括文件输入模块、筛选分析模块和结果输出模块，所述文件输入模块进行输入文件的特征选择，首先进行文件参数填写，参数填写前确认流程运行项目，所述文件输入模块包括读取测序文件和读取sgRNA文件，分别对测序文件和sgRNA文件进行测序数据比对，所述筛选分析模块对比对后的测序数据进行筛选分析，并将分析结果上传至结果输出模块，利用所述结果输出模块对结果数据进行匹配输出，完成可视化操作。2.根据权利要求1所述的基于CRISPR的高通量筛选数据分析可视化操作系统，其特征在于，所述文件输入模块中，文件参数填写内容包括设计矩阵文件、组别名称、测试数据存放路径、CPU数目和输出文件的前缀名，并完成确认。3.根据权利要求2所述的基于CRISPR的高通量筛选数据分析可视化操作系统，其特征在于，所述设计矩阵文件用以描述样本受到处理的情况，所述测试数据存放路径以fastq.gz结尾，所述CPU数目指代流程运行时申请的CPU数目，...

【专利技术属性】
技术研发人员：钟清，林新华，付婉，李琛，王一超，张仪方，
申请(专利权)人：上海交通大学医学院，
类型：发明
国别省市：