一种检测CYP2C19基因多态性的组合物、试剂盒及其应用方法技术

本发明专利技术提供一种检测CYP2C19基因多态性的组合物、试剂盒及其应用方法，属于基因检测技术领域。该组合物包括检测CYP2C19基因*2位点、CYP2C19基因*3位点和CYP2C19基因*17位点多态性的引物，所述引物包括野生型引物序列、突变型引物序列和下游引物序列。本发明专利技术的引物稳定性强，用本发明专利技术的引物制备得到的试剂盒在进行CYP2C19基因多态性检测时准确性高，特异性好，且试剂盒保存期长。且试剂盒保存期长。且试剂盒保存期长。

【技术实现步骤摘要】
一种检测CYP2C19基因多态性的组合物、试剂盒及其应用方法


[0001]本专利技术涉及一种检测CYP2C19基因多态性的组合物、试剂盒及其应用方法，属于基因检测


技术介绍

[0002]CYP2C19是CYP450家族中最重要的药物代谢酶之一,临床上大约2％的药物由其催化代谢。CYP2C19酶的编码基因为CYP2C19基因，位于人类10号染色体上。CYP2C19基因含有42个等位基因，CYP2C19*1为野生型等位基因，其编码的酶具有正常活性。CYP2C19*2(rs4244285，c.681G>A)和CYP2C19*3(rs4986893，c.636G>A)编码的CYP2C19酶活性降低，是中国人群中存在的2种主要的等位基因，在中国人群的发生频率分别为23.1～35％和2～7％。CYP2C19*17(rs12248560,c.
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806C>T)编码的CYP2C19酶活性增强，在中国人群的发生频率约为0.5
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4％。除CYP2C19*2/*3/*17之外，可能影响CYP2C19酶活性的CYP2C19等位基因还包括CYP2C19*4～CYP2C19*8等，但这些等位基因在中国人群的发生频率低，有待进一步研究。
[0003]CYP2C19基因的遗传变异导致CYP2C19酶活性的个体差异，使人群出现超快代谢者(UM)、快代谢者(EM)、中间代谢者(IM)和慢代谢者(PM)4种表型。CYP2C19 UM患者应用常规剂量的氯吡格雷后体内生成的活性代谢产物增多，对血小板的抑制作用升高，抗血小板功能增强，出血风险增大。
[0004]而CYP2C19 PM患者应用常规剂量的氯吡格雷后体内生成的活性代谢产物减少，对血小板的抑制作用下降，抗血小板功能减弱，血栓风险增大。UM个体的基因型可为CYP2C19*17/*17纯合型或CYP2C19*1/*17杂合型；EM个体的基因型可为CYP2C19*1/*1纯合型；IM个体的基因型可为CYP2C19*1/*2、CYP2C19*1/*3、CYP2C19*2/*17或CYP2C19*3/*17杂合型；PM个体的基因型可为CYP2C19*2/*3、CYP2C19*2/*2和CYP2C19*3/*3杂合型或纯合型.
[0005]通过CYP2C19基因多态性检测，可将服药人群分为上述4类氯吡格雷代谢患者，从而用于氯吡格雷的用药指导。美国FDA在氯吡格雷药物说明书中建议:对于CYP2C19 PM患者，可考虑使用其他血小板P2Y12抑制剂。遗传药理学知识库以及临床遗传药理学实施联盟(CPIC)发布的CYP2C19基因型和氯吡格雷用药指导文件建议:对于CYP2C19 PM患者和IM患者，可选用其它抗血小板药物(如普拉格雷或替格瑞洛)进行治疗。《药物代谢酶和药物作用靶点基因检测技术指南(试行)》也建议:对于CYP2C19 PM患者的抗血小板治疗，可增加氯吡格雷的剂量或选用其他不经CYP2C19代谢的抗血小板药物(如替格瑞洛)等。
[0006]目前，常用的检测CYP2C19基因的方法主要有：
[0007]1.直接测序法：可直接获取序列，可检测新的突变点，但操作复杂，速度慢，时间长，通量低，价格昂贵。
[0008]2.溶解曲线法：操作简便快速，通量大，但对仪器的分辨率和灵敏度有很高要求。
[0009]3.基因芯片法：通量高，可同时进行多位点SNP检测，但成本高，需要特殊仪器和设备。
[0010]4.限制性片段长度多态性方法：成本低，过程简单，操作简便，但是仅适合部分SNP分型。
[0011]5.ARMS
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PCR法：灵敏度高，适合体细胞点突变检测，缺点是可能出现假阳。
[0012]现有的检测方法基本分为，单位点检测和多重位点检测。相对比于单位点检测，多重位点检测能实现一管内含有多个位点的引物探针，一次性检测多个位点，操作极其便利。但是，由于多重引物探针在一管内反应，使得引物探针之间竞争加剧，造成不稳定的现象。现有技术中的引物多存在随着保存时间的延长，稳定性出现下降的趋势，进而导致分型不准确的情况出现。众所周知，在进行体外检测过程中，受环境温度、检测条件限制、操作人员熟练度等因素的影响，所以一个试剂盒的稳定性至关重要。

技术实现思路

[0013]针对上述问题，本专利技术提供一种检测CYP2C19基因多态性的组合物、试剂盒及其应用方法，提高试剂盒的稳定性，避免基因分型判读出现错误的情况。
[0014]为实现上述目的，本专利技术的技术方案为一种检测CYP2C19基因多态性的组合物，包括检测CYP2C19基因*2位点、CYP2C19基因*3位点和CYP2C19基因*17位点多态性的引物，所述引物包括野生型引物序列、突变型引物序列和下游引物序列；所述CYP2C19基因*17位点多态性引物包括野生型引物序列SEQ ID No.14TTGTGTCTTCTGTTCTCAAA*G*C、突变型引物序列SEQ ID No.8TTGTGTCTTCTGTTCTCAAAG*T和下游引物序列SEQ ID No.3CTGTTGGTGCCACACAGCT，引物序列中*表示硫代修饰碱基。
[0015]进一步的，所述CYP2C19基因*2位点多态性引物包括野生型引物序列SEQ ID No.15：CACTATCATTGATTATTTCACG，突变型引物序列SEQ ID No.16：CCCACTATCATTGATTATTTCTCA，下游引物序列SEQ ID No.17：CCCGAGGGTTGTTGATG。
[0016]进一步的，所述CYP2C19基因*3位点多态性引物包括野生型引物序列SEQ ID No.18：GATTGTAAGCACCCCCAGG，突变型引物序列SEQ ID No.19：ATTGTAAGCACCCCCCGA，下游引物序列SEQ ID No.20：TCAAAAATGTACTTCAGGGCT。
[0017]进一步的，所述组合物还包括用于检测CYP2C19基因*2位点、CYP2C19基因*3位点和CYP2C19基因*17位点多态性的探针。
[0018]进一步的，所述检测CYP2C19基因*2位点多态性探针序列为SEQ ID No.21AAACCTTGCTTTTATGGAAAGTGATA；检测所述CYP2C19基因*3位点多态性的探针序列为SEQ ID No.22AGGCCAAGTTTTTTGCTTCCTG；检测所述CYP2C19基因*17位点多态性的探针序列为SEQ ID No.4TGTAAGAGATAATGCGCCACGA。
[0019]进一步的，所述组合物还包括用于检测CYP2C19基因*2位点、CYP2C19基因*3位点和CYP2C19基因*17位点多态性的内标引物及内标探针；所述内标引物上游序列为SEQ ID No.5AGCCACATCGCTCAGACAC、下游序列为SEQ ID No.6GCCCAATACGACCAAATCC，所述内本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测CYP2C19基因多态性的组合物，其特征在于，包括检测CYP2C19基因*2位点、CYP2C19基因*3位点和CYP2C19基因*17位点多态性的引物，所述引物包括野生型引物序列、突变型引物序列和下游引物序列；所述CYP2C19基因*17位点多态性引物包括野生型引物序列SEQ ID No.14TTGTGTCTTCTGTTCTCAAA*G*C、突变型引物序列SEQ ID No.8TTGTGTCTTCTGTTCTCAAAG*T和下游引物序列SEQ ID No.3CTGTTGGTGCCACACAGCT，引物序列中*表示硫代修饰碱基。2.根据权利要求1所述的一种检测CYP2C19基因多态性的组合物，其特征在于，所述CYP2C19基因*2位点多态性引物包括野生型引物序列SEQ ID No.15：CACTATCATTGATTATTTCACG，突变型引物序列SEQ ID No.16：CCCACTATCATTGATTATTTCTCA，下游引物序列SEQ ID No.17：CCCGAGGGTTGTTGATG。3.根据权利要求1所述的一种检测CYP2C19基因多态性的组合物，其特征在于，所述CYP2C19基因*3位点多态性引物包括野生型引物序列SEQ ID No.18：GATTGTAAGCACCCCCAGG，突变型引物序列SEQ ID No.19：ATTGTAAGCACCCCCCGA，下游引物序列SEQ ID No.20：TCAAAAATGTACTTCAGGGCT。4.根据权利要求1所述的一种检测CYP2C19基因多态性的组合物，其特征在于，所述组合物还包括用于检测CYP2C19基因*2位点、CYP2C19基因*3位点和CYP2C19基因*17位点多态性的探针。5.根据权利要求4所述的一种检测CYP2C19基因多态性的组合物，其特征在于，所述检测CYP2C19基因*2位点多态性探针序列为SEQ ID No.21AAACCTTGCTTTTATGGAAAGTGATA；检测所述CYP2C19基因*3位点多态性的探针序列为SEQ ID No.22AGGCCAAGTTTTTTGCTTCCTG；检测所述CYP2C19基因*17位点多态性的探针序列为SEQ ID No.4TGTAAGAGATAATGCGCCACGA。6.根据权利要求1所述的一种检测CYP2C19基因多态性的组合物，其特征在于，所述组合物还包括用于检测CYP2C19基因*2位点、CYP2C19基因*3位点和CYP2C19基因*17位点多态性的内标引物及内标探针；所述内标引物上游序列为SEQ ID No.5AGCCACATCGCTCAGACAC、下游序列为SEQ ID No.6GCCCAATACGACCAAATCC，所述内标探针序列为SEQ ID No.7TGGGGAAGGTGAAGGTCG。7.一种检测CYP2C19基因多态性的试剂盒，其特征在于，包括权利要求1
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3任一项所述的引物、权利要求4
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5任一项所述的探针、权利要求6所述的内标引物和内标探针；CYP2C19基因*2位点、CYP2C19基因*3位点和CYP2C19基因*17位点的野生型引物、下游引物、探针和内标的引物及探针组成试剂盒的检测试剂A，各位点的突变引物、下游引物、探针和内标的引物及探针组成试剂盒的检测试剂B。8.根据权利要求7所述的一种检测CYP2C19基因多态...

【专利技术属性】
技术研发人员：林慧菊，李慧聪，
申请(专利权)人：科睿纳河北医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：