STR基因座在猪个体识别或亲缘鉴定中的应用制造技术

本发明专利技术提供STR基因座在猪个体识别或亲缘鉴定中的应用。本发明专利技术提供STR基因座PigSTR6A、PigSTR8A、PigSTR9A、PigSTR14C、PigSTR16A、PigSTR1A、PigSTR2A、PigSTR10B或PigSTR11D中的一个或两个以上的组合在猪个体识别或亲缘鉴定中的应用。本发明专利技术提供的STR标记组合应用于猪个体识别具有较高的准确度。于猪个体识别具有较高的准确度。

【技术实现步骤摘要】
STR基因座在猪个体识别或亲缘鉴定中的应用


[0001]本专利技术属于DNA个体识别领域，具体涉及STR基因座在猪个体识别或亲缘鉴定中的应用。

技术介绍

[0002]短串联重复序列(short tandem repeats,STR)是一类在基因组内广泛存在，数量丰富的重复序列。STR重复单位的重复次数在个体间呈高度多态性，是目前法医DNA分析中最常用的一类遗传标记。
[0003]与法医中通过人STR位点的分析检测进行个体识别、亲子鉴定类似，对家畜STR基因座的检测可用于家畜亲子鉴定、个体识别及辅助育种。在用于亲子鉴定、个体识别时，常选择多个重复单元为2
‑
6nt的STR基因座组成一个检测panel，进行多重PCR扩增获得每个STR基因座的片段并通过多色荧光毛细管电泳进行检测。通过每个个体在多个STR基因座上扩增片段的大小差异，推断其STR基因座多态性，从而进行个体识别。
[0004]在设计STR多重PCR扩增体系时，要兼顾STR位点的多态性，毛细管电泳的分辨率，位点个数，以及PCR产物的片段长度范围。通常位点个数越多，单个位点的多态性越高，累积匹配概率越小，累积个体识别率越接近于1，累计个体识别率达到0.99999时，已经具有较好的识别能力。PCR产物的最大片段长度越小，毛细管电泳的时间越短，检测速度越快。
[0005]现有技术CN102154280A中选取了10个猪的2nt重复序列，但是在毛细管电泳检测PCR产物时，容易出现伪峰，造成判读困难。现有技术CN106244717A选用了猪的12个STR位点，其中包含10个4nt重复单元的STR位点和2个2nt重复单元的STR位点，其中2nt重复单元的位点同样存在扩增伪峰，以及分辨率导致的扩增峰判读的问题。

技术实现思路

[0006]现有技术中提供的猪个体识别方法准确度较低。针对现有技术中的问题，本专利技术提供STR基因座在猪个体识别或亲缘鉴定中的应用。
[0007]第一方面，本专利技术提供STR基因座PigSTR6A、PigSTR8A、PigSTR9A、PigSTR14C、PigSTR16A、PigSTR1A、PigSTR2A、PigSTR10B或PigSTR11D中的一个或两个以上的组合在猪个体识别或亲缘鉴定中的应用。
[0008]优选地，用于扩增所述STR基因座的引物对为：
[0009]PigSTR6A、SEQ ID NO：5
‑
6，
[0010]PigSTR8A、SEQ ID NO：7
‑
8，
[0011]PigSTR9A、SEQ ID NO：9
‑
10，
[0012]PigSTR14C、SEQ ID NO：15
‑
16，
[0013]PigSTR16A、SEQ ID NO：17
‑
18，
[0014]PigSTR1A、SEQ ID NO：21
‑
22，
[0015]PigSTR2A、SEQ ID NO：23
‑
24，
[0016]PigSTR10B、SEQ ID NO：25
‑
26，
[0017]PigSTR11D、SEQ ID NO：33
‑
34。
[0018]第二方面，本专利技术提供一种用于猪的STR标记组合，所述STR标记组合包括：
[0019]a.以下7个STR基因座中任意4个或4个以上STR基因座的组合：PigSTR10B、PigSTR11D、PigSTR8A、PigSTR9A、387A12F、PigSTR13E、PigSTR7B；
[0020]或，
[0021]b.a中7个基因座中任意1个或任意两个以上基因座与下述9个基因座中任意1个或任意两个以上基因座组合的5个或5个以上的基因座的组合：PigSTR4C、PigSTR6A、PigSTR16A、PigSTR2A、PigSTR1A、PigSTR15A、PigSTR5C、PigSTR14C、PigSTR17A，其中，所述基因座的组合中至少包含下述基因座中的任意1个：PigSTR6A、PigSTR8A、PigSTR9A、PigSTR14C、PigSTR16A、PigSTR1A、PigSTR2A、PigSTR10B或PigSTR11D。
[0022]优选地，所述STR标记组合还含有鉴定性别的STR基因座，
[0023]优选地，所述鉴定性别的STR基因座为Amelogenin基因座；
[0024]优选地，所述STR标记组合包括如下16个STR基因座：PigSTR15A，PigSTR6A，PigSTR8A，PigSTR9A，PigSTR17A，387A12F，PigSTR14C，PigSTR16A，PigSTR13E，PigSTR1A，PigSTR2A，PigSTR10B，PigSTR4C，PigSTR5C，PigSTR7B和PigSTR11D。
[0025]优选地，所述STR标记组合包括如下17个STR基因座：PigSTR15A，PigSTR6A，PigSTR8A，PigSTR9A，PigSTR17A，387A12F，PigSTR14C，PigSTR16A，PigSTR13E，PigSTR1A，PigSTR2A，PigSTR10B，PigSTR4C，PigSTR5C，PigSTR7B，PigSTR11D和Amelogenin。
[0026]优选地，用于扩增所述STR基因座的引物对序列如下：
[0027]Amelogenin、SEQ ID NO：1
‑
2，
[0028]PigSTR15A、SEQ ID NO：3
‑
4，
[0029]PigSTR6A、SEQ ID NO：5
‑
6，
[0030]PigSTR8A、SEQ ID NO：7
‑
8，
[0031]PigSTR9A、SEQ ID NO：9
‑
10，
[0032]PigSTR17A、SEQ ID NO：11
‑
12，
[0033]387A12F、SEQ ID NO：13
‑
14，
[0034]PigSTR14C、SEQ ID NO：15
‑
16，
[0035]PigSTR16A、SEQ ID NO：17
‑
18，
[0036]PigSTR13E、SEQ ID NO：19
‑
20，
[0037]PigSTR1A、SEQ ID NO：21
‑
22，
[0038]PigSTR2A、SEQ ID NO：23
‑
24，
[0039]PigSTR10B、SEQ ID NO：25
‑
26，
[0040]Pig本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.STR基因座PigSTR6A、PigSTR8A、PigSTR9A、PigSTR14C、PigSTR16A、PigSTR1A、PigSTR2A、PigSTR10B或PigSTR11D中的一个或两个以上的组合在猪个体识别或亲缘鉴定中的应用。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，用于扩增所述STR基因座的引物对为：PigSTR6A、SEQ ID NO：5
‑
6，PigSTR8A、SEQ ID NO：7
‑
8，PigSTR9A、SEQ ID NO：9
‑
10，PigSTR14C、SEQ ID NO：15
‑
16，PigSTR16A、SEQ ID NO：17
‑
18，PigSTR1A、SEQ ID NO：21
‑
22，PigSTR2A、SEQ ID NO：23
‑
24，PigSTR10B、SEQ ID NO：25
‑
26，PigSTR11D、SEQ ID NO：33
‑
34。3.一种用于猪的STR标记组合，其特征在于，所述STR标记组合包括：a.以下7个STR基因座中任意4个或4个以上STR基因座的组合：PigSTR10B、PigSTR11D、PigSTR8A、PigSTR9A、387A12F、PigSTR13E、PigSTR7B；或，b.a中7个基因座中任意1个或任意两个以上基因座与下述9个基因座中任意1个或任意两个以上基因座组合的5个或5个以上的基因座的组合：PigSTR4C、PigSTR6A、PigSTR16A、PigSTR2A、PigSTR1A、PigSTR15A、PigSTR5C、PigSTR14C、PigSTR17A，其中，所述基因座的组合中至少包含下述基因座中的任意1个：PigSTR6A、PigSTR8A、PigSTR9A、PigSTR14C、PigSTR16A、PigSTR1A、PigSTR2A、PigSTR10B或PigSTR11D。4.根据权利要求3所述的STR标记组合，其特征在于，所述STR标记组合包括如下16个STR基因座：PigSTR15A，PigSTR6A，PigSTR8A，PigSTR9A，PigSTR17A，387A12F，PigSTR14C，PigSTR16A，PigSTR13E，PigSTR1A，PigSTR2A，PigSTR10B，PigSTR4C，PigSTR5C，PigSTR7B和PigSTR11D。5.根据权利要求3或4所述的STR标记组合，其特征在于，所述STR标记组合还含有鉴定性别的STR基因座，优选地，所述鉴定性别的STR基因座为Amelogenin基因座；更优选地，所述STR标记组合包括如下17个STR基因座：PigSTR15A，PigSTR6A，PigSTR8A，PigSTR9A，PigSTR17A，387A12F，PigSTR14C，PigSTR16A，PigSTR13E，PigSTR1A，PigSTR2A，PigSTR10B，PigSTR4C，PigSTR5C，PigSTR7B，PigSTR11D和Amelogenin。6.根据权利要求3
‑
5任意一项所述的STR标记组合，其特征在于，用于扩增所述STR基因座的引物对序列如下：Amelogenin、SEQ ID NO：1
‑
2，PigSTR15A、SEQ ID NO：3
‑
4，PigSTR6A、SEQ ID NO：5
‑
6，PigSTR8A、SEQ ID NO：7
‑
8，PigSTR9A、SEQ ID NO：...

【专利技术属性】
技术研发人员：郝少东，林小靖，彭忞，曹健荣，
申请(专利权)人：德诺杰亿北京生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：