蛋白质-配体复合物三维结构的确定方法、装置及终端制造方法及图纸

本发明专利技术公开了一种蛋白质

【技术实现步骤摘要】
蛋白质
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配体复合物三维结构的确定方法、装置及终端


[0001]本专利技术涉及药物分子的三维结构设计领域，尤其涉及的是一种蛋白质
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配体复合物三维结构的确定方法、装置及终端。

技术介绍

[0002]在药物分子的结构设计领域，关键的一步就是确定蛋白质
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配体复合物的三维结构，因此在开发新的药物过程中，任务之一就是确定蛋白质表面能与配体结合的位置。随着X射线晶体学和核磁共振光谱等相关技术的发展，蛋白质以及蛋白质
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配体复合物的表面结构能够更清楚地展现在人们眼前，但这两种技术效率再高，也无法跟上药物开发的速度，更无法确定蛋白质上最优的结合位置，因此无法指导如何优化蛋白质与配体的结合。
[0003]现有技术中，为了确定蛋白质与配体之间的最优结合位置，一般是通过计算机上的分子对接法模拟形成蛋白质
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配体复合物的三维结构，再根据特定算法为此三维结构评分，得分最高的三维结构则对应蛋白质与配体的最优结合位置。但是在实际应用过程中，还无法模拟蛋白质
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种蛋白质
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配体复合物三维结构的确定方法，其特征在于，所述方法包括：同时处理蛋白质数据和配体数据，生成蛋白质口袋数据和配体姿态数据；匹配所述蛋白质口袋数据和所述配体姿态数据，得到第一三维结构；体素化所述第一三维结构，得到若干栅格，所述栅格中包括对应位置的蛋白质
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配体结合信息；将所述栅格输入训练后的神经网络，为所述栅格排序；根据排序第一的所述栅格得到最优结合位点和最优配体姿态，结合所述最优结合位点和所述最优配体姿态，得到蛋白质
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配体复合物三维结构。2.根据权利要求1所述的蛋白质
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配体复合物三维结构的确定方法，其特征在于，在将所述栅格输入训练后的神经网络之前，包括：删除对应位置的蛋白质
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配体结合信息为零的栅格。3.根据权利要求1所述的蛋白质
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配体复合物三维结构的确定方法，其特征在于，在同时处理蛋白质数据和配体数据之前，包括：获取蛋白质数据库中的蛋白质分子结构数据，按照选择标准特征值对所述蛋白质分子结构数据排序，选择排序第一的所述蛋白质分子结构数据作为所述蛋白质数据；获取配体的分子结构数据，为所述分子结构数据添加极性氢，获得所述配体数据。4.根据权利要求3所述的蛋白质
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配体复合物三维结构的确定方法，其特征在于，所述选择标准特征值包括：分辨率，所述分辨率显示电子密度图的分辨率等级；完整度，所述完整度显示所述蛋白质分子结构数据中能够模拟的部分占总结构的百分比；R值，所述R值表示所述蛋白质分子结构数据所得模型的衍射花纹与实验获得的衍射花纹的差异；R
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free值，所述R
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free值表示过拟合程度。5.根据权利要求1所述的蛋白质
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配体复合物三维结构的确定方法，其特征在于，所述同时处理蛋白质数据和配体数据，生成蛋白质口袋数据和配体姿态数据，包括：利用盲对接法处理所述蛋白质数据和所述配体数据，获得所述配体姿态数据，所述配体姿态数据体现配体在蛋白质
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配体结合过程中的状态；利用口袋检测法处理所述蛋白质数据，获得所述蛋白质口袋数据，所述蛋白质口袋数据显示蛋白质表面的结合位点信息；以上两个步骤同时平行处理。6.根据权利要求1所述的蛋白质
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配体复合物三维结构的确定方法，其特征在于，所述体素化所述第一三维结构，包括：将所述第一三维结构分割为边长为的立方体；将所述第一三维结...

【专利技术属性】
技术研发人员：亚乌斯，
申请(专利权)人：重庆康洲大数据集团有限公司，
类型：发明
国别省市：