基于基底膜相关基因构建胃癌预后模型的方法技术

本发明专利技术属于生物学技术领域，具体的说是基于基底膜相关基因构建胃癌预后模型的方法，该方法步骤如下所示：S1：数据获取；S2：筛选差异表达mRNA；S3：功能富集分析；S4：建立和评估基于BMRGs的风险评分；S5：基因集富集分析(GSEA)；S6：免疫浸润分析；S7：潜在的药物预测和药物敏感性分析；S8：统计学分析；基于TCGA数据和生物信息学技术，建立BMRGs的风险评分模型，结合临床病理数据，探讨其预后功能、可能的分子机制和相应的肿瘤微环境，预测潜在的靶点药物，为胃癌的临床决策提供理论支持。为胃癌的临床决策提供理论支持。为胃癌的临床决策提供理论支持。

【技术实现步骤摘要】
基于基底膜相关基因构建胃癌预后模型的方法


[0001]本专利技术属于生物学
，具体的说是基于基底膜相关基因构建胃癌预后模型的方法。

技术介绍

[0002]胃癌(GC)是一种常见的消化道恶性肿瘤，在全球新发癌症和癌症相关死亡人数中分别占第五位和第四位，发病率为5.6％，死亡率为7.7％。在2020年导致了近80万人死亡；随着社会经济水平和公众健康意识的提高，以及早期癌症筛查的发展，胃癌的发病率和死亡率较以前有所下降，但在亚洲国家仍是一种高发的威胁生命的疾病；由于该病的隐匿性，许多患者在初次诊断时都面临着令人遗憾的情况，这通常会导致生存机会大大减少；中国的一项研究表明，晚期胃癌患者预后更差，5年生存率仅为10.2％；因此，我们希望建立新的预测标志物，为GC的临床诊断和治疗服务。
[0003]基底膜是一种特殊的细胞外基质，围绕在大多数动物组织周围，呈薄层状结构，主要由层粘连蛋白、IV型胶原蛋白、巢蛋白和蛋白聚糖之间的结合相互作用组成，参与维持正常组织结构的完整性和调节细胞行为。基底膜相关基因(BMRGs)的突变和病理改变已被证实可导致一本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.基于基底膜相关基因构建胃癌预后模型的方法，其特征在于：该方法步骤如下所示：S1：数据获取；S2：筛选差异表达mRNA；S3：功能富集分析；S4：建立和评估基于BMRGs的风险评分；S5：基因集富集分析(GSEA)；S6：免疫浸润分析；S7：潜在的药物预测和药物敏感性分析；S8：统计学分析。2.根据权利要求1所述的基于基底膜相关基因构建胃癌预后模型的方法，其特征在于：所述S1中数据获取的具体方法如下所示：从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载75个肿瘤样本和32个正常GC患者样本的转录组数据，同时收集BMRGs，并从TCGA数据库的胃腺癌患者中提取相应的表达水平，并随机筛选50％用于验证。3.根据权利要求2所述的基于基底膜相关基因构建胃癌预后模型的方法，其特征在于：所述S2中筛选差异表达mRNA的具体方法如下所示：利用“edgeR”包用于鉴定胃腺癌和正常胃组织之间差异表达的BMRGs；同时使用|log2 fold change(logFC)|>1和错误发现率(FDR)<0.05作为筛选标准。4.根据权利要求3所述的基于基底膜相关基因构建胃癌预后模型的方法，其特征在于：所述S3中功能富集分析的具体方法如下所示：利用基于“clusterProfiler”包的基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析，探索了胃腺癌中差异显著的BMRGs的分子机制，其中GO包括生物过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)，筛选阈值为P<0.05。5.根据权利要求4所述的基于基底膜相关基因构建胃癌预后模型的方法，其特征在于：所述S4中建立和评估基于BMRGs的风险评分的具体方法如下所示：A1：通过收集具有生存时间和生存状态的胃腺癌样本，剔除生存时间为0的样本，与BMRGs结合，进行单因素Cox回归分析，筛选出有预后价值的BMRGs，并采用LASSO回归分析与“glmnet”包建立风险评分预后模型，公式如下：Risk score＝∑βi*Xi其中β表示LASSO回归系数，X变量表示预后BMRGs的表达水平；A2：胃腺癌患者根据中位风险评分分为高风险组和低风险组，采用Kaplan
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Meier法评价两组疗效(P＜0.05)；A3：...

【专利技术属性】
技术研发人员：文尧，杨朝霞，
申请(专利权)人：重庆医科大学，
类型：发明
国别省市：