一种小麦条锈菌基因组SNP位点组合在小麦条锈菌基因分型中的应用制造技术

本发明专利技术涉及一种小麦条锈菌基因组SNP位点组合在小麦条锈菌基因分型中的应用，所述小麦条锈菌基因组SNP位点组合包括9365个SNP位点，所述9365个SNP位点的物理位置是基于小麦条锈菌参考基因组Pst_104E_v13_all_ctg比对确定的；所述9365个SNP位点的物理位置信息见表1。本发明专利技术能够高效、便捷、精准、高覆盖率，且经济、快速的进行小麦条锈菌基因分型检测。快速的进行小麦条锈菌基因分型检测。

【技术实现步骤摘要】
一种小麦条锈菌基因组SNP位点组合在小麦条锈菌基因分型中的应用


[0001]本专利技术属于小麦条锈菌
，具体涉及一种小麦条锈菌基因组SNP位点组合在小麦条锈菌基因分型中的应用。

技术介绍

[0002]小麦条锈病是由小麦条锈菌引起的一种对小麦生产具有毁灭性危害的气传真菌病害，该病害流行年份可导致小麦减产30％以上，严重威胁小麦的安全生产。其有效防控是长期的国际难题，引起世界有关国家及其国际组织的广泛关注。中国政府对小麦条锈病的研究和防治工作历来十分重视。由于小麦条锈菌的频繁变异，导致其生理小种展现出多样性。然而，基于小麦条锈菌的毒性反应型研究条锈菌具有极大的局限性，因此通过基于DNA水平的分子标记研究手段是一个新的途径。
[0003]目前，虽然分子标记技术已大量应用于小麦条锈菌的群体遗传学中，但前人的研究使用的分子标记手段多数局限于数十个分子标记，不能捕获小麦条锈菌基因组的丰富变异。另外，使用不同的分子标记技术，可能会出现不同的实验结果，从而导致虽已对小麦条锈菌群体流行做了颇多的研究，但研究结果存在相悖的现象。
[0004]因此，开发一种小麦条锈菌基因组SNP位点组合，能够高效、便捷、精准、高覆盖率，且经济快速地应用于小麦条锈菌基因分型检测中，对小麦条锈菌的群体遗传学研究意义重大。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于克服现有技术中的缺陷，提供了一种小麦条锈菌基因组SNP位点组合在小麦条锈菌基因分型中的应用，其能够高效、便捷、精准、高覆盖率，且经济、快速的进行小麦条锈菌基因分型检测。
[0006]为实现上述目的，本专利技术所采取的技术方案如下：
[0007]一种小麦条锈菌基因组SNP位点组合在小麦条锈菌基因分型中的应用，所述小麦条锈菌基因组SNP位点组合包括9365个SNP位点，所述9365个SNP位点的物理位置是基于小麦条锈菌参考基因组Pst_104E_v13_all_ctg比对确定的；所述小麦条锈菌参考基因组Pst_104E_v13_all_ctg的版本号为V13；
[0008]所述9365个SNP位点的物理位置信息见表1，其中，SNP位点的物理位置信息以“染色体编号:物理位置”的方式表示；染色体编号中，p为pcontig的简写，h为hcontig的简写。
[0009]表1
[0010][0011][0012][0013][0014][0015][0016][0017][0018][0019][0020][0021][0022][0023][0024][0025][0026][0027][0028][0029][0030][0031][0032][0033][0034][0035][0036][0037][0038][0039][0040][0041][0042][0043][0044][0045][0046][0047][0048][0049][0050][0051]作为进一步的技术方案，通过检测小麦条锈菌中9365个SNP位点对小麦条锈菌进行基因分型。
[0052]一套小麦条锈菌基因组探针组合在小麦条锈菌基因分型中的应用，所述探针组合用于检测小麦条锈菌中的9365个SNP位点，所述9365个SNP位点的物理位置是基于小麦条锈菌参考基因组Pst_104E_v13_all_ctg比对确定的；所述9365个SNP位点的物理位置信息见表1。
[0053]一种小麦条锈菌基因组液相芯片在小麦条锈菌基因分型中的应用，所述液相芯片包括所述的探针组合。
[0054]与现有技术相比，本专利技术的有益效果在于：
[0055]1、代表性高，多样性信息丰富
[0056]本专利技术的9365个SNP位点来自于大样本量重测序数据和现今已公开的所有重测序数据，这些数据的材料背景涵盖了全球各流行区的小麦条锈菌样品，代表性高，多样性信息丰富，能够捕获小麦条锈菌基因组的丰富变异，提高了检测的精准度。
[0057]2、标记分布均匀
[0058]本专利技术小麦条锈菌基因分型检测的9365个SNP位点均匀分布在小麦条锈菌全基因
组。
[0059]3、平台广适性
[0060]本专利技术的标记检测不需要借助特定的昂贵设备，可以适配多种测序平台完成测序。
[0061]4、检测高效性
[0062]本专利技术可实现对样品的混合测定，摆脱了繁琐的检测过程，进而提高了检测效率。
[0063]5、同等标记密度，更低价格
[0064]本专利技术极大程度降低了小麦条锈菌突变位点检测的使用成本，目前没有同类型。
附图说明
[0065]图1为本专利技术9365个SNP位点在基因组上的分布；
[0066]图2为本专利技术SNP位点注释统计图；
[0067]图3为实施例5中测序数据与参考基因组比对结果统计图；
[0068]图4为实施例5中测序结果信息统计图；
具体实施方式
[0069]下面将结合具体实施例对本专利技术的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0070]实施例1
[0071]一种用于基因分型的SNP位点组合，包括9365个SNP位点，所述9365个SNP位点的物理位置是基于小麦条锈菌参考基因组Pst_104E_v13_all_ctg比对确定的；所述小麦条锈菌参考基因组Pst_104E_v13_all_ctg的版本号为V13；
[0072]所述9365个SNP位点的物理位置信息见表1(
技术实现思路
部分)。
[0073]其获得方法，包括如下步骤：
[0074]步骤1、目标基因挑选
[0075]根据小麦条锈菌基因功能，进行目标基因的挑选，本实施例获得1727个目标基因，全长共计1.74Mb。
[0076]步骤2、前景位点信息核对
[0077]根据NCBI数据库筛选小麦条锈菌67个SNP位点，提供KASP引物序列，利用其侧翼序列进行位点核对，本实施例获得274个候选位点；
[0078]步骤3、背景位点信息筛选
[0079]以42个小麦条锈菌的全基因组重测序数据为基础，对数据中位点(2,350,234个SNP位点)进行初步筛选，保留NA比例<30％、杂合频率小于30％，次等位基因频率大于0.05的位点，共1,843,846个位点，以110bp窗口滑动，挑选SNP位点数在2
‑
7的区段，按照均匀分布的原则优先筛选PIC值高(PIC值大于0.5)的，或者区段内目标SNP的MAF值大的(MAF值大于0.05)的区段，本实施例共计获得2146个候选区段；
[0080]步骤4、探针设计及合成
[0081]从步骤1、步骤2、步骤3中获得的目标基因、前景位点、候选区段进行位点评估设计探针，本实施例共计评估成功1727个基因、134本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种小麦条锈菌基因组SNP位点组合在小麦条锈菌基因分型中的应用，其特征在于，所述小麦条锈菌基因组SNP位点组合包括9365个SNP位点，所述9365个SNP位点的物理位置是基于小麦条锈菌参考基因组Pst_104E_v13_all_ctg比对确定的；所述9365个SNP位点的物理位置信息见表1。2.根据权利要求1所述的一种小麦条锈菌基因组SNP位点组合在小麦条锈菌基因分型中的应用，其特征在于，通过检测小麦条锈菌中9365个SNP位点对小...

【专利技术属性】
技术研发人员：曾庆东，严浩浩，赵晶，王洁荣，马哲，康振生，韩德俊，
申请(专利权)人：西北农林科技大学，
类型：发明
国别省市：