用于检测样品中目标核酸的方法技术

本发明专利技术涉及用于检测样品中目标核酸的方法。本发明专利技术提供探针、方法、试剂盒和装置，其提供样品中目标核酸的准确、快速和灵敏的多重检测、鉴定和量化。鉴定和量化。鉴定和量化。

【技术实现步骤摘要】
用于检测样品中目标核酸的方法
[0001]本申请是申请日为2017年5月16日的中国专利申请201780043954.2“用于检测样品中目标核酸的方法”的分案申请。
[0002]相关申请的交叉参考本申请要求2016年5月16日递交的U.S.S.N.62 /337074和2017年5月1日递交的U.S.S.N. 62/492889的优先权和益处。每个申请的内容通过参照以其全部结合。
[0003]序列表本申请包含序列表，该序列表已通过EFS
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Web以ASCII格式提交，并且特此通过参照以其全部结合。2017年5月16日创建的所述ASCII副本名为NATE
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032001WO_ST25.txt，并且大小为22780字节。

技术介绍

[0004]尽管目前存在多种用于检测生物样品中核酸的方法，但仍需要改进、准确、快速和灵敏的目标核酸的多路检测、鉴定和量化。本专利技术满足这种需要。

技术实现思路

[0005]本专利技术提供探针、方法、试剂盒和装置，其提供样品中目标核酸的准确、快速和灵敏的多重检测、鉴定和量化。
[0006]本专利技术的一个方面为用于检测样品中至少一种目标核酸的方法。方法包括使样品与至少一种能够识别和结合至少一种目标分子的第一特定区域的探针接触的第一步骤，其中至少一种探针包含靶结合域和条形码域，其中靶结合域包含至少4个核苷酸，优选地6个或更多个核苷酸，并且能够识别和结合目标核酸的第一特定区域，并且其中靶结合域包含已知的核苷酸序列；其中条形码域包含一种条形码域，所述条形码域包含第一附着区(其包含能够被第一互补核酸分子、第一报告复合物的第一互补核酸分子或第一杂交核酸分子结合的核酸序列)和至少第二附着区(其包含能够被至少第二互补核酸分子、至少第二报告复合物的至少第二互补核酸分子或至少第二杂交核酸分子结合的核酸序列)，其中第一附着区的序列不同于至少第二附着区的序列。方法进一步包括以下步骤：(2) 使包含可检测标记的第一互补核酸分子或包含可检测标记的第一报告复合物的第一互补核酸分子结合于第一附着区，从而使可检测标记与第一附着区缔合；(3) 检测与第一附着区缔合的可检测标记；(4) 去除第一可检测标记或第一互补核酸分子；(5) 使包含可检测标记的至少第二互补核酸分子或包含可检测标记的至少第二报告复合物的至少第二互补核酸分子结合于至少第二附着区，从而使可检测标记与至少第二附着区缔合；和(6) 检测与至少第二附着区缔合的可检测标记；其中与第一附着区缔合的可检测标记和与至少第二附着区缔合的可检测标记的线性或依序顺序识别至少一种目标分子的特定区域，从而检测样品中的至少一种目标核酸。步骤(4)和(5)可依序或同时发生。
[0007]在实施方案中，步骤(4)的去除第一互补核酸包括使第一附着区与缺少可检测标记的第一杂交核酸分子接触，从而解除第一互补核酸分子的结合并使缺少可检测标记的第
一杂交核酸分子结合于第一附着区，或者pH、盐浓度和/或温度的变化足以去除第一互补核酸分子。
[0008]在实施方案中，条形码域可包含至少第三附着区，其包含能够被至少第三互补核酸分子、至少第三报告复合物的至少第三互补核酸分子或至少第三杂交核酸分子结合的核酸序列，其中至少第三附着区的序列不同于另一个附着区的序列。
[0009]在实施方案中，方法可进一步包括以下步骤：(7) 去除第二可检测标记或第二互补核酸分子；(8) 使包含可检测标记的至少第三互补核酸分子或包含可检测标记的至少第三报告复合物的至少第三互补核酸分子结合于至少第三附着区，从而使可检测标记与至少第三附着区缔合；和(9) 检测与至少第三附着区缔合的可检测标记；其中与第一附着区缔合的可检测标记、与至少第二附着区缔合的可检测标记和与至少第三附着区缔合的可检测标记的线性或依序顺序识别至少一种目标分子的特定区域，从而检测样品中的至少一种目标核酸。步骤(7)和(8)可依序或同时发生。
[0010]在实施方案中，步骤(7)的去除第二互补核酸包括使第二附着区与缺少可检测标记的第二杂交核酸分子接触，从而解除第二互补核酸分子的结合并使缺少可检测标记的第二杂交核酸分子结合于第二附着区，或者pH、盐浓度和/或温度的变化足以去除第二互补核酸分子。
[0011]在实施方案中，条形码域可包含至少第四附着区，其包含能够被至少第四互补核酸分子、至少第四报告复合物或至少第四杂交核酸分子结合的核酸序列，其中至少第四附着区的序列不同于另一个附着区的序列。在实施方案中，条形码域可包含至少第五附着区，其包含能够被至少第五互补核酸分子、至少第五报告复合物或至少第五杂交核酸分子结合的核酸序列，其中至少第五附着区的序列不同于另一个附着区的序列。在实施方案中，条形码域可包含至少第六附着区，其包含能够被至少第六互补核酸分子、至少第六报告复合物或至少第六杂交核酸分子结合的核酸序列，其中至少第六附着区的序列不同于另一个附着区的序列。在实施方案中，条形码域可包含至少第七附着区，其包含能够被至少第七互补核酸分子、至少第七报告复合物或至少第七杂交核酸分子结合的核酸序列，其中至少第七附着区的序列不同于另一个附着区的序列。
[0012]在实施方案中，重复以下步骤：去除相应的可检测标记或互补核酸分子、使包含可检测标记的互补核酸分子或包含可检测标记的报告复合物的互补核酸分子结合于相应的附着区，从而使可检测标记与相应的附着区缔合；并检测与附着区缔合的相应的可检测标记，直至条形码域中的每个附着区已被包含可检测标记的互补核酸分子依序结合，并且已经检测到依序结合的互补核酸分子的可检测标记，其中与每个附着区缔合的可检测标记的线性或依序顺序识别至少一种目标分子的特定区域，从而检测样品中的至少一种目标核酸。
[0013]在实施方案中，缺少可检测标记的第一杂交核酸分子至少包含第一互补核酸分子的核酸序列。
[0014]在实施方案中，第一附着区可邻近至少一个侧翼单链多核苷酸或多核苷酸类似物。缺少可检测标记的第一杂交核酸分子可进一步包含与邻近所述第一附着区的至少一个侧翼单链多核苷酸部分互补的核酸序列。
[0015]在实施方案中，缺少可检测标记的至少第二杂交核酸分子至少包含至少第二互补
核酸分子的核酸序列。
[0016]在实施方案中，至少第二附着区可邻近至少一个侧翼单链多核苷酸或多核苷酸类似物。缺少可检测标记的至少第二杂交核酸分子可包含与邻近至少第二附着区的至少一个侧翼单链多核苷酸部分互补的核酸序列。
[0017]在实施方案中，条形码域可包含合成骨架，其包括多糖、肽、肽核酸、多肽或选自单链DNA、单链RNA或单链PNA的多核苷酸。
[0018]在实施方案中，至少一种探针可包含在靶结合域和条形码域之间的单链或双链RNA、DNA、PNA或其他多核苷酸类似物或PEG间隔区。间隔区可为双链DNA。
[0019]在实施方案中，第一报告复合物的第一互补核酸分子、至少第二互补核酸分子和至少第二报告复合物的至少第二互补核酸分子独立地为RNA、DNA、PNA或其他多核苷酸类似物。<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测样品中至少一种目标核酸的方法，所述方法包括：(1) 使所述样品与至少一种能够识别和结合所述至少一种目标分子的第一特定区域的探针接触，其中所述至少一种探针包含：靶结合域和条形码域其中所述靶结合域包含至少4个核苷酸，并且能够识别和结合所述目标核酸的所述第一特定区域，并且其中所述靶结合域包含已知的核苷酸序列；其中所述条形码域包含第一附着区，其包含能够被第一报告复合物的第一互补核酸分子结合的核酸序列；和至少第二附着区，其包含能够被至少第二报告复合物的至少第二互补核酸分子结合的核酸序列；其中所述第一附着区的所述序列不同于所述至少第二附着区的所述序列；(2) 使包含第一可检测标记的第一报告复合物的第一互补核酸分子结合于所述第一附着区，从而使可检测标记与所述第一附着区缔合；(3) 检测与所述第一附着区缔合的所述第一可检测标记；(4) 去除所述第一可检测标记；(5) 使包含第二可检测标记的至少第二报告复合物的至少第二互补核酸分子结合于所述至少第二附着区，从而使可检测标记与所述至少第二附着区缔合；和(6) 检测与所述至少第二附着区缔合的所述第二可检测标记；其中每一包含可检测标记的报告复合物含有经可光切割的接头与初级核酸分子间接连接的互补核酸分子，其中步骤(4)中去除所述第一可检测标记包括将所述第一报告复合物与足以切割至少一个可光切割的接头的光接触，由此释放所述第一可检测标记，其中与所述第一附着区缔合的所述第一可检测标记和与所述至少第二附着区缔合的所述第二可检测标记的所述线性或依序顺序识别所述至少一种目标分子的所述特定区域，从而检测所述样品中的所述至少一种目标核酸。2.权利要求1的方法，其中所述条形码域包含至少第三附着区，其包含能够被至少第三报告复合物结合的核酸序列；其中所述至少第三附着区的所述序列不同于另一个附着区的所述序列。3.权利要求1或权利要求2的方法，所述方法进一步包括：(7) 去除所述第二可检测标记，其中去除所述第二可检测标记包括将所述至少第二报告复合物与足以切割至少一个可光切割的接头的光接触，由此释放所述第二可检测标记；(8) 使包含第三可检测标记的至少第三报告复合物的至少第三互补核酸分子结合于所述至少第三附着区，从...

【专利技术属性】
技术研发人员：R哈菲佐夫，DL杜纳维，M格雷戈里，
申请(专利权)人：纳米线科技公司，
类型：发明
国别省市：