用于表达谱分析的空间映射的系统和方法技术方案

提供了用于将组织样本中包含的靶生物组分的至少一个生物表达空间映射到组织样本的图像的系统、装置和方法。在一些实施例中，系统包括处理器和指令，该指令当由处理器执行时，使系统在第一显示中显示扫描窗格，该扫描窗格至少包括组织样本的图像，该图像包括对应于感兴趣区（ROI）的至少一个分界，其中，ROI对应于组织图像内的组织的一部分。指令还被配置成使系统在第二显示中显示可视化窗格，该可视化窗格包括ROI中包含的生物表达的可视化；以及通过对组织图像中的ROI进行编码来增强第一显示以示出ROI内的生物表达的空间映射。以示出ROI内的生物表达的空间映射。以示出ROI内的生物表达的空间映射。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于表达谱分析的空间映射的系统和方法
[0001]相关申请本申请要求2019年10月18日提交的美国临时专利申请62/916,990的益处和优先权，其全部公开内容通过引用并入本文。


[0002]本公开涉及用于蛋白质和mRNA表达的视觉空间分辨和数字量化的系统、装置和方法。

技术介绍

[0003]例如癌症的疾病涉及异常细胞生长，其中这种异常生长通常会导致一种或多种肿瘤局部化或转移到身体其他部位。手术是摘除肿瘤、癌性淋巴结和肿瘤附近的健康组织的第一线治疗。通常，辅助疗法在手术后施用，其可以包括数周的放射、化学疗法、靶向药物疗法和/或免疫疗法。这些疗法会有因患者而异的混合结果和副作用。研究人员正在积极研究结果的差异，以便标识可以预测患者对治疗的反应的生物标志物。这些表达特征可以帮助指导医师以有意的、基于证据的方式施用更有效的治疗。
[0004]当今的挑战在于标识在肿瘤微环境中起作用的生物标志物。然而，肿瘤样本中的此类生物标志物通常会破坏组织，最常见的是牺牲关于生物标志物的空间信息。尽管荧光和明视场成像可以提供生物标志物的可视映射图，但本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种生物表达映射系统，被配置成将组织样本中包含的相应靶生物组分的一个或多个生物表达空间映射到所述组织样本的图像，所述系统包括至少一个处理器，所述至少一个处理器具有在其上操作的指令，所述指令在被执行时被配置成使所述系统：在第一显示中显示扫描窗格，所述扫描窗格至少包括所述组织样本的图像，所述图像包括一个或多个分界，每个分界对应于一个或多个感兴趣区（ROI）中的特定一个，一个或多个ROI中的每个ROI对应于组织图像内的所述组织的特定部分；在第二显示中显示包括一个或多个ROI中包含的相应生物表达中的每一个的可视化的可视化窗格；以及通过对组织图像中的一个或多个ROI进行编码来增强所述第一显示以示出所述一个或多个ROI内的所述生物表达的所述空间映射。2.根据权利要求1所述的系统，其中，编码至少包括颜色编码。3.根据权利要求1或2所述的系统，其中，相应生物表达中的每一个的可视化包括一个或多个ROI的ROI中包含的生物表达的图像。4.根据权利要求1
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3中任一项所述的系统，其中，所述可视化包括一个或多个ROI中包含的一个或多个生物表达的曲线图、绘图、图表和映射图中的至少一个。5.根据权利要求4所述的系统，其中，所述生物表达的曲线图、绘图、图表和映射图包括热图、树图、条形图、散点图、箱形图、森林图、主组分、统计图、火山图、趋势图和航线图中的至少一个。6.根据权利要求5所述的系统，其中，所述树图包括树状图。7.根据权利要求5所述的系统，其中，所述统计图包括一个或多个主组分分析（PCA）图。8.根据权利要求1
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7中任一项所述的系统，其中，所述第一显示基于指定对所述可视化中包含的生物表达的至少一个选择的用户输入而被增强。9.根据权利要求8所述的系统，其中，至少一个用户选择的生物表达的空间映射被配置成向ROI中的一个或多个中的至少一个提供其空间上下文。10.根据权利要求1
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9中任一项所述的系统，其中，增强第一显示被配置成促进一个或多个ROI中的至少一个中的组织的形态学谱分析。11.根据权利要求10所述的系统，其中，所述形态学谱分析包括几何谱分析、片段谱分析、轮廓谱分析、网格化谱分析和细胞谱分析中的至少一种。12.根据权利要求10所述的系统，其中，所述片段谱分析包括手动片段谱分析和自动片段谱分析中的至少一个，所述自动片段谱分析被配置成基于指定至少一个片段谱分析参数的用户输入来自动化和促进所述一个或多个ROI中的至少一个中的组织的片段谱分析。13.根据权利要求10所述的系统，其中，所述细胞谱分析包括单细胞谱分析和稀有细胞谱分析。14.根据权利要求1
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13中任一项所述的系统，其中：基于将组织样本暴露于多种试剂，来确定至少在一个或多个ROI内的相应的一个或多个靶生物组分的一个或多个生物表达，并且所述试剂包括：多种成像试剂，被配置成结合到至少所述一个或多个ROI内的所述组织样本的生物边界，以及
多种谱分析试剂，每个谱分析试剂被配置成：结合到至少一个或多个ROI内包含的特定靶生物组分的特定生物表达，以及包括可裂解的缔合寡核苷酸。15.根据权利要求14所述的系统，其中，在将所述组织样本暴露于所述多种试剂之后，并且在所述第一显示和所述第二显示中显示之前，所述指令还被配置成使所述系统：照射组织样本并对其成像；接收指定对所述一个或多个ROI的选择的用户输入；至少在ROI中的一个或多个处照射所述组织样本，从而从谱分析试剂中裂解所述缔合寡核苷酸；收集经裂解的寡核苷酸；以及分析所收集的、裂解的缔合寡核苷酸以确定：包含在至少一个或多个ROI内的一个或多个生物表达，以及它们在其中的对应位置。16.根据权利要求14所述的系统，其中，每种谱分析试剂包括：核酸探针，包括靶结合区，在所述靶结合区中，所述可裂解的缔合寡核苷酸被可去除地连接；或寡核苷酸，包括可去除地连接的抗体。17.根据权利要求8所述的系统，其中，指定对一个或多个ROI的选择的用户输入包括针对形状或尺寸的对ROI中的一个或多个的选择。...

【专利技术属性】
技术研发人员：P，
申请(专利权)人：纳米线科技公司，
类型：发明
国别省市：