用于冠状病毒的变异核酸文库制造技术

本文提供了与优化的抗体的文库相关的方法和组合物，所述文库具有编码包含修饰序列的抗体的核酸。本文所述的文库包含编码SARS

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于冠状病毒的变异核酸文库
交叉引用
[0001]本申请要求2020年11月18日提交的美国临时专利申请号63/115,568、2020年10月22日提交的美国临时专利申请号63/104,465、2020年9月1日提交的美国临时专利申请号63/073,362、2020年8月24日提交的美国临时专利申请号63/069,665、2020年6月4日提交的美国临时专利申请号63/034,896、2020年4月27日提交的美国临时专利申请号63/016,254的权益，其各自通过引用全文并入。

技术介绍

[0002]冠状病毒，如严重急性呼吸道冠状病毒2(SARS
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CoV
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2)，可引起严重的呼吸道问题。需要用于治疗和预防由冠状病毒如SARS
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CoV
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2引起的病毒感染的疗法。抗体具有与生物靶标以高特异性和亲和力结合的能力。然而，由于平衡免疫效应与功效，治疗性抗体的设计具有挑战性。因此，需要开发用于优化抗体特性的组合物和方法，以开发用于治疗冠状病毒感染的有效疗法。援引并入
[0003]本说明书中所提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，其程度犹如具体地且单独地指出每个单独的出版物、专利或专利申请均通过引用而并入。

技术实现思路

[0004]本文提供了核酸文库，其包含：在翻译时编码与SARS
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CoV
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2或ACE2蛋白结合的抗体或抗体变片段的多个序列，其中每个序列相对于编码抗体的输入序列在CDR内包含预定数目的变体，并且其中文库包含至少50,000个变异序列。本文进一步提供了核酸文库，其中抗体或抗体片段与SARS
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CoV
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2的刺突糖蛋白、膜蛋白、包膜蛋白、核衣壳蛋白或其组合结合。本文进一步提供了核酸文库，其中抗体或抗体片段与刺突糖蛋白结合。本文进一步提供了核酸文库，其中抗体或抗体片段与刺突糖蛋白的受体结合结构域结合。本文进一步提供了核酸文库，其中文库包含至少100,000个变异序列。本文进一步提供了核酸文库，其中序列中的至少一些编码抗体轻链。本文进一步提供了核酸文库，其中序列中的至少一些编码抗体重链。本文进一步提供了核酸文库，其中多个序列中的每个序列相对于输入序列在重链或轻链的CDR中包含至少一个变体。本文进一步提供了核酸文库，其中多个序列中的每个序列相对于输入序列在重链或轻链的CDR中包含至少两个变体。本文进一步提供了核酸文库，其中变体中的至少一个存在于至少两个个体中。本文进一步提供了核酸文库，其中变体中的至少一个存在于至少三个个体中。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个序列在翻译时编码抗体或抗体片段，该抗体或抗体片段具有是输入序列的结合亲和力的至少5倍的结合亲和力。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个序列在翻译时编码抗体或抗体片段，该抗体或抗体片段具有是输入序列的结合亲和力的至少25倍的结合亲和力。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个序列在翻译时编码抗体或抗体片段该抗体或抗体片段具有是输入序列的结合亲和力的至少50倍的结合亲和力。本文进一步提供了核酸文库，其
中多个序列中的每个序列相对于输入序列的种系序列在重链或轻链的每个CDR中包含至少一个变体。本文进一步提供了核酸文库，其中CDR是重链上的CDR1、CDR2和CDR3。本文进一步提供了核酸文库，其中CDR是轻链上的CDR1、CDR2和CDR3。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个序列在翻译时编码抗体或抗体片段，该抗体或抗体片段具有是输入序列的至少70倍的结合亲和力。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个序列在翻译时编码具有小于50nM的K
D
的抗体或抗体片段。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个序列在翻译时编码具有小于25nM的K
D
的抗体或抗体片段。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个序列在翻译时编码具有小于10nM的K
D
的抗体或抗体片段。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个序列在翻译时编码具有小于5nM的K
D
的抗体或抗体片段。本文进一步提供了核酸文库，其中文库编码SEQ ID NO:1
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921、1047
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1208、1263
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1436、1495
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1917或2059
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2598中任一个的CDR序列。
[0005]本文提供了核酸文库，其包含：在翻译时编码与冠状病毒或冠状病毒的受体结合的抗体或抗体变片段的多个序列，其中每个序列相对于编码抗体的输入序列在CDR内包含预定数目的变体，并且其中文库包含至少50,000个变异序列。本文进一步提供了核酸文库，其中冠状病毒为SARS
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CoV、MERS
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CoV、CoV
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229E、HCoV
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NL63、HCoV
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OC43或HCoV
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HKU1。本文进一步提供了核酸文库，其中冠状病毒的受体为ACE2或二肽基肽酶4(DPP4)。本文进一步提供了核酸文库，其中文库包含至少100,000个变异序列。本文进一步提供了核酸文库，其中序列中的至少一些编码抗体轻链。本文进一步提供了核酸文库，其中序列中的至少一些编码抗体重链。本文进一步提供了核酸文库，其中多个序列中的每个序列相对于输入序列在重链或轻链的CDR中包含至少一个变体。本文进一步提供了核酸文库，其中多个序列中的每个序列相对于输入序列在重链或轻链的CDR中包含至少两个变体。本文进一步提供了核酸文库，其中变体中的至少一个存在于至少两个个体中。本文进一步提供了核酸文库，其中变体中的至少一个存在于至少三个个体中。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个序列在翻译时编码抗体或抗体片段，该抗体或抗体片段具有是输入序列的结合亲和力的至少5倍的结合亲和力。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个序列在翻译时编码抗体或抗体片段，该抗体或抗体片段具有是输入序列的结合亲和力的至少25倍的结合亲和力。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个序列在翻译时编码抗体或抗体片段该抗体或抗体片段具有是输入序列的结合亲和力的至少50倍的结合亲和力。本文进一步提供了核酸文库，其中多个序列中的每个序列相对于输入序列的种系序列在重链或轻链的每个CDR中包含至少一个变体。本文进一步提供了核酸文库，其中CDR是重链上的CDR1、CDR2和CDR3。本文进一步提供了核酸文库，其中CDR是轻链上的CDR1、CDR2和CDR3。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个序列在翻译时编码抗体或抗体片段，该抗体或抗体片段具有是输入序列的至少70倍的结合亲和力。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个序列在翻译时编码具有小于50nM的K
D
的抗体或抗体片段。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个序列在翻译时编码具有小于25nM的K
D
的抗体或抗体片段。本文进一步提供了核酸文库，其本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】NO:1487中所示；(b)CDRH2的氨基酸序列如SEQ ID NO:1667中所示；并且(c)CDRH3的氨基酸序列如SEQ ID NO:1847中所示。24.根据权利要求17所述的抗体或抗体片段，其中(a)CDRH1的氨基酸序列如SEQ ID NO:780中所示；(b)CDRH2的氨基酸序列如SEQ ID NO:921中所示；并且(c)CDRH3的氨基酸序列如SEQ ID NO:1063中所示。25.根据权利要求17所述的抗体或抗体片段，其中(a)CDRH1的氨基酸序列如SEQ ID NO:782中所示；(b)CDRH2的氨基酸序列如SEQ ID NO:923中所示；并且(c)CDRH3的氨基酸序列如SEQ ID NO:1065中所示。26.根据权利要求17所述的抗体或抗体片段，其中(a)CDRH1的氨基酸序列如SEQ ID NO:39中所示；(b)CDRH2的氨基酸序列如SEQ ID NO:89中所示；并且(c)CDRH3的氨基酸序列如SEQ IDNO:139中所示。27.根据权利要求17所述的抗体或抗体片段，其中(a)CDRH1的氨基酸序列如SEQ ID NO:832中所示；(b)CDRH2的氨基酸序列如SEQ ID NO:973中所示；并且(c)CDRH3的氨基酸序列如SEQ ID NO:1115中所示。28.根据权利要求17所述的抗体或抗体片段，其中(a)CDRH1的氨基酸序列如SEQ ID NO:869中所示；(b)CDRH2的氨基酸序列如SEQ ID NO:1010中所示；并且(c)CDRH3的氨基酸序列如SEQ ID NO:1152中所示。29.根据权利要求17所述的抗体或抗体片段，其中(a)CDRH1的氨基酸序列如SEQ ID NO:889中所示；(b)CDRH2的氨基酸序列如SEQ ID NO:1030中所示；并且(c)CDRH3的氨基酸序列如SEQ ID NO:1172中所示。30.根据权利要求17所述的抗体或抗体片段，其中(a)CDRH1的氨基酸序列如SEQ ID NO:908中所示；(b)CDRH2的氨基酸序列如SEQ ID NO:1049中所示；并且(c)CDRH3的氨基酸序列如SEQ ID NO:1191中所示。31.一种抗体或抗体片段，其包含重链区可变结构域(VH)和轻链区可变结构域(VL)，其中所述VH包含与如SEQ ID NO:493
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519和721
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749的任一个中所示的序列具有至少约90％同一性的氨基酸序列，并且其中所述VL包含与如SEQ ID NO:520
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546和750
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778的任一个中所示的序列具有至少约90％同一性的氨基酸序列。32.一种抗体或抗体片段，其包含重链区可变结构域(VH)，所述VH包含与如SEQ ID NO:1884
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2063、2302
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2380和2597
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2668的任一个中所示的序列具有至少约90％同一性的氨基酸序列。33.根据权利要求32所述的抗体或抗体片段，其中所述VH包含与SEQ ID NO:1954具有至少约90％同一性的氨基酸序列。34.根据权利要求32所述的抗体或抗体片段，其中所述VH包含与SEQ ID NO:1987具有至少约90％同一性的氨基酸序列。35.根据权利要求32所述的抗体或抗体片段，其中所述VH包含与SEQ ID NO:2014具有至少约90％同一性的氨基酸序列。36.一种抗体，其中所述抗体包含与SEQ ID NO:1
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2668中任一个具有至少90％序列同一性的序列；并且其中所述抗体是单克隆抗体、多克隆抗体、双特异性抗体、多特异性抗体、移植抗体、人抗体、人源化抗体、合成抗体、嵌合抗体、骆驼化抗体、单链Fv(scFv)、单链抗
体、Fab片段、F(ab')2片段、Fd片段、Fv片段、单结构域抗体、分离的互补决定区(CDR)、双抗体、仅由单个单体可变结构域组成的片段、二硫键连接的Fv(sdFv)、胞内抗体、抗独特型(抗Id)抗体或其ab抗原结合片段。37.一种核酸组合物，包含：a)第一核酸，其编码重链区可变结构域(VH)，所述VH包含与SEQ ID NO:493
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519和721
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749的任一个中所示的序列具有至少约90％同一性的氨基酸序列；b)第二核酸，其编码轻链区可变结构域(VL)，所述VL包含与SEQ ID NO:520
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546和750
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778的任一个中所示的序列的至少约90％同一性；以及赋形剂。38.一种核酸组合物，包含：a)第一核酸，其编码重链区可变结构域(VH)，所述VH包含与SEQ ID NO:1884
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2063、2302
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2380和2597
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2668的任一个中所示的序列具有至少约90％同一性的氨基酸序列；和b)赋形剂。39.根据权利要求38所述的核酸组合...

【专利技术属性】
技术研发人员：亚伦，
申请(专利权)人：特韦斯特生物科学公司，
类型：发明
国别省市：