用于检测西瓜红/黄瓤色性状的KASP标记引物组合及其应用制造技术

本发明专利技术属于分子生物学领域，提供了用于检测西瓜红/黄瓤色的KASP标记引物组合及其应用。用于检测西瓜红/黄瓤色的KASP标记引物组合包括如下三条引物：上游引物1、上游引物2和下游引物。本发明专利技术还提供了用于检测西瓜红/黄瓤色的KASP标记引物组合的应用，采用本发明专利技术提供的引物组合进行西瓜红/黄瓤色基因型的检测，操作流程简便，降低了人为误差，分析通量高；应用于西瓜红/黄瓤色基因的选育，可以大大节约时间和人工成本，提高分子标记辅助选择的育种效率，加速西瓜瓤色性状的选育。加速西瓜瓤色性状的选育。

【技术实现步骤摘要】
用于检测西瓜红/黄瓤色性状的KASP标记引物组合及其应用


[0001]本专利技术属于分子生物学领域，具体涉及一种用于检测西瓜红/黄瓤色的KASP(Kompetitive Allele
‑
Specific PCR，即竞争性等位基因特异性PCR)标记引物组合及其应用。

技术介绍

[0002]西瓜(Citrullus lanatus(Thunb.)Matsum.et Nakai)是葫芦科西瓜属西瓜种一年生蔓生草本植物。西瓜果实瓤色是现代栽培西瓜中重要的农艺性状之一，主要表现为红色、粉色、橙色、黄色等，带给消费者强烈的视觉印象。普通栽培西瓜的果肉颜色大部分为红色或粉红色，而野生型西瓜果肉多数呈现白色或者淡黄色，而类胡萝卜素的组成和含量的多样性是西瓜果实呈现各种绚丽颜色的主要原因。控制类胡萝卜素的合成将与西瓜果肉的颜色有密不可分的关系，因此通过对相关基因的分析可以预测西瓜果实瓤色，从而辅助西瓜育种过程。目前常用的分子标记方法有CAPS、dCAPS、SSR、RFLP等，这些技术都需要进行酶切或者电泳验证，时间长、费用高、过程繁琐，造成这些标记在分子育种方面的应用具有一定的局限性。而KASP标记技术能够检测出1bp的差异，非常准确且简便，能够在短时间内完成大量检测，在应用上具有较高的优势。

技术实现思路

[0003]为了解决现有技术中存在的上述问题，本专利技术提供了一种用于检测西瓜红/黄瓤色性状的KASP标记引物组合及其应用,并达到以下专利技术目的：通过KASP标记引物组合检测西瓜红/黄瓤色性状，大大缩短检测时间，并达到精准育种的目的。
[0004]为实现以上专利技术目的，采用的技术方案如下：
[0005]用于检测西瓜红/黄瓤色性状的KASP标记引物组合，所述西瓜红/黄瓤色性状的控制基因为RYC基因，所述KASP标记引物组合包括如下三条引物：
[0006]上游引物1的核心序列：
[0007]5'
‑
gccattgttcttgatgccactggcg
‑
3'；
[0008]上游引物2的核心序列：
[0009]5'
‑
gccattgttcttgatgccactggct
‑
3'；
[0010]下游引物的序列；
[0011]5'
‑
ccacctcagctaaaatcccataagctacc
‑
3'。
[0012]所述KASP标记引物组合的三条引物为：
[0013]上游引物1的序列：
[0014]5'
‑
gaaggtgaccaagttcatgctgccattgttcttgatgccactggcg
‑
3'；
[0015]上游引物2的序列：
[0016]5'
‑
gaaggtcggagtcaacggattgccattgttcttgatgccactggct
‑
3'；
[0017]下游引物的序列：
[0018]5'
‑
ccacctcagctaaaatcccataagctacc
‑
3'。
[0019]用于检测西瓜红/黄瓤色性状的KASP标记引物组合的应用，采用KASP标记引物组合进行检测西瓜红/黄瓤色性状，包括以下几个步骤：
[0020](1)提取待测西瓜品种基因组DNA；
[0021](2)使用含有检测西瓜红/黄瓤色性状的KASP标记引物对西瓜基因组DNA进行PCR扩增；
[0022](3)根据PCR荧光信号的差异，利用软件进行分析，进而鉴别出每个待测西瓜的基因型，即鉴定出属于纯合GG、TT，杂合GT基因型的西瓜品种。
[0023]所述PCR扩增：采用的PCR反应体系为：20
‑
100ng/μL西瓜基因组DNA 2.5μL，KASP Master Mix 2.5μL，Primer mix0.075μL，共5.075μL。
[0024]所述Primer mix：将上游引物1、上游引物2、下游引物分别用ddH2O稀释到50μM后，再将上游引物1、上游引物2、下游引物按照1:1:3的摩尔浓度比例混合。
[0025]所述PCR扩增反应的反应程序为：95℃预变性10min；95℃15s；61℃45s，共10个循环，每个循环降0.6℃；95℃15s，55℃1min，共34个循环。
[0026]用于检测西瓜红/黄瓤色性状的KASP标记引物组合的应用，所述应用：培育具有西瓜黄瓤色性状的新植株。包括以下步骤：
[0027]步骤1、以受体亲本P1，与供体亲本P2配制F1代杂交组合；再以受体亲本P1作为轮回亲本进行回交，获得BC1F1代回交分离群体；
[0028]步骤2、对所述BC1F1代回交分离群体，采用KASP标记引物组合进行检测西瓜红/黄瓤色性状的方法进行基因型检测，选取基因型为TT的单株继续回交，获得BC2F1代回交分离群体；
[0029]步骤3、对所述BC2F1代回交分离群体，采用KASP标记引物组合进行检测西瓜红/黄瓤色性状的方法进行基因型检测，选取基因型为TT的单株，继续回交n代，获得BCnF1代回交分离群体，所述n为3
‑
8；优选的，n为4。
[0030]步骤4、对BCnF1代回交分离群体，采用KASP标记引物组合进行检测西瓜红/黄瓤色性状的方法进行基因型检测，选取基因型为TT的单株自交。
[0031]本专利技术的有益效果如下：
[0032]1、应用本专利技术提供的用于检测西瓜红/黄瓤色的KASP标记引物组合，进行西瓜红/黄瓤色性状的检测，操作流程简便、用时短，降低了人为误差，分析通量高，非常适合大量样品同时检测。能够检测出1bp的差异，非常准确且简便，能够在短时间内完成大量检测，具有较高的优势。采用传统的分子检测方法检测西瓜苗株的西瓜红/黄瓤色的性状需要五六个小时，而通过本专利技术方法仅需要一个半小时。
[0033]2、本专利技术提供的用于检测西瓜红/黄瓤色性状的KASP标记引物组合应用于西瓜红/黄瓤色新品种的转育，可以大大节约时间和人工成本，提高分子标记辅助选择的育种效率，加速西瓜育种的进程。
附图说明
[0034]附图1实施例2中的等位基因判别图；图中，蓝色圆点代表该位点是纯合基因型GG；红色圆点代表该位点是纯合基因型TT；绿色圆点代表该位点是杂合基因型GT；
[0035]附图2实验1中检测结果为蓝色圆点代表的西瓜样本DNA测序结果；
[0036]附图3实验1中检测结果为绿色圆点代表的西瓜样本DNA测序结果；
[0037]附图4实验1中检测结果为红色圆点代表的西瓜样本DNA测序结果。
具体实施方式
[0038]为使本专利技术的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将对本专利技术的实施方式作进一步地详细描述。应当理解的是，此处所描述的具体实施方式仅用于说明本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于检测西瓜红/黄瓤色性状的KASP标记引物组合，其特征在于：所述西瓜红/黄瓤色性状的控制基因为RYC基因，所述KASP标记引物组合包括如下三条引物：上游引物1的核心序列：5'
‑
gccattgttcttgatgccactggcg
‑
3'；上游引物2的核心序列：5'
‑
gccattgttcttgatgccactggct
‑
3'；下游引物的序列；5'
‑
ccacctcagctaaaatcccataagctacc
‑
3'。2.根据权利要求1所述的用于检测西瓜红/黄瓤色性状的KASP标记引物组合，其特征在于：所述KASP标记引物组合包括如下三条引物：上游引物1的序列：5'
‑
gaaggtgaccaagttcatgctgccattgttcttgatgccactggcg
‑
3'；上游引物2的序列：5'
‑
gaaggtcggagtcaacggattgccattgttcttgatgccactggct
‑
3'；下游引物的序列：5'
‑
ccacctcagctaaaatcccataagctacc
‑
3'。3.用于检测西瓜红/黄瓤色性状的KASP标记引物组合的应用，其特征在于：所述应用：采用KASP标记引物组合进行检测西瓜红/黄瓤色性状，包括以下步骤：(1)提取待测西瓜品种基因组DNA；(2)使用含有检测西瓜红/黄瓤色性状的KASP标记引物对西瓜基因组DNA进行PCR扩增；(3)根据PCR荧光信号的差异，利用软件进行分析，进而鉴别出每个待测西瓜的基因型，即鉴定出属于纯合GG、TT，杂合GT基因型的西瓜品种。4.根据权利要求3所述的用于检测西瓜红/黄瓤色性状的KASP标记引物组合的应用，其特征在于：所述PCR扩增...

【专利技术属性】
技术研发人员：金炳奎，王昌盛，刘金宝，王海艳，曹亚婕，由守昌，杨猛，
申请(专利权)人：优奈尔生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：