一种可预示和鉴定西瓜果形以及畸形果的分子标记及应用制造技术

本发明专利技术提供了一种可预示和鉴定西瓜果形及畸形果的分子标记及应用，属于生物技术领域。所述分子标记位于西瓜第三号染色体上的IQD基因中的两个位点，所述两个位点其中之一是在IQD基因中的1179位上的碱基对，所述两个位点其中另外一个为IQD基因内的159 bp碱基是否缺失，本发明专利技术还公开了一种可预示和鉴定西瓜果形及畸形果的分子标记扩增引物以及方法及其应用。本发明专利技术利用该分子标记能够在苗期准确快速的鉴定出西瓜果实形状以及是否畸形，具有检测方便、扩增产物稳定的优点。扩增产物稳定的优点。扩增产物稳定的优点。

【技术实现步骤摘要】
一种可预示和鉴定西瓜果形以及畸形果的分子标记及应用


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及一种可预示和鉴定西瓜果形以及畸形果的分子标记及应用。

技术介绍

[0002]水果是人类饮食所需营养和矿物质的重要来源。果实在植物物种的进化和适应中发挥了重要作用，正如它们丰富多样的形态所暗示的那样。在众多与果实相关的特征中，果实形状是一种重要的园艺性状，是育种感官评价的一个参数。水果的大小和形状决定了产量、消费者偏好、包装和运输。西瓜[Citrullus lanatus(Thunb .) Matsum&Nadai]是重要的葫芦科一年生作物，是世界上一种重要的园艺经济作物，占世界蔬菜生产面积的7％。西瓜的遗传多样性较为丰富，不同的种质资源之间存在着较多的性状差异，从分子水平上对这些性状进行分析有助于西瓜遗传基础的研究。
[0003]分子标记辅助选择是随着现代分子生物学技术的迅速发展而产生的新技术,它可以从分子水平上快速准确地分析个体的遗传组成,从而实现对基因型的直接选择,进行分子育种。分子标记辅助选择成功的关键在于所获得的分子标记是否与待分析的性状相连锁以及是否在同一物种的不同材料间具有通用性。
[0004]西瓜果实形状可分为椭圆形、高圆形、圆形三种，同时由于营养、环境等因素，一些品种容易出现畸形果，从而导致商品性大大降低。在先前已对甜瓜、西瓜和黄瓜的果实形状性状进行了深入的遗传学研究。对于瓜果形状，至少构建了5个遗传图谱，共检测到42个QTL，其R2值范围为10.0% ~ 52.2%。在西瓜中，从五个遗传图谱中检测到至少13个果实形状的QTL，三个主要QTL位于Chr3和11。其中一个主要的QTL（fsi3.1）与SUN基因的同源物（Cla011257）高度相关。该SUN同源物被报道为西瓜果实形状指数（FSI）性状的候选基因。
[0005]以上研究只能区分出高圆形瓜与其他形状，未能找到与高圆形瓜、椭圆形瓜、圆形瓜紧密连锁的分子标记，并且也没有办法鉴别出畸形瓜。

技术实现思路

[0006]本申请通过提供了一种可预示和鉴定西瓜果形及畸形果的分子标记，可以在在幼苗时期能够预判和鉴定西瓜果形以及畸形瓜，提高西瓜果实选育的准确率以及加快选育过程。
[0007]鉴于上述问题，本申请提供了一种可预示和鉴定西瓜果形以及畸形果的分子标记及应用。
[0008]首先本专利技术目的一，为了能检测出西瓜果形以及畸形果，利用分子标记加快选择育种的过程。
[0009]本专利技术解决上述技术问题方案如下，一种可预示和鉴定西瓜果形及畸形果的分子标记，其特征在于，所述分子标记位于西瓜第三号染色体上的IQD基因中的两个位点。所述两个位点其中之一是在IQD基因中的1179位上的碱基对，纯合碱基AA关联椭圆形果形，基因
型用AA表示；纯合碱基GG关联圆形果形，基因型用aa表示；杂合碱基AG关联高圆果形，基因型用Aa表示。所述两个位点其中另外一个为IQD基因内的159 bp碱基是否缺失，IQD基因内159 bp缺失，基因型用CC表示，关联西瓜畸形果表型；而IQD基因内的159 bp碱基的未缺失，基因型用cc表示，关联西瓜正常果形表型。C基因影响A基因的表达，即植株基因组中存在显性C基因时，无论控制果实形状的基因为何种基因型，果实均为畸形果；只有cc基因存在时，AA、Aa和aa基因型的品种才能够表现出相应的表现型。
[0010]其次本专利技术目的二，一种用于鉴定西瓜果实形状以及畸形果的PCR扩增引物。本专利技术的PCR扩增引物，特异性强，用于鉴定西瓜果实形状及畸形果，并且在鉴定过程中灵敏度高，不受环境因素的影响，可精确用于西瓜果实形状的鉴定，还能尽早筛查出畸形果，提高果实的美观性，广泛应用于育种过程中。
[0011]本专利技术解决上述技术问题方案如下，一种可预示和鉴定西瓜果形及畸形果的分子标记，其特征在于，所述分子标记的扩增引物分为上游引物和下游引物，所述上游引物为IQD
‑
F：5'
‑
TTTGTCATTACTGTTTTCGTTTGCT
‑
3'，所述下游引物为IQD
‑
R：5'
‑
TCCACTAAGACTACTTCTCGATTCCATGAAT
‑
3'。
[0012]本专利技术目的三，是提供一种用于鉴定西瓜果实形状及畸形果的方法。本专利技术的用于鉴定西瓜果实形状及畸形果的方法，采用上述PCR扩增引物，对需要待鉴定的植株DNA进行PCR扩增，通过扩增片段的大小即能鉴定出西瓜果实的形状，该方法适用于西瓜各个时期对果实形状的鉴定，并且准确性高，方便快捷。
[0013]本专利技术解决上述技术问题的技术方案如下：一种鉴定西瓜果形及畸形果的方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)提取西瓜基因组DNA；(2)PCR扩增：利用权利要求2所述的PCR扩增引物对，对待测样品进行PCR扩增以及限制性内切酶酶切反应；(3)对PCR扩增产物进行凝胶电泳检测，在622 bp条带对应为椭圆形果，在590 bp条带对应为圆形果，在431 bp有条带为畸形果。
[0014]优选的在上述（2）中所述PCR扩增的反应体系为：20 ~ 100 ng
·
μL
‑1西瓜基因组DNA 1 μL，2.5 μM上下游引物各1 μL，2
ꢀ×ꢀ
Taq Master Mix 5 μL，ddH2O23 μL，总体积10 μL。
[0015]优选的在上述（2）中所述PCR扩增的反应程序为：阶段1：94℃ 5 min；阶段2：94℃ 20 s，63℃ 20 s，72℃ 30 s，共35次循环；阶段3：72℃ 5 min；阶段4：4℃ ∞。
[0016]限制性内切酶EcoRⅠ的酶切体系：PCR产物10 μL，10
ꢀ×
EcoR
Ⅰꢀ
buffer 1.5 μL，EcoR
Ⅰꢀ
0.5 μL，ddH2O 3 μL。
[0017]酶切的反应程序为：37℃ 4 h。
[0018]本专利技术的目的之四，是提供上述一种可预示和鉴定西瓜果形及畸形果的分子标记的应用。本专利技术的用于鉴定西瓜果实形状以及提前鉴定出畸形果。可以在苗期即可筛选出所需要的植株，以及剔除畸形果的瓜苗，不仅减少了育种过程中的占地面积，同时也减少了
果实成熟期鉴定所需的人力物力，大大提高育种的效率。
[0019]本专利技术的有益效果：(1)本专利技术分子标记的基因，是基于候选基因开发出来的与果实形状以及畸形果紧密相连的分子，利用该标记能够在苗期准确快速的鉴定出西瓜果实形状以及畸形果，通过其在育种进程中的运用可以大大加快西瓜果实形状选择育种的进程，具有检测方便、扩增产物稳定的优点。
[0020](2)本专利技术的PCR扩增引物组合，特异性强，只能够用于鉴定西瓜果实形状以及畸形果，并且在鉴定过程中灵敏度高，不受环境因素的影响，可广泛应用于西瓜果实形状的鉴定，并且可在育种过程中广泛应用本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种可预示和鉴定西瓜果形及畸形果的分子标记，其特征在于，所述分子标记位于西瓜第三号染色体上的IQD基因中的两个位点,所述两个位点其中之一是在IQD基因中的1179位上的碱基对，纯合碱基AA关联椭圆形果形，基因型用AA表示；纯合碱基GG关联圆形果形，基因型用aa表示；杂合碱基AG关联高圆果形，基因型用Aa表示,所述两个位点中另外一个为IQD基因内的159 bp碱基是否缺失，IQD基因内159 bp缺失，基因型用CC表示，关联西瓜畸形果表型；而IQD基因内的159 bp碱基的未缺失，基因型用cc表示，关联西瓜正常果形表型,C基因影响A基因的表达，即植株基因组中存在显性C基因时，无论控制果实形状的基因为何种基因型，果实均为畸形果；只有cc基因存在时，AA、Aa和aa基因型的品种才能够表现出相应的表现型。2.根据权利要求1所述的一种可预示和鉴定西瓜果形及畸形果的分子标记，其特征在于，所述分子标记的扩增引物分为上游引物和下游引物;所述上游引物为IQD
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F：5'
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TTTGTCATTACTGTTTTCGTTTGCT
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3'；所述下游引物为IQD
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R：5'
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TCCACTAAGACTACTTCTCGATTCCATGAAT
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3'。3.一种鉴定西瓜果形及畸形果的方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)提取西瓜基因组DNA；(2)P...

【专利技术属性】
技术研发人员：王昌盛，金炳奎，王海艳，刘金宝，邵佳丽，张云玲，纪欢欢，刘青，曹亚婕，战风娇，
申请(专利权)人：优奈尔生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：