用于检测西瓜矮化性状的KASP标记引物组合及其应用制造技术

本发明专利技术属于分子生物学领域，提供了用于检测西瓜矮化性状的KASP标记引物组合及其应用。用于检测西瓜矮化性状的KASP标记引物组合包括如下三条引物：上游引物1、上游引物2和下游引物。本发明专利技术还提供了用于检测西瓜矮化性状的KASP标记引物组合的应用，采用本发明专利技术提供的引物组合进行西瓜矮化基因型的检测，操作流程简便，降低了人为误差，分析通量高；应用于西瓜矮化基因的转育，可以大大节约时间和人工成本，提高分子标记辅助选择的育种效率，加速西瓜矮化性状的选育。化性状的选育。

【技术实现步骤摘要】
用于检测西瓜矮化性状的KASP标记引物组合及其应用


[0001]本专利技术属于分子生物学领域，具体涉及用于检测西瓜矮化性状的KASP(Kompetitive Allele
‑
Specific PCR，即竞争性等位基因特异性PCR)标记引物组合及其应用。

技术介绍

[0002]西瓜(Citrulluslanatus(Thunb.)Matsum.et Nakai)是葫芦科西瓜属西瓜种一年生蔓生草本植物。矮化性状是西瓜种植中一项非常重要的特性，因为在许多作物中，高度降低与抗倒伏、增加经济库大小和稳定产量增加有关。许多控制植物高度的基因已经在葫芦科植物中被鉴定和定位。分子标记在作物育种中具有非常重要的作用，可以在幼苗时期对植株进行性状的鉴定，能够精细的挑选具有所需性状的亲本，从而达到精准育种的目的。目前常用的分子标记方法有CAPS、dCAPS、SSR、RFLP等，这些技术都需要进行酶切或者电泳验证，时间长、费用高、过程繁琐，造成这些标记在分子育种方面的应用具有较大局限性。

技术实现思路

[0003]针对现有技术中存在的上述问题，本专利技术提供用于检测西瓜矮化性状的KASP标记引物组合及其应用，并达到以下专利技术目的：通过KASP标记引物组合检测西瓜矮化性状，大大缩短检测时间，并达到精准育种的目的。
[0004]为实现以上专利技术目的，采用的技术方案如下：
[0005]用于检测西瓜矮化性状的KASP标记引物组合，所述西瓜矮化基因为Dwarf基因，所述KASP标记核心引物组合包括如下三条引物：
[0006]上游引物1的核心序列：
[0007]5'
‑
tatgcttatactctcactggactta
‑
3'；
[0008]上游引物2的核心序列：
[0009]5'
‑
tatgcttatactctcactggacttc
‑
3'；
[0010]下游引物的序列：
[0011]5'
‑
gcaattatgccagcattggcataggattc
‑
3'。
[0012]用于检测西瓜矮化的KASP标记引物组合，所述西瓜矮化基因为Dwarf基因，所述KASP标记引物组合包括如下三条引物：
[0013]上游引物1的序列：5'
‑
gaaggtgaccaagttcatgcttatgcttatactctcactggactta
‑
3'；
[0014]上游引物2的序列：5'
‑
gaaggtcggagtcaacggatttatgcttatactctcactggacttc
‑
3'；
[0015]下游引物的序列：5'
‑
gcaattatgccagcattggcataggattc
‑
3'。
[0016]用于检测西瓜矮化性状的KASP标记引物组合的应用，所述应用：采用KASP标记引物组合进行PCR检测西瓜矮化性状，包括以下步骤：
[0017](1)提取待测西瓜品种基因组DNA；
[0018](2)使用KASP标记引物组合对西瓜基因组DNA进行PCR扩增；
[0019](3)根据PCR荧光信号的差异，利用软件进行分析，进而鉴别出每个待测西瓜的基因型，即鉴定出属于纯合AA、CC，杂合AC基因型的西瓜品种。
[0020]所述PCR扩增：采用的PCR反应体系为：20
‑
100ng/μL西瓜基因组DNA 2.5μL，KASP Master Mix 2.5μL，Primer mix 0.075μL，共5.075μL。
[0021]所述Primer mix：将引物上游引物1、上游引物2、下游引物分别用ddH2O稀释到50μM后，再将上游引物1、上游引物2、下游引物按照1:1:3的摩尔浓度比例混合。
[0022]所述PCR扩增：采用的反应程序为：95℃预变性10min；95℃15s，61℃45s，共10个循环，每个循环降0.6℃；95℃15s，55℃1min，共34个循环。
[0023]用于检测西瓜矮化性状的KASP标记引物组合的应用，所述应用：培育具有西瓜矮化性状的新植株；包括以下步骤：
[0024]步骤1、以受体亲本P1，与供体亲本P2配制F1代杂交组合；再以受体亲本P1作为轮回亲本进行回交，获得BC1F1代回交分离群体；
[0025]步骤2、对所述BC1F1代回交分离群体，采用KASP标记引物组合进行PCR检测西瓜矮化性状的方法进行基因型检测，选取基因型为AC的单株继续回交，获得BC2F1代回交分离群体；
[0026]步骤3、对所述BC2F1代回交分离群体，采用KASP标记引物组合进行PCR检测西瓜矮化性状的方法进行基因型检测，选取基因型为AC的单株，继续回交n代，获得BCnF1代回交分离群体；所述n为3
‑
8的整数，优选为4。
[0027]步骤4、对BCnF1代回交分离群体，采用KASP标记引物组合进行PCR检测西瓜矮化性状的方法进行基因型检测，选取基因型为AC的单株自交，获得亲本P1品种的纯合矮化株系。
[0028]本专利技术的有益效果如下：
[0029]1、应用本专利技术提供的用于检测西瓜矮化的KASP标记引物组合，进行西瓜矮化性状的检测，操作流程简便、用时短，降低了人为误差，分析通量高，非常适合大量样品同时检测。能够检测出1bp的差异，非常准确且简便，能够在短时间内完成大量检测，具有较高的优势。采用传统的分子检测方法需要五六个小时，通过性状进行筛选需要一到两个月，而通过本专利技术方法仅需要一个半小时。
[0030]2、本专利技术提供的用于检测西瓜矮化性状的KASP标记引物组合应用于西瓜矮化新品种的转育，可以大大节约时间和人工成本，提高分子标记辅助选择的育种效率，加速西瓜育种的进程。
附图说明
[0031]附图1实施例2中的等位基因判别图；图中，蓝色圆点代表该位点是纯合基因型AA；红色圆点代表该位点是纯合基因型CC；绿色圆点代表该位点是杂合基因型AC；
[0032]附图2实验1中检测结果为蓝色圆点代表的西瓜样本DNA测序结果；
[0033]附图3实验1中检测结果为红色圆点代表的西瓜样本DNA测序结果；
[0034]附图4实验1中检测结果为绿色圆点代表的西瓜样本DNA测序结果。
具体实施方式
[0035]为使本专利技术的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将对本专利技术的实施方式作进
一步地详细描述。应当理解的是，此处所描述的具体实施方式仅用于说明和解释本专利技术，并不用于限制本专利技术。
[0036]实施例1、用于检测西瓜矮化性状的KASP标记引物组合
[0037]设计与西瓜矮化性状有关的分子标记DWARF，具体采用下述方法获得：
[0038]1)比较矮化西瓜植株和非矮化西本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于检测西瓜矮化性状的KASP标记引物组合，其特征在于：所述西瓜矮化性状的控制基因为Dwarf基因；所述KASP标记引物组合包括如下三条引物：上游引物1的核心序列：5'
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tatgcttatactctcactggactta
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3'；上游引物2的核心序列：5'
‑
tatgcttatactctcactggacttc
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3'；下游引物的序列：5'
‑
gcaattatgccagcattggcataggattc
‑
3'。2.根据权利要求1所述的用于检测西瓜矮化性状的KASP标记引物组合，其特征在于：所述KASP标记引物组合包括如下三条引物：上游引物1的序列：5'
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gaaggtgaccaagttcatgcttatgcttatactctcactggactta
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3'；上游引物2的序列：5'
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gaaggtcggagtcaacggatttatgcttatactctcactggacttc
‑
3'；下游引物的序列：5'
‑
gcaattatgccagcattggcataggattc
‑
3'。3.用于检测西瓜矮化性状的KASP标记引物组合的应用，其特征在于：所述应用：采用KASP标记引物组合进行PCR检测西瓜矮化性状，包括以下步骤：(1)提取待测西瓜品种基因组DNA；(2)使用KASP标记引物组合对西瓜基因组DNA进行PCR扩增；(3)根据PCR荧光信号的差异，利用软件进行分析，进而鉴别出每个待测西瓜的基因型，即鉴定出属于纯合AA、CC，杂合AC基因型的西瓜品种。4.根据权利要求3所述的用于检测西瓜矮化性状的KASP标记引物组合的应用，其特征在于：所述PCR扩增：采用的PCR反应体系为：20

【专利技术属性】
技术研发人员：金炳奎，刘金宝，王海艳，王昌盛，由守昌，杨猛，
申请(专利权)人：优奈尔生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：