一种肺鳞癌患者总体生存率预后模型及应用制造技术

本发明专利技术公开了一种肺鳞癌患者总体生存率预后模型及应用，属于生物工程及肿瘤标志物技术领域。本发明专利技术一种肺鳞癌患者总体生存率预后模型，通过检测肺鳞癌患者的数据样品中4种EMT相关基因的表达水平进行风险评分：风险评分＝(0.000133*SNAI1的表达水平)+(0.007990*SMAD7的表达水平)+(0.003889*BMP2的表达水平)+(0.007473*RGS3的表达水平)。本发明专利技术提供获取多个肺鳞癌患者和多个参考人的转录谱表达数据，基于多个肺鳞癌患者和多个参考人的转录谱表达数据，筛选候选基因：基于候选基因，构建肺鳞癌患者总体生存率预后模型。本发明专利技术首次利用在LUSC中起重要作用的EMT相关基因构建预后评价模型，并在测试集中得到验证，预后模型具有精准全面的优点，在临床上可以为LUSC患者的临床治疗提供可靠依据。的临床治疗提供可靠依据。的临床治疗提供可靠依据。

【技术实现步骤摘要】
一种肺鳞癌患者总体生存率预后模型及应用


[0001]本专利技术属于生物工程及肿瘤标志物
，具体涉及一种肺鳞癌患者总体生存率预后模型及应用。

技术介绍

[0002]肺癌是世界上最常见的癌症(11.6％)，也是癌症死亡的主要原因(占癌症死亡总数的18.4％)。肺鳞状细胞癌(LUSC)是非小细胞肺癌(NSCLC)的常见病理类型，约占所有肺癌30％。LUSC通常发生在近端支气管和肺的肺门，并且更容易侵入较大血管。尽管在过去几十年中早期检测、靶向治疗和化疗方面的技术得到了显着改进，但LUSC患者的OS仍然很差。因此，迫切需要生物标志物和有效模型来预测LUSC的预后。
[0003]转移是肺鳞癌的主要特征，是约90％癌症患者死亡的主要原因。而上皮间质转化(EMT)已成为近年来经典的肿瘤转移理论，EMT发生后，细胞粘附减少，运动和侵袭能力增加，使肿瘤细胞从原发灶脱离并进入外周血管和淋巴系统，导致癌症转移和预后不良。它还具有促进肿瘤细胞恶性增殖、减少细胞凋亡和衰老、促进免疫抑制等作用。TGF
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种肺鳞癌患者总体生存率预后模型，其特征在于：所述模型基于4种EMT相关基因，分别为SNAI1，SMAD7，BMP2，RGS3。2.根据权利要求1所述的一种肺鳞癌患者总体生存率预后模型，其特征在于：所述预后模型通过检测肺鳞癌患者的数据样品中4种EMT相关基因的表达水平进行风险评分：风险评分＝(0.000133*SNAI1的表达水平)+(0.007990*SMAD7的表达水平)+(0.003889*BMP2的表达水平)+(0.007473*RGS3的表达水平)。3.一种如权利要求1所述的肺鳞癌患者总体生存率预后模型的构建方法，其特征在于：包括以下步骤：步骤1，获取多个肺鳞癌患者和多个参考人的转录谱表达数据：从基因表达综合数据库GEO和癌症基因组图谱数据库TCGA中下载标准化的RNA sequencing数据集和临床数据，所述RNAsequencing数据集作为训练集，通过归一化处理后，使用R包org.Hs.eg.db将其中探针转化为基因名，对于多个探针对应的基因选取平均表达值最大的探针，得到多个肺鳞癌患者和多个参考人的转录谱表达数据；步骤2，基于多个肺鳞癌患者和多个参考人的转录谱表达数据，筛选候选基因：从EMT基因数据库，以及分子特征数据库获取EMT相关基因，使用R包limma分析在肿瘤组织和正常组织中差异表达的ERRG，P<0.05且差异倍数的绝对值>0.32作为筛选差异基因的截止值；筛选同时具有生存时间>3月和生存状态的肺鳞癌癌患者，使用Cox回归分析和生存分析对差异基因对进行预后分析，P<0.05作为筛选预后相关基因的截止值；步骤3，基于候选基因，构建肺鳞癌患者总体生存率预后模型：使用初始候选ERRG，在训练集中进行最小绝对收缩和选择算子回归分析；确定用于构建所述肺鳞癌患者总体生存率预后模型的基因以及所述肺鳞癌患者总体生存率预后模型，使用每个基因的系数计算个体化...

【专利技术属性】
技术研发人员：李峰，王灿，李芸，宋婧妍，樊可奕，张双平，
申请(专利权)人：山西省肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：