【技术实现步骤摘要】
一种高通量中药及其代谢产物数据库LutMet
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TCM建立的方法和应用
[0001]本专利技术属于数据库建立
,涉及一种高通量中药及其代谢产物数据库LutMet
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TCM建立的方法和应用。
技术介绍
[0002]对中药代谢物的鉴定通常包括推断性鉴定和验证性鉴定,初步推断性鉴定是利用中药代谢物的一种或几种分子性质对其进行鉴定,而验证性鉴定则需要将这些性质与可靠的标准品相比较。实验测定的精确质量和质谱图常用于代谢物鉴定。目前研究中药代谢物的技术平台主要是核磁共振技术和质谱及其联用技术。质谱具有选择性高、检测限低等优点,同时与气相、液相、毛细管电泳等色谱分离技术有良好的兼容性,是代谢产物鉴定的理想工具,辅以功能强大的生物信息学工具以实现对数据的自动化分析。使代谢物的鉴别更为方便可行。
[0003]目前,中药天然产物研究常用的数据库有:TCM@Taiwan、CEMTDD、CHDD、ETCM、TM
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MC、TCMID以及YaTCM等。每个数据库收录的化合物数据量较大,在中草药、方剂及其成分分析过程中提供帮助。但这些数据库中天然产物的结构信息、质谱图等信息不完整而且并不是全部可公开获取到,这对于天然产物的研究具有一定的局限性。代谢途径常用的数据库有KEGG数据库,BioCyc数据库,Reactome数据库等,这些数据库功能范围较为广泛,涉及到基因组测序,基因组代谢以及代谢通路分析,而在关于中药代谢注释过程方面的数据库少之又少。目前对于中药代谢产物的研究数据还是来 ...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种高通量中药及其代谢产物数据库LutMet
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TCM建立的方法,其特征在于,包括以下步骤:步骤1,基于中药标准品及保留时间校正内标组建立包含保留时间、一级质谱信息、二级质谱信息的LC
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MS中药标准品高分辨质谱数据库;步骤2,通过体外孵育得到中药标准品的I,II相代谢产物样本,提取代谢产物的质谱信息;步骤3,基于所述LC
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MS中药标准品高分辨质谱数据库并根据代谢规则、反应类型库、反应位点库和打分注释到标准品的体外代谢过程,将代谢产物信息汇总形成代谢产物数据库;步骤4,将所述LC
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MS中药标准品高分辨质谱数据库与所述代谢产物数据库合并,得到中药代谢物数据库LutMet
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TCM。2.如权利要求1所述的高通量中药及其代谢产物数据库LutMet
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TCM建立的方法,其特征在于,所述LC
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MS中药标准品高分辨质谱数据库的建立包括以下子步骤:步骤11,通过HMDB、文献调研方式筛选常见且重要的代谢通路及代谢物,初步确定待购买的标准品列表,采购三千余种中药标准品,在排除每组中因有同分异构体而无法区分色谱峰的因素后,采用每15个中药标准品混为一组的方式上机检测以及用Python编写的脚本进行峰识别,峰提取得到中药标准品一级和二级质谱图,同位素峰,不同加和离子峰,保留时间在内的质谱信息;采用多成分的内标组来校正、减弱质谱仪器在不同批次混标上机时带来的保留时间偏移;步骤12,人工对脚本提取到的信息进行核对,进一步明确标准品的质谱信息;步骤13,对于未知保留时间和质谱信息的化合物通过构建天然产物结构库,并借助训练集以及QI软件预测功能对未知保留时间和质谱信息的化合物进行预测,丰富并补充LC
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MS中药标准品高分辨质谱数据库。3.如权利要求2所述的高通量中药及其代谢产物数据库LutMet
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TCM建立的方法,其特征在于,所述常见且重要的代谢通路及代谢物包括碳水化合物的代谢、脂质代谢、谷氨酰胺代谢、能量代谢、氨基酸代谢;在HMDB中主要选取以上代谢通路。4.如权利要求2所述的高通量中药及其代谢产物数据库LutMet
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TC...
【专利技术属性】
技术研发人员:张甜甜,杨孝德,张子健,胡哲,彭章晓,付艳蕾,舒烈波,
申请(专利权)人:上海鹿明生物科技有限公司,
类型:发明
国别省市:
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