一种水稻淀粉合酶基因SSⅡ的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种水稻淀粉合酶基因SSⅡ的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记位于日本晴6号染色体6752887位的碱基处，多态性为T/G。本发明专利技术利用水稻淀粉合酶基因SSⅡ的SNP分子标记，结合KASP检测技术，解决传统分子标记辅助育种中的技术问题，无需琼脂糖凝胶电泳，可快速、准确、高效、高通量的鉴定SSⅡ基因，可以实现水稻高碱消值(低糊化温度)种质资源的快速筛选，也可以用于水稻品种碱消值(糊化温度)的分子标记辅助选择育种和定向改良，具有重大的商业价值。重大的商业价值。

【技术实现步骤摘要】
一种水稻淀粉合酶基因SSⅡ的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术属于农业分子生物学领域，具体涉及一种水稻淀粉合酶基因SSⅡ的SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]糊化温度是评价水稻蒸煮品质的重要指标，水稻淀粉合酶Ⅱ基因(starch synthaseⅡ,SSⅡ)是控制直链淀粉合成的主效基因，编码可溶性淀粉合酶Ⅱ，SSⅡ基因编码区内的碱基替换可引起支链淀粉晶体层结构的改变，从而导致糊化温度的变化。由于糊化温度直接进行测定设备和技术的要求高，在稻米品质分析鉴定中是以稻米的碱消值(alkali spread value,ASV)作为糊化温度的判定依据，碱消值越高则糊化温度越低。食用稻品种品质行标(NYT 593
‑
2021)要求优质食用稻品种的碱消值≥5.0，而优I、优II的碱消值需6.0及以上。
[0003]水稻育种中常运用水稻淀粉合酶SSⅡ基因来改良稻米品质，常规的水稻育种是需要通过表型鉴定进行育种选择，碱消值表型需要等植株成熟后用米粒后进行测定，等待周期长且鉴定实验流程繁琐，选择效率较低，而利用SSⅡ基因分子标记辅助选择可在水稻苗期至成熟期的整个生长过程中检测基因型，从而缩短选育周期，提高育种效率。

技术实现思路

[0004]本专利技术旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术提出一种水稻淀粉合酶基因SSⅡ的SNP分子标记。
[0005]本专利技术还提出用于检测上述SNP分子标记的引物组。
[0006]本专利技术还提出一种试剂盒。
[0007]本专利技术还提出一种基因芯片。
[0008]本专利技术还提出上述SNP分子标记、引物组、试剂盒和/或基因芯片的应用。
[0009]本专利技术还提出上述SNP分子标记的检测方法。
[0010]根据本专利技术的第一方面实施方式的一种水稻淀粉合酶基因SSⅡ的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于日本晴6号染色体6752887位的碱基处，多态性为T/G。
[0011]根据本专利技术第二方面实施方式的用于扩增上述SNP分子标记的引物组，所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物序列包括Primer X和Primer Y。
[0012]在本专利技术的一些实施方式中，所述特异性引物包括如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。
[0013]根据本专利技术的一些实施方式，所述SNP分子标记还包括核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的通用引物序列。
[0014]在本专利技术的一些实施方式中，所述特异性引物分别连接FAM和HEX荧光接头序列。
[0015]在本专利技术的一些实施方式中，所述引物组在水稻基因型检测中的应用。
[0016]根据本专利技术第三方面实施方式，提供了一种试剂盒，所述试剂盒包括上述引物组。
[0017]根据本专利技术第四方面实施方式，提供了一种基因芯片，所述基因芯片包括上述引物组。
[0018]根据本专利技术的第五方面实施方式，上述SNP分子标记、引物组、试剂盒或基因芯片的以下任一应用：
[0019](1)在鉴定或辅助鉴定待测水稻淀粉合酶基因SSⅡ中的应用；
[0020](2)在鉴定或辅助鉴定待测水稻碱消值的产品中的应用；
[0021](3)在辅助鉴别具有不同稻米糊化温度的水稻中的应用；
[0022](4)在水稻育种中的应用；
[0023](5)在制备水稻育种的产品中的应用。
[0024]根据本专利技术的第六方面实施方式，提出了利用上述SNP分子标记检测水稻碱消值的方法，所述方法包括以下步骤：
[0025]S1、从水稻中提取基因组DNA；
[0026]S2、对步骤S1中提取的基因组DNA进行所述SNP分子标记的多态性检测，根据基因型判定稻米碱消值。
[0027]在本专利技术的一些实施方式中，只检测到引物Primer X所对应的碱基，判定测试的水稻材料具有高消减值表型(ASV≥6)；若只检测到引物Primer Y所对应的碱基，判定测试的水稻材料具有低消减值表型(ASV＜6)；若同时检测到Primer X与Primer Y对应的碱基，则该测试的水稻材料为杂合基因型。
[0028]在本专利技术的一些实施方式中，优选地，步骤S1中，水稻中提取基因组DNA采用简化CTAB法(十六烷基三甲基溴化铵法)。
[0029]在本专利技术的一些实施方式中，优选地，步骤S2中，用KASP(竞争性等位基因特异性PCR)技术对SNP分子标记进行检测。
[0030]一种水稻育种方法，包括如下步骤：利用上述基因型的检测方法，选择具有高碱消值表型的水稻进行后续育种。
[0031]根据本专利技术的一些实施方式，至少具有如下有益效果：本专利技术利用水稻淀粉合酶基因SSⅡ的SNP分子标记，结合KASP检测技术，解决传统分子标记辅助育种中的技术问题，无需琼脂糖凝胶电泳，可快速、准确、高效、高通量的鉴定SSⅡ基因，可以实现水稻高碱消值(低糊化温度)种质资源的快速筛选，也可以用于水稻品种碱消值(糊化温度)的分子标记辅助选择育种和定向改良，具有重大的商业价值。
[0032]本专利技术的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本专利技术的实践了解到。
附图说明
[0033]下面结合附图和实施例对本专利技术做进一步的说明，其中：
[0034]图1为本专利技术实施例1中的分子标记开发流程图；
[0035]图2为本专利技术实施例1中的K_060593分子标记的分型结果图。
具体实施方式
[0036]以下将结合实施例对本专利技术的构思及产生的技术效果进行清楚、完整地描述，以
充分地理解本专利技术的目的、特征和效果。显然，所描述的实施例只是本专利技术的一部分实施例，而不是全部实施例，基于本专利技术的实施例，本领域的技术人员在不付出创造性劳动的前提下所获得的其他实施例，均属于本专利技术保护的范围。实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到的试剂和材料。
[0037]本专利技术实施例：一种水稻淀粉合酶基因SSⅡ的SNP分子标记
[0038]该分子标记的设计过程，如图1所示，根据水稻淀粉合成酶基因SSⅡ的研究结果，从NCBI网站(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)下载基因SSⅡ的相关DNA序列进行序列比对，得到多个候选SNP位点，针对这些位点用核心亲本材料进行KASP反应验证，挑选出能区分不同材料类型及扩增效果最优的SNP位点。提取SNP位点和侧翼序列，通过设计和合成标记的引物序列，再对标记进行筛选测试，具体如下：
[0039]1引物设计
[0040]根据水稻淀粉合成酶基因SSⅡ文献信息，从NCBI网站(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中筛选15条SSⅡ基因序列进行序列比对，挖掘与该基因连锁的SNP位点，发现基因组日本晴中第6号染色体本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种水稻淀粉合酶基因SSⅡ的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于日本晴6号染色体6752887位的碱基处，多态性为T/G。2.用于扩增如权利要求1所述的SNP分子标记的引物组。3.如权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组包括特异性引物，所述特异性引物包括如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。4.如权利要求3所述的引物组，其特征在于，所述特异性引物分别连接FAM和HEX荧光接头序列。5.如权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组还包括通用引物，所述通用引物核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。6.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括如权利要求2
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5任一项所述的引物组。7.一种基因芯片，其特征在于，所述基因芯片包括如权利要求2
‑
5任一...

【专利技术属性】
技术研发人员：彭佩，贾佩陇，吴云天，田冰川，唐顺学，
申请(专利权)人：华智生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：