多肽、组合物及其用于治疗或限制感染发展的用途制造技术

本文公开了多肽、其纳米颗粒、相关的纳米颗粒组合物及其用于治疗或限制感染发展的用途，所述多肽包含与选自由SEQ ID NO:1

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】多肽、组合物及其用于治疗或限制感染发展的用途
[0001]交叉引用
[0002]本申请要求2020年2月14日提交的美国临时申请序列号62/977,036、2020 年6月30日提交的美国临时申请序列号63/046,159和2020年8月11日提交的 美国临时申请序列号63/064,235的优先权；其各自通过引用整体并入本文。
[0003]联邦资助声明
[0004]本专利技术是根据美国国立卫生研究院授予的批准号HHSN272201700059C和 R01 GM120553在政府支持下进行。美国政府享有本专利技术的一定权利。
[0005]序列表声明：
[0006]序列表的计算机可读形式通过电子递交方式与本申请一同提交，并且通过 引用整体并入本申请中。序列列表包含在2021年2月11日创建的文件中，文 件名为“20
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1008
‑
PCT_SeqList_ST25.txt”并且大小为1077kb。

技术介绍

[0007]截止2020年1月，快速病毒分离和测序揭示，新出现的人畜共患病原体是 一种与SARS
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CoV紧密相关的冠状病毒，并且因此被命名为SARS
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CoV
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2。 SARS
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CoV
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2被认为起源于蝙蝠，这是基于从中菊头蝠(Rhinolophus affinis)中分 离出紧密相关的RaTG13病毒以及在马来菊头蝠(Rhinolophus malayanus)的宏基 因组学分析中鉴定出RmYN02基因组序列。

技术实现思路

[0008]在一个方面，本公开提供了包含与选自由SEQ ID NO:1
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84、138
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146和 167
‑
184组成的组中的氨基酸序列具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％同一性的氨基酸序列的多肽，其中X1不存在或是 氨基酸接头，并且其中括号中的残基是任选的并且可以存在，或者任选残基中 的一些或全部可以不存在。在各种具体实施方式中，所述多肽包含选自由SEQ ID NO:1
‑
12和142
‑
151组成的组中的氨基酸序列，包含由SEQ ID NO:1
‑
8组成的组 中的氨基酸序列，或者包含由SEQ ID NO:1或5组成的组中的氨基酸序列。在 另一个实施方式中，本公开提供了包含多个此类多肽的纳米颗粒。
[0009]在另一方面，本公开提供了纳米颗粒，其包含：
[0010](a)多个第一组件，每个第一组件包含多个相同的第一蛋白；和
[0011](b)多个第二组件，每个第二组件包含多个第二蛋白；
[0012]其中所述第一蛋白的氨基酸序列不同于所述第二蛋白的序列；其中所述多 个第一组件与所述多个第二组件非公价相互作用以形成所述纳米颗粒；并且其 中所述纳米颗粒在其表面上展示出存在于至少一个所述第二蛋白中的 SARS
‑
CoV
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2抗原或其变体或同源物的免疫原性部分。在一个实施方式中，所述 第二蛋白包含与选自由SEQ ID NO:85
‑
124或185
‑
193或由SEQ ID NO:85
‑
88组 成的组中的氨基酸序列具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少 99％或至少100％同一性的氨基酸序列，其中至少一个第二蛋白的X1包含 SARS
‑
CoV
‑
2抗原或其变体或同源物的免疫原性部分，X2不存在或是氨基酸接 头，并
且括号中的残基是任选的。在另一个实施方式中，至少20％、30％、40％、 50％、60％、70％、80％、90％或100％的所述第二蛋白中的X1包含与来自 SARS
‑
CoV
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2或其变体或同源物的刺突(S)蛋白细胞外结构域(ECD)氨基酸序列、 S1亚基氨基酸序列、S2亚基氨基酸序列、S1受体结合结构域(RBD)氨基酸序列 和/或N末端结构域(NTD)氨基酸序列具有至少75％、80％、85％、90％、91％、 92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％氨基酸序列同一性的 氨基酸序列。在另一个实施方式中，至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、 80％、90％或100％的所述第二蛋白中的X1包含与选自由SEQ ID NO:125
‑
137 组成的组中的氨基酸序列具有至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、 94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％氨基酸序列同一性的氨基酸序列。 在另一个实施方式中，所述第一蛋白包含与选自由SEQ ID NO:152
‑
159组成的 组中的氨基酸序列具有至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一性的氨基酸序列，其中括号中的残基 是任选的并且可以存在，或者任选残基中的一些或全部可以不存在。
[0013]在各种其他方面，本公开提供了包含多个本文公开的纳米颗粒的组合物， 编码本文公开的多肽的核酸分子诸如mRNA，包含可操作地连接至合适的控制 序列的本文公开的核酸分子的表达载体，包含本文公开的多肽、纳米颗粒、组 合物、核酸和/或表达载体的细胞，以及包含本文公开的多肽、纳米颗粒、组合 物、核酸、表达载体和/或细胞的药物组合物、试剂盒和疫苗。
[0014]在另一方面，本公开提供了治疗或限制SARS
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CoV
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2感染发展的方法，其 包括向有需要的受试者施用有效治疗或限制所述感染发展的量的本文公开的多 肽、纳米颗粒、组合物、核酸、药物组合物或疫苗。
附图说明
[0015]图1(A
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H).SARS
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CoV
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2RBD纳米颗粒免疫原的设计、体外组装和表征(A) 呈融合前构象(PDB 6VYB)的SARS
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CoV
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2S
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2P三聚体的分子表面表示。每个原 聚体都有不同的颜色，且N连接的聚糖呈深蓝色(基于PDB 6WPS对N343位置 处的聚糖进行建模，并且由PDB 6M0J对受体结合基序(RBM)进行建模)。单个 开放RBD用框标出。(B)包括位置331和343处的N连接的聚糖的SARS
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CoV
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2 S RBD的分子表面表示。ACE2受体结合位点或RBM用黑色轮廓指示。(C)三 聚体RBD
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I53
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50A(RBD呈浅蓝色并且I53
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50A呈浅灰色)和五聚体I53
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50B(橙 色)组分的结构模型。在体外混合时，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种多肽，其包含与选自由SEQ ID NO:1
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84、138
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146和167
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184组成的组中的氨基酸序列具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％同一性的氨基酸序列，其中X1不存在或是氨基酸接头，并且其中括号中的残基是任选的并且可以存在，或者任选残基中的一些或全部可以不存在。2.根据权利要求1所述的多肽，其包含选自由SEQ ID NO:1
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12和142
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151组成的组中的氨基酸序列。3.根据权利要求1所述的多肽，其包含选自由SEQ ID NO:1
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8组成的组中的氨基酸序列。4.根据权利要求1所述的多肽，其包含选自由SEQ ID NO:1
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4组成的组中的氨基酸序列。5.根据权利要求1所述的多肽，其包含选自由SEQ ID NO:5
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8组成的组中的氨基酸序列。6.根据权利要求1所述的多肽，其包含选自由SEQ ID NO:1和5组成的组中的氨基酸序列。7.根据权利要求1所述的多肽，其包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列。8.根据权利要求1所述的多肽，其包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列。9.一种纳米颗粒，其包含多个根据权利要求1
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8中任一项所述的多肽。10.一种纳米颗粒，其包含：(a)多个第一组件，每个第一组件包含多个相同的第一蛋白；和(b)多个第二组件，每个第二组件包含多个第二蛋白；其中所述第一蛋白的氨基酸序列不同于所述第二蛋白的序列；其中所述多个第一组件与所述多个第二组件非共价相互作用以形成所述纳米颗粒；并且其中所述纳米颗粒在其表面上展示出存在于至少一个所述第二蛋白中的SARS
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CoV
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2抗原或其变体或同源物的免疫原性部分。11.根据权利要求10所述的纳米颗粒，其中所述第二蛋白包含与选自由SEQ ID NO:85
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124或185
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193组成的组中的氨基酸序列具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％同一性的氨基酸序列，其中至少一个第二蛋白的X1包含SARS
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CoV
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2抗原或其变体或同源物的免疫原性部分，X2不存在或是氨基酸接头，并且括号中的残基是任选的。12.根据权利要求11所述的纳米颗粒，其中所述第二蛋白包含选自由SEQ ID NO:85
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88组成的组中的氨基酸序列。13.根据权利要求11所述的纳米颗粒，其中所述第二蛋白包含选自由SEQ ID NO:85
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86组成的组中的氨基酸序列。14.根据权利要求11所述的纳米颗粒，其中所述第二蛋白包含SEQ ID NO:85的氨基酸序列。15.根据权利要求11
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14中任一项所述的纳米颗粒，其中至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％的所述第二蛋白中的X1包含与来自SARS
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CoV
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2或其变体或同源物的刺突(S)蛋白细胞外结构域(ECD)氨基酸序列、S1亚基氨基酸序列、S2亚基氨基酸
序列、S1受体结合结构域(RBD)氨基酸序列和/或N末端结构域(NTD)氨基酸序列具有至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％氨基酸序列同一性的氨基酸序列。16.根据权利要求11
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15中任一项所述的纳米颗粒，其中至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％的所述第二蛋白中的X1包含与选自由SEQ ID NO:125
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137组成的组中的氨基酸序列具有至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％氨基酸序列同一性的氨基酸序列。17.根据权利要求11
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16中任一项所述的纳米颗粒，其中至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％的所述第二蛋白中的X1包含与SEQ ID NO:125的氨基酸序列具有至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％氨基酸序列同一性的氨基酸序列。18.根据权利要求17所述的纳米颗粒，其中：(a)至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％的所述第二蛋白中的X1在1、2、3、4、5、6、7或全部8个位置处包含相对于SEQ ID NO:125的选自由K90N、K90T、G119S、Y126F、T151I、E157K、E157A、S167P、N174Y和L125R组成的组中的突变，包括但不限于包含以下天然存在的突变之一或突变组合的突变：N174Y(UK变体)；K90N/E157K/N174Y(南非变体)；K90N或T/E157K/N174Y(巴西变体)；或L125R(LA变体)；或者(b)至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％的所述第二蛋白中的X1在1、2、3、4、5、6、7或全部8个位置处包含相对于SEQ ID NO:130的选自由L18F、T20N、P26S、残基69
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70的缺失、D80A、D138Y、R190S、D215G、K417N、K417T、G446S、L452R、Y453F、T478I、E484K、S494P、N501Y、A570D、D614G、H655Y、P681H、A701V、T716L组成的组中的突变，包括但不限于包含以下天然存在的突变之一或突变组合的突变：N501Y，任选地还包括残基69
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70中一者或两者的缺失、A570D、D614G、P681H和/或T716L中的1、2、3、4或5个(UK变体)；K417N/E484K/N501Y，任选地还包括L18F、D80A、D215G、D614G和/或A701V中的1、2、3、4或5个(南非变体)；K417N或T/E484K/N501Y，任选地还包括L18F、T20N、P26S、D138Y、R190S、D614G和/或H655Y中的1、2、3、4或5个(巴西变体)；或L452R(LA变体)。19.根据权利要求17所述的纳米颗粒，其中至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％的所述第二蛋白中的X1包含1、2、3或全部4个相对于SEQ ID NO:125的突变，所述突变选自由K90N、K90T、E157K和N174Y组成的组。20.根据权利要求11
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19中任一项所述的纳米颗粒，其中至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％的所述第二蛋白中的X1包含SEQ ID NO:125的氨基酸序列。21.根据权利要求11
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20中任一项所述的纳米颗粒，其中100％的所述第二蛋白中的X1包含SEQ ID NO:125的氨基酸序列，并且所有第二蛋白是相同的。
22.根据权利要求10
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21中任一项所述的纳米颗粒，其中所述多个第二组件总计包含2、3、4、5、6、7、8或更多个不同的SARS
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CoV
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2抗原。23.根据权利要求10
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22中任一项所述的纳米颗粒，其中所述多个第二组件总计包含2、3、4、5、6、7、8或更多个包含根据权利要求1
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8中任一项所述的多肽的氨基酸序列的多肽。24.根据权利要求10
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23中任一项所述的纳米颗粒，其中所有第二组件包含至少一个包含根据权利要求1
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8中任一项所述的多肽的氨基酸序列的第二蛋白。25.根据权利要求10
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24中任一项所述的纳米颗粒，其中所有第二蛋白包含根据权利要求1
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8中任一项所述的多肽的氨基酸序列。26.根据权利要求10
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25中任一项所述的纳米颗粒，其中所述第一蛋白包含与选自由SEQ ID NO:152
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159组成的组中的氨基酸序列具有至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一性的氨基酸序列，其中括号中的残基是任选的并且可以存在，或者任选残基中的一些或全部可以不存在。27.根据权利要求10
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26中任一项所述的纳米颗粒，其中所述第一蛋白包含与选自由SEQ ID NO:152
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159组成的组中的氨基酸序列具有至少85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一性的氨基酸序列。28.根据权利要求10
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27中任一项所述的纳米颗粒，其中所述第一蛋白包含SEQ ID NO:155的氨基酸序列。29.根据权利要求28所述的纳米颗粒，其中所述至少一个第二组件包含至少一个包含选自由SEQ ID NO:85
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88组成的组中的氨基酸序列的第二蛋白。30.根据权利要求28所述的纳米颗粒，其中所有第二组件包含至少一个...

【专利技术属性】
技术研发人员：N，
申请(专利权)人：华盛顿大学，
类型：发明
国别省市：