鉴别线鳢性别的分子标记、引物组、试剂盒及方法技术

本申请涉及线鳢性别检测技术领域，本申请公开了一种鉴别线鳢性别的分子标记、引物组、试剂盒及方法。该分子标记为线鳢雌雄差异的DNA序列，所述DNA序列如SEQ ID NO.1所示。该鉴定线鳢性别的方法包括：获得检线鳢的基因组DNA样苯，以该基因组DNA样本为模板进行PCR反应，并根据PCR反应产物的电泳图判断待检线鳢性别。本申请实施例提供的鉴别引物组、试剂盒及方法不受个体发育时期、环境的影响，性别鉴定简便快捷，对样品的要求低，鉴定结果准确性高，从而克服其他方法操作较繁琐、耗时较长等缺点，尤其适合于对大样本进行快速鉴定。尤其适合于对大样本进行快速鉴定。尤其适合于对大样本进行快速鉴定。

【技术实现步骤摘要】
鉴别线鳢性别的分子标记、引物组、试剂盒及方法


[0001]本申请涉及线鳢性别检测
，具体涉及鉴别线鳢性别的分子标记、引物组、试剂盒及方法。

技术介绍

[0002]线鳢(Channa striata)隶属于鲈形目(Perciformes)，攀鲈亚目(Anabantoidei)，鳢科(Channidae)，鳢属(Channa)，俗称泰国鳢、泰国鱼虎、虎斑雷龙，分布于我国华南地区、东南亚和南亚各国，是重要淡水经济鱼类之一，也是大型水族观赏鱼之一。线鳢生命力强、生长速度快、养殖当年即可上市，且肉多刺少、味道鲜美，深受养殖者和消费者的喜爱。在人工繁育及选择育种过程中，为了获得优质的苗种必须做好亲鱼的雌雄筛选，为了建立家系，必须能准确鉴定线鳢的性别。在养殖过程中，线鳢第一次性成熟需要两年时间，在性成熟前无法通过外观形态鉴定其性别，性成熟个体也只有在繁殖季节通过其所产配子类型才可准确鉴定其性别，极大限制了线鳢人工繁育和良种培育进程。
[0003]现有技术并未明确线鳢的性别决定机制，且未确定是否存在异形性别染色体，无法从细胞学角度鉴定其遗传性别。在线鳢胚胎和幼体阶段雌雄鱼形态上几乎没有区别，因此性成熟前的阶段无法通过外表形态鉴定其性别。这些问题的存在给育种、养殖及相关的遗传学基础研究带来很大的困扰，尤其是性别决定分子机制研究。因此，开发线鳢性别特异分子标记，建立快速鉴定线鳢遗传性别的分子方法是控制雌雄亲本性别比例、鉴定性染色体、研究性别决定和性染色体进化机制的重要手段，而且对开展单性育种与养殖从而提高鱼产量、增加水产养殖收益都有着非常重要的意义。

技术实现思路

[0004]本申请专利技术人通过线鳢基因组测序，雌、雄鱼重测序结合GWAS分析，筛选了线鳢雄性特异的DNA序列，并设计性别特异分子标记应用到线鳢遗传性别鉴定，利该分子标记能够对线鳢性别进行分子生物学方法准确分辨，且可以作为养殖场现场应用的线鳢遗传性别快速鉴定的分子学技术。为此，本申请实施例至少公开了以下技术方案：
[0005]第一方面，本申请实施例公开了一种线鳢雌雄差异的分子标记，所述分子标记为线鳢雌雄差异的DNA序列，所述DNA序列选自SEQ ID NO.1。
[0006]第二方面，本申请实施例公开了用于扩增第一方面所述的分子标记的引物组，所述引物组包括核苷酸序列如SEQ ID NO.2～3所示的DNA分子。
[0007]第三方面，本申请实施例公开了用于鉴别线鳢性别的试剂盒，包括第二方面所述的引物组。
[0008]第四方面，本申请实施例公开了一种鉴定线鳢性别的方法，其包括如下步骤：
[0009]获得待检线鳢的基因组DNA样本；
[0010]以所述基因组DNA样本为模板，采用如SEQ ID NO.2～3所示的引物组进行PCR反应；
[0011]对所得PCR反应产物以进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，并根据聚丙烯酰胺凝胶电泳图为依据判断：
[0012]若PCR反应产物中存在长度为257bp和长度为255bp的两条目标条带，则对应待检线鳢为雄性；
[0013]若PCR反应产物中仅存在一条长度为257bp的条目的条带，则对应待检线鳢为雌性。
[0014]与现有技术相比，本申请至少具有以下有益效果之一：
[0015]本申请实施例提供的鉴别引物组、试剂盒及方法能够以基因组DNA为模板，通过简单的PCR和电泳结果就能够对线鳢进行性别鉴定，在雄性个体中扩增出两条特异DNA条带(如SEQ ID NO.1所示)，而在雌性个体只能扩增出一条目的条带(如SEQ ID NO.1所示)，缩短了准确鉴定线鳢遗传性别的时间。检测方法适用于养殖场简易环境内线鳢遗传性别的鉴定，节约了检测时间和成本。本专利技术检测线鳢遗传性别的方法，对线鳢亲鱼繁育、家系建立及控制养殖群体的雌雄性别比例，推动线鳢养殖业可持续健康发展具有重要意义和应用价值。
[0016]本申请实施例提供的鉴别引物、试剂盒及方法不受个体发育时期、环境的影响，性别鉴定简便快捷，对样品的要求低，鉴定结果准确性高，从而克服其他方法操作较繁琐、耗时较长等缺点，尤其适合于对大样本进行快速鉴定。本申请实施例提供的鉴别引物、试剂盒及方法成本低、操作简单、快速、准确，并适合于推广应用。
附图说明
[0017]图1为本申请实施例提供的采用线鳢基因组测序、雌雄个体重测序结合性别GWAS分析结果。
[0018]图2为本申请实施例提供的采用引物组10个雄性线鳢DNA样本和10个雌性线鳢DNA样本的检测聚丙烯酰胺凝胶电泳图。
具体实施方式
[0019]为了使本申请的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合实施例对本申请进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅用以解释本申请，并不用于限定本申请。本申请中未详细单独说明的试剂均为常规试剂，均可从商业途径获得；未详细特别说明的方法均为常规实验方法，可从现有技术中获知。
[0020]需要说明的是，本专利技术的说明书和权利要求书及上述附图中的术语“第一”、“第二”等是用于区别类似的对象，而不必用于描述特定的顺序或先后次序，也不对其后的技术特征起到实质的限定作用。应该理解这样使用的数据在适当情况下可以互换，以便这里描述的本专利技术的实施例能够以除了在这里图示或描述的那些以外的顺序实施。此外，术语“包括”和“具有”以及他们的任何变形，意图在于覆盖不排他的包含，例如，包含了一系列步骤或单元的过程、方法、系统、产品或设备不必限于清楚地列出的那些步骤或单元，而是可包括没有清楚地列出的或对于这些过程、方法、产品或设备固有的其它步骤或单元。
[0021]为建立迅速鉴别线鳢的方法，缩短线鳢亲鱼繁育、家系建立及控制养殖群体的雌雄性别比例的时间，减少成本，本申请专利技术人利用重测序结合线鳢基因组测序，通过GWAS分
析筛选到线鳢雌雄差异的DNA片段(SEQ ID NO.1)，建立了线鳢遗传性别鉴定方法，采用该方法可以快速、准确的鉴别线鳢遗传性别。
[0022]在线鳢雌雄差异的DNA片段的筛选实施例中，对一尾线鳢进行基因组DNA提取，分别进行Illumina、Nanopore、HI
‑
C测序，然后使用Flye v2.6、Racon v1.5、Pilon v1.24、Juicer v1.6和3D
‑
DNA v201008软件进行基因组从头组装与染色体挂载，获得线鳢雄性全基因组序列。提取雌雄线鳢基因组DNA，进行重测序文库构建与测序，测序深度至少10
×
；对测序数据进行过滤之后，将重测序序列使用BWA mem v0.7.17比对到线鳢基因组中，使用picard v2.27.4标记重复序列，使用GATK v4.2.5进行SNP、InDel变异检测，使用GEMMA v0.98.5软件分析对性别进行GWAS分析，筛选性别相关SNP位点，并提取该位点上下游DNA序列，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。
[0023]为验证在线鳢雌雄差异的DNA片段(S本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.鉴别线鳢性别的分子标记，所述分子标记为线鳢雌雄差异的DNA序列，所述DNA序列如SEQ ID NO.1所示。2.用于扩增权利要求1所述的分子标记的引物组，所述引物组包括核苷酸序列如SEQ ID NO.2～3所示的DNA分子。3.用于鉴别线鳢性别的试剂盒，其特征在于，包括权利要求2所述的引物组。4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括DNA聚合酶、Mg
2+
、dNTP、PCRBuffer以及无菌水中的一种或多种。5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括阳性对照品和阴性对照品，所述阳性对照品为含有雄性线鳢基因组DNA的液体制剂，所述阴性对照品为含有雌性线鳢基因组DNA的液体制剂。6.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述DNA聚合酶选自DNA聚合酶Ⅰ、DNA聚合酶Ⅱ、DNA聚合酶Ⅲ、DNA聚合酶Ⅳ和DNA聚合酶V。7.一种鉴定线鳢性别的方法，其特征在于，其包括如下步骤：获得待检线鳢的基因组DNA样本；以所述基因组DNA样本为模板，采用如SEQ ID NO.2～3所示的引物组进行PCR反应；对所得PCR反应产物以进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，并根据聚丙烯酰胺凝胶电泳图为依据判断：若PCR反应产物中存在长度为257bp和长度为255bp的两条目标条带，则对应待检线鳢为雄性；若PCR反应产物中仅存在一条长度为257bp的条目的条带，则对应待检线鳢为雌性。8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述PCR反应的反应体系...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘海洋，赵建，陈昆慈，欧密，罗青，费树站，夏威威，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院珠江水产研究所，
类型：发明
国别省市：