一种用于高原肺水肿发病风险预测的SNPs位点组合、模型及系统技术方案

本发明专利技术属于生物医学技术领域，具体涉及一种用于高原肺水肿发病风险预测的SNPs位点组合、模型及系统。本发明专利技术将13个HAPE保护性SNPs位点和7个危险性SNPs位点纳入高原肺水肿发病风险预测模型，该模型能够预测提示受检者高原肺水肿发病的风险程度，可以有效防止HAPE的发生，减轻HAPE对机体的损伤，提高治愈率，减少病亡率。亡率。亡率。

【技术实现步骤摘要】
一种用于高原肺水肿发病风险预测的SNPs位点组合、模型及系统


[0001]本专利技术属于生物医学
，具体涉及一种用于高原肺水肿发病风险预测的SNPs位点组合、模型及系统。

技术介绍

[0002]高原肺水肿(high altitude pulmonary edema,HAPE)是一种严重的急性高原病。该病常发生于初入高原者或者再入高原者，是指机体快速进入海拔3000m以上地区，而不能适应高原低压性缺氧环境而出现的高原特发性疾病。该病起病急，病情发展快，临床上表现有呼吸困难、咳嗽、肺部痰鸣、咳大量粉红色泡沫痰，肺部有不同程度的湿性啰音等一系列症状，且病情发展迅速，严重威胁进入高原人员的生命安全。我国拥有世界最大面积的高原，其中海拔在3000m以上的高原面积占据内陆的六分之一。随着我国西藏高原地区旅游业的发展、地区建设以及戍边保卫的需要，急进青藏高原的人群愈发普遍，大量内陆低海拔世居人群，包括戍边军人、援藏干部、旅游者和施工的工人等进入高原地区，其机体短期乃至长期大多会对高原缺氧、干燥、紫外线辐射等恶劣环境产生不适反应，甚至会产生急性高原病。这严重威胁到初入高原地区人群生命安全，进一步影响了高海拔地区人员流动，制约了青藏高原社会经济发展。建立HAPE风险预测模型，识别HAPE高危人群，对HAPE早期防控意义重大。国内外关于高原肺水肿的研究较多，影响各类人群HAPE发生发展的主要因素目前尚在探讨之中。其中不同的个体之间的遗传差异使得HAPE的预测更加复杂。在对攀升高原的低海拔人群研究发现，遗传差异对HAPE的发病有很大的影响。例如，在中国人群中检测到MIR17HG基因中的rs17735387位点多态性与HAPE易感性之间的相关性，于中国汉族人群中检测NR3C1基因中的SNP与HAPE风险增加相关。目前的研究仅局限在对HAPE易感遗传位点的探索，不同的个体之间的遗传差异使得利用单一位点预测HAPE风险的准确性不稳定。

技术实现思路

[0003]本专利技术要解决的技术问题是克服现有技术的缺陷，开发一种用于高原肺水肿发病风险预测的SNPs位点组合、模型及系统。
[0004]第一方面，本专利技术提供用于高原肺水肿发病风险预测的SNPs位点组合，包括：rs4591246、rs17735387、rs6713088、rs1042718、rs1524107、rs1038376、rs4524238、rs6010621、rs7554283、rs17045754、rs4963516、rs7318578、rs3093110、rs2280274、rs2072472、rs385338、rs3093193、rs353299、rs749174、rs275651。
[0005]第二方面，本专利技术提供所述SNPs位点组合的检测试剂在构建高原肺水肿发病风险预测模型或系统中的应用。
[0006]第三方面，本专利技术提供所述SNP位点组合的检测试剂在制备高原肺水肿发病风险预测试剂盒中的应用。
[0007]第四方面，本专利技术提供一种高原肺水肿发病风险预测模型，利用获取的待测样本
中所述SNPs位点组合基因型数据，通过如下的风险评分计算公式来预测高原肺水肿发病风险，计算公式为：
[0008]Risk Score＝0.084G1+0.105G2+0.106G3+0.117G4+0.174G5+0.186G6+
[0009]0.234G7‑
0.426G8‑
0.257G9‑
0.206G
10
‑
0.193G
11
‑
0.188G
12
‑
0.167G
13
‑
0.143G
14
‑
0.140G
15
‑
0.133G
16
‑
0.075G
17
‑
0.065G
18
‑
0.020G
19
‑
0.013G
20
；
[0010]其中，G1‑
G
20
依次为所述SNPs位点基因型对应得分，得分包括0、1和2，2表示AA，1表示AB，0表示BB，A为最小等位基因，B为参考等位基因。
[0011]第五方面，本专利技术提供一种高原肺水肿发病风险预测系统，包括：
[0012](1)数据采集模块：用于采集待预测样本的SNPs基因型数据，所述SNPs为上述的SNPs位点组合；
[0013](2)评分计算模块：用于分析(1)的数据，纳入评分系统进行风险评分；
[0014](3)风险对比模块：用于将风险评分纳入风险分层标准，给出风险判断结果；
[0015](4)风险结果显示模块：用于显示风险判断结果。
[0016]进一步的，(2)中风险评分具体为：将(1)的数据纳入评分系统的风险评分计算公式中进行发病风险得分计算。
[0017]进一步的，步骤(3)的风险分层标准为：当RiskScore>
‑
0.14，判断为高风险人群，当
‑
0.45<RiskScore≤
‑
0.15，判断为中风险人群，当RiskScore≤
‑
0.45，判断为低风险人群。
[0018]第六方面，本专利技术提供一种高原肺水肿发病风险预测的试剂盒，包括检测所述SNPs位点组合的试剂。
[0019]进一步的，所述试剂包括PCR扩增引物及单碱基延伸的引物，其序列如下表：
[0020][0021]。
[0022]与现有技术相比，本专利技术具有如下有益效果：
[0023]将个体基因分型检测结果导入HAPE发病风险预测模型即可计算个体的风险分数，从而对该个体进行总体发生风险定量。应用该技术可以通过早期筛查及评估，合理评测初入高原人群患有HAPE概率，决定其能否继续工作或旅游，就地治疗还是转运，减少死亡和重型高原病的疾病发生。对受试者进行精准有效的早期干预，从而降低HAPE疾病发生率，减轻患者和社会的经济负担。该技术的使用可以为国家高原病防控决策提供理论依据和数据支撑，推动高原疾病防控工作的高质量发展，并有利于高海拔地区人员流动，促进青藏高原社会经济发展。
附图说明
[0024]图1为十字交叉验证以确定最优HAPE风险预测模型。
[0025]图2为Lasso回归计算获得不同的log lambda值下所有预测因素的相关系数路径。
[0026]图3为高原肺水肿发病风险预测模型的ROC曲线。
[0027]图4为高原肺水肿发病风险预测模型的校准曲线。
[0028]图5为高原肺水肿发病风险预测模型可视化Nomogram图。
具体实施方式
[0029]下面结合附图和具体实施例对本专利技术进行详细说明，但不应理解为本专利技术的限制。如未特殊说明，下述实施例中所用的技本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于高原肺水肿发病风险预测的SNPs位点组合，其特征在于，包括：rs4591246、rs17735387、rs6713088、rs1042718、rs1524107、rs1038376、rs4524238、rs6010621、rs7554283、rs17045754、rs4963516、rs7318578、rs3093110、rs2280274、rs2072472、rs385338、rs3093193、rs353299、rs749174、rs275651。2.权利要求1所述SNPs位点组合的检测试剂在构建高原肺水肿发病风险预测模型或系统中的应用。3.权利要求1所述SNPs位点组合的检测试剂在制备高原肺水肿发病风险预测试剂盒中的应用。4.一种高原肺水肿发病风险预测模型，其特征在于，利用获取的待测样本中权利要求1所述SNPs位点组合基因型数据，通过如下的风险评分计算公式来预测高原肺水肿发病风险，计算公式为：Risk Score＝0.084G1+0.105G2+0.106G3+0.117G4+0.174G5+0.186G6+0.234G7‑
0.426G8‑
0.257G9‑
0.206G
10
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0.193G
11
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0.188G
12
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0.167G
13
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0.143G
14
‑
0.140G
15
‑
0.133G
16
‑
0.075G
17
‑
0....

【专利技术属性】
技术研发人员：金天博，王莉，袁东亚，贺学，王宇鹤，杨伟，徐世林，戎浩，卢红燕，陈明月，
申请(专利权)人：西藏民族大学，
类型：发明
国别省市：