一种归一化并比较水平基因转移网络的方法技术

本发明专利技术公开了一种归一化并比较水平基因转移网络的方法，包括以下步骤：S1：采用贝叶斯概率模型将HGT根据测序量进行归一化；S2：在HGT网络中，将每个基因组被表示为一个顶点，其中，如果HGT发生在两个基因组之间，则在两个顶点之间有一条边；S3：采用不同的分类级别对基因组序列进行注释，得到了不同分类等级的HGT网络；S4：通过图的密度、传递性、同配性和代数连通性几种拓扑性质对HGT网络进行分析。使用图密度、传递性、同配性和代数连通性来描述网络，并在不同组别间的样本中比较HGT网络，以对宏基因组和人体表型关联提供新的分析方向，通过计算多种拓扑属性来分析HGT网络，也能更加系统性地建模并分析宏基因组。系统性地建模并分析宏基因组。

【技术实现步骤摘要】
一种归一化并比较水平基因转移网络的方法


[0001]本专利技术涉及基因转移网络
，尤其涉及一种归一化并比较水平基因转移网络的方法。

技术介绍

[0002]人体微生物和人类有着复杂的相互作用。研究发现，人体微生物和多种疾病都相关。人体微生物是个复杂的生态系统，以肠道微生物组为例，Ferretti等人利用菌株水平的宏基因组图谱来跟踪母婴间的细菌传播；他们发现母婴对中共有的菌株；在最近关于肠道微生物组的研究中，不少研究者建立了宏基因组和人类表型之间的联系，但这些工作未能从系统的角度对肠道微生物组进行建模。近年，研究人员应用HGT网络分析宏基因组，提取微生物组的特征，并探寻微生物组和表型的关联。
[0003]存在的缺点或不足：
[0004]虽然目前研究者建立了宏基因组和人类表型之间的联系，但是这些工作无法从系统的角度对肠道微生物区系进行建模。HGT网络是一种系统性分析宏基因组的工具，然而由于HGT网络会受到测序数据量的影响，可能会导致一些假阳性的宏基因组和表型的关联，因此需要归一化并比较水平基因转移网络。本专利技术涉及一种归一化H本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种归一化并比较水平基因转移网络的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1：采用贝叶斯概率模型将HGT根据测序量进行归一化；S2：在HGT网络中，将每个基因组被表示为一个顶点，其中，如果HGT发生在两个基因组之间，则在两个顶点之间有一条边；S3：采用不同的分类级别对基因组序列进行注释，得到了不同分类等级的HGT网络；S4：通过图的密度、传递性、同配性和代数连通性几种拓扑性质对HGT网络进行分析。2.根据权利要求1所述的归一化并比较水平基因转移网络的方法，其特征在于，在步骤S1中：使用LocalHGT来检测每个样本中的HGT，并且得到支持每个HGT断点对的reads数量，其中，当所有样本中的平均reads数目为Q时，根据模型推断；当总reads数目为Q时，则支持每个HGT断点对的reads...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈银，赵梓丞，李静，
申请(专利权)人：深圳百人科技有限公司，
类型：发明
国别省市：