一种筛选差异水平基因转移的方法技术

本发明专利技术公开了水平基因转移技术领域的一种筛选差异水平基因转移的方法，包括以下步骤：S1：收集并过滤样本中所有HGT事件；S2：收集交换过基因的属对；S3：筛选差异属对，本发明专利技术的有益效果是：本发明专利技术涉及一种筛选差异水平基因转移的方法，提出的寻找差异水平基因转移的方法可以反映物种间的动态关系和相互作用。本发明专利技术包括选择差异HGT，确定共享至少一个HGT断点对的差异分类群对，用Python中的scipy模块将这两个向量与Wilcoxon秩和检验进行比较，并根据P值升序对分类群对进行排序来确定差异分类群对。同时我们也根据类似的方法寻找差异HGT断点。断点。断点。

【技术实现步骤摘要】
一种筛选差异水平基因转移的方法


[0001]本专利技术涉及水平基因转移
，具体为一种筛选差异水平基因转移的方法。

技术介绍

[0002]为了寻找宏基因组和人体表型的关联，在case
‑
control研究中，研究者在宏基因组中寻找差异物种、差异基因、差异代谢通路、差异SNV等。这些差异生物标记为研究组间差异、寻找表型和宏基因组的关联性提供了重要作用。人们使用这种方式发现了多种致病的细菌或菌株，这对我们了解疾病的机理甚至治疗手段，都有重要作用；
[0003]人体微生物是个复杂的动态系统，里面各个细菌之间都有频繁的基因交换，这导致细菌的基因成分都在不停改变。然而差异物种、差异基因、差异代谢通路、差异SNV等特征难以反映物种间的动态关系和相互作用。水平基因转移(HGT)是指微生物物种间的基因片段传递，它通过传递遗传信息将不同的物种联系在一起。
[0004]为此，我们提出一种筛选差异水平基因转移的方法。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种筛选差异水平基因转移的方法，以解决上述背景本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种筛选差异水平基因转移的方法，其特征在于：包括以下步骤：S1：收集并过滤样本中所有HGT事件；S2：收集交换过基因的属对；S3：筛选差异属对。2.根据权利要求1所述的一种筛选差异水平基因转移的方法，其特征在于：所述S1中把基因组分成长度为100个碱基对的区间，所定位区间的索引用来表示断点的位置。3.根据权利要求1所述的一种筛选差异水平基因转移的方法，其特征在于：所述S2中确定至少共享一个HGT断点对的差异分类群对，带有HGT的基因组被注释为不同的分类水平。一个分类群对代表至少一个HGT出现在两个分类群的基因组之间，然后为每个属对构建两个二进...

【专利技术属性】
技术研发人员：王帅，赵梓丞，李静，
申请(专利权)人：深圳百人科技有限公司，
类型：发明
国别省市：