一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔真菌微生物基因标志物及其应用制造技术

本发明专利技术属于生物医药技术领域，具体涉及一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔真菌微生物基因标志物及其临床应用。本发明专利技术提供了一种用于区别新型冠状病毒感染和非感染者的口腔真菌微生物基因标志物(口腔真菌微生物模型)，由SEQ ID NO:1

【技术实现步骤摘要】
一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔真菌微生物基因标志物及其应用


[0001]本专利技术属于生物医药
，具体涉及一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔真菌微生物基因标志物及其应用。

技术介绍

[0002]通过逆转录聚合酶链反应(reverse transcription
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polymerase chain reaction,RT
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PCR)进行核酸检测来判断是否感染新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus2，SARS
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CoV
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2)，是目前公认的诊断“金标准”。但是，由于病毒窗口期、采样及实验操作失误等各方面的原因，感染新冠病毒后，部分患者经RT
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PCR检测出现假阴性的结果，且假阴性率高达20％，这极大的增加了疾病的传染源和传播范围。因此，建立一种新的区别健康人和新型冠状病毒感染者的诊断模型，以弥补现有检测方法的不足，对于新冠肺炎防治工作具有重大意义。
[0003]正常人体寄居的微生物种类超过1000种，数量高达100万亿。这些数量庞大的微生物和人体内环境相互作用，共同构成了人体微生态系统。口腔微生态系统作为消化系统的起始端，是人体微生态系统的重要组成部分，与人体健康和疾病密切相关。口腔拥有仅次于肠道的人体第二大微生物群落，包括细菌、真菌、病毒等，与人类健康息息相关。许多研究都集中在健康和疾病中的人类细菌组，很少关注人类真菌组。这可能是由于人类微生物组中真菌的比例很小，不到1％。然而，真菌在人类健康和疾病状态中起着关键作用。它维持微生物群落的结构和代谢，与细菌相互作用，参与宿主免疫反应，从而调节炎症反应的程度，影响人体健康和疾病状态，如人类免疫缺陷病毒、炎症肠病、哮喘。现有研究阐明了COVID
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19患者的口腔细菌特征，并将口腔细菌与COVID
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19的严重程度联系起来。然而，COVID
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19患者和康复者的口腔真菌改变情况仍不清楚。
[0004]口腔微生态的特征或者基于口腔微生物建立的区别模型作为特定疾病或肿瘤的区分工具正越来越多被广泛报道和认可。口腔菌群可反映人对疾病的易感性，提示口腔菌群具有潜在的预警和诊断作用。Burkhardt F等(Gut，2017年)通过宏基因组学报道了口腔微生态与结直肠癌的相关性，指出16个菌种可能成为区分结直肠癌的口腔微生物标志物。Zhang X等(Nature Medicine,2015年)通过宏基因组测序技术解析了中国人群类风湿性关节炎患者的口腔微生态结果，在微生物基因和功能水平上，鉴定了类风湿性特异性的6个牙齿微生物标志物和2个唾液微生物标志物，创建了两个高准确度的类风湿性关节炎患者区分模型。Richard B等(JAMA Oncology，2018)等指出口腔中共生Corynebacterium和Kingella的丰度越高，头颈部鳞状细胞癌的风险就越低，这对癌症的预防有潜在的意义。我们先前的研究(Gut，2021)指出口腔细菌标志物能够有效诊断新冠肺炎患者，并成功实现跨区域验证。因而，口腔微生物可能是不同疾病诊断的有力工具。然而，用于区别新型冠状病毒感染和非感染者的口腔真菌微生物模型还未曾有人报道过。

技术实现思路

[0005]本专利技术提供了一种用于区别新型冠状病毒感染和非感染者的口腔真菌微生物基因标志物(口腔真菌微生物模型)，由SEQ ID NO:1
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2所示的2种真菌微生物基因组成，所述微生物基因在人体口腔中富集。
[0006]另外本专利技术还提供了一种用于检测试剂，包括用于检测SEQ ID NO:1
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2所示的2种真菌微生物基因的引物。
[0007]所述真菌微生物基因序列SEQ ID NO:1
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2如下：
[0008]>OTU4
[0009]GCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCAACTTGCGCTctctGGTATTCCGGAGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATGATCtctcAACCAATAGAGTTTTCTATTGGCTTGGATCTGGGTGCTGCGAAACAATCGCTCACCTTAAAGGAGTTAGCAACTAAGCGATGTCGTCCGACGTAATAAGTTTCGTCTGGTAATTCGACTGAGCCAATTGCTTCTAATTGTCTTTTGACTTttttGACTCTGG
[0010]>OTU925
[0011]GCATGATAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCAACTTGCGCTctctGGTATTCCGGAGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATGATCtctcAACCAATAGAGTTTTCTATTGGCTTGGATCTGGGTGCTGCGAAACAATCGCTCACCTTAAAGGAGTTAGCAACTAAGCGATGTCGTCCGACGTAATAAGTTTCGTCTGGTAATTCGACTGAGCCAATTGCTTCTAATTGTCTTTTGACTTttttGACTCTGGCC
[0012]所述引物序列为SEQ ID NO:3
‑
4。
[0013]引物Primers
[0014]测序区域ITS2
[0015]上游引物：ITS3F GCATCGATGAAGAACGCAGC
[0016]下游引物：ITS4R TCCTCCGCTTATTGATATGC
[0017]本专利技术还提供了检测试剂在建立一种区别新型冠状病毒感染和非感染者的口腔真菌微生物模型中的应用，所述检测试剂适用于检测SEQ ID NO:1
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2所示的2种真菌微生物基因。
[0018]所述微生物区别模型适用于区别新型冠状病毒感染和非感染者，新型冠状病毒感染者包括RT
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PCR检测阳性的确诊患者及RT
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PCR检测阴性但IgG抗体阳性的临床诊断患者(疑似患者)。
[0019]对所述对象的舌苔进行检测，以便确定该样本是否包含所述的真菌微生物基因，是否可以建立区别新型冠状病毒感染和非感染者的真菌微生物基因模型。
[0020]通过收集入组对象的舌苔样本，抽提微生物总DNA，完成微生物DNA的ITS测序，检测是否存在权利要求1所述的2种微生物基因。
[0021]进一步的，通过收集入组对象的舌苔样本，抽提微生物总DNA，进行口腔菌群的ITS测序。基于高通量测序数据，在训练集中建立新型冠状病毒感染和非感染者的真菌微生物区别模型，建立新冠肺炎患病率(probability of本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于区别新型冠状病毒感染和非感染者的口腔真菌微生物基因标志物，其特征在于：由SEQ ID NO:1
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2所示的2种真菌微生物基因组成，所述微生物在口腔中富集。2.一种用于检测权利要求1所述口腔真菌微生物基因标志物的检测试剂，包括用于检测权利要求1所述的SEQ ID NO:1
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2所示的2种真菌微生物基因的引物。3.根据权利要求2所述的检测试剂，其特征在于：所述引物序列为SEQ ID NO:3
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4。4.权利要求3所述检测试剂在制备新型冠状病毒感染和非感染的区分检测试剂盒中的应用，所述检测试剂适用于检测权利要求1所述的口腔真菌微生物基因。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于：对所述对象的舌苔进行检测，以便确定该样本是否包含所述的真菌微生物基因，是否可以建立区别新型冠状病毒感染和非感染的口腔真菌微生物基因模型。6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于：所述口腔真菌微基因生物模型适用于区分新型冠状病毒感染和非感染者，其中新型冠状病毒感染者包括RT
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PCR检测阳性的确诊患者及RT
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PCR检测阴性但IgG抗体阳性的临床诊断患者或疑似患者。7.根据权利要求5所述的应用，其特征在于：通过收集入组对象的舌苔样本，抽提微生物总DNA，完成微生物DNA的ITS测序，检测是否存在权利要求1所述的2种真菌微生物基因。8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于：通过收集入组对象的舌苔样本，抽提微生物总DNA，进行口腔真菌的ITS测序；基于高通量测序数据，在训练集中建立新型冠状病毒感染和非感染者的真菌微生物区别模型，建立新冠肺炎患病率POD指数；POD指数在验证集中计算其区别能力，进行验证；进一步在来自不同地域的独立诊断集中进行独立验证，实现微生物基因区别模型在中国新型冠状病毒感染人群中的普适性；最后在新...

【专利技术属性】
技术研发人员：任志刚，王海宇，余博，
申请(专利权)人：郑州大学第一附属医院，
类型：发明
国别省市：