用于检测供体源性游离DNA的方法技术

本公开提供了用于对生物样品中总游离DNA的量进行定量的方法，所述方法包括：从所述生物样品中分离游离DNA，其中在分离所述游离DNA之前或之后添加第一示踪剂DNA组合物；使用100个或更多个不同的引物对在单个反应体积中在100个或更多个不同的靶基因座处进行靶向扩增；通过高通量测序对扩增产物进行测序以生成测序读段；以及使用源自所述第一示踪剂DNA组合物的测序读段来对所述总游离DNA的量进行定量。量。量。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测供体源性游离DNA的方法

技术介绍

[0001]使用游离DNA(cfDNA)技术的无创监测是用于在产前(胎儿)、肿瘤学(肿瘤)和移植(供体)应用中检测非自身基因型的有效方法。此外，供体源性cfDNA(dd
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cfDNA)是移植(例如，器官移植，如肾和心脏移植)中用于识别主动排斥的一种经证实的生物标志物。现有的商业测定以占总cfDNA的百分比的形式报告dd
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cfDNA结果。然而，由于背景cfDNA水平可能受到许多因素的影响，以这种方式报告的结果可能无法提供对排斥风险的最准确描绘。在一些情况下，受体cfDNA的异常高水平可能导致dd
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cfDNA比例降低，并且可能导致假阴性解释。另外，较低频率、低于平均cfDNA水平可能导致假阳性结果。
[0002]序列表
[0003]本申请含有己经以ASCII格式电子提交的序列表，并且特此通过引用整体并入。创建于2021年5月26日的所述ASCII副本命名为N_033_WO_01_SL.txt并且大小为1,332字节。

技术实现思路

[0004本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种方法或实验室技术，其包括：a)从生物样品中分离游离DNA，其中在分离所述游离DNA之前或之后添加第一示踪剂DNA组合物；b)使用100个或更多个不同的引物对在单个反应体积中在100个或更多个不同的靶基因座处对所分离的游离DNA进行靶向扩增；c)通过高通量测序对扩增产物进行测序以生成一个或多个测序读段；以及d)使用源自所述第一示踪剂DNA组合物的测序读段来对总游离DNA的量进行定量。2.一种方法或实验室技术，其包括：a)从移植受体的生物样品中分离游离DNA，其中所分离的游离DNA包括供体源性游离DNA和受体源性游离DNA，其中在分离所述游离DNA之前或之后添加第一示踪剂DNA组合物；b)使用100个或更多个不同的引物对在单个反应体积中在100个或更多个不同的靶基因座处对所分离的游离DNA进行靶向扩增；c)通过高通量测序对扩增产物进行测序以生成一个或多个测序读段；以及d)对供体源性游离DNA的量和总游离DNA的量进行定量，其中使用源自所述第一示踪剂DNA组合物的测序读段对所述总游离DNA的量进行定量。3.根据权利要求2所述的方法，其中所述方法进一步包括使用所述供体源性游离DNA的量确定移植排斥发生或可能发生。4.根据权利要求3所述的方法，其中将所述供体源性游离DNA的量与临界阈值进行比较以确定移植排斥发生或可能发生，其中所述临界阈值是根据所述总游离DNA的量来确定的。5.根据权利要求4所述的方法，其中所述临界阈值是所述供体源性游离DNA的读段数量的函数。6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括如果所述总游离DNA的量超出预定范围，则标记所述样品。7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述方法包括在血浆提取之前将所述第一示踪剂DNA组合物添加到全血样品中。8.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述方法包括在血浆提取之后和分离所述游离DNA之前将所述第一示踪剂DNA组合物添加到血浆样品中。9.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述方法包括将所述第一示踪剂DNA组合物添加到包括所分离的游离DNA的组合物中。10.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述方法包括将衔接子与所分离的游离DNA连接以获得包括衔接子连接的DNA的组合物，并且将所述第一示踪剂DNA组合物添加到所述包括衔接子连接的DNA的组合物中。11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括在所述靶向扩增之前添加第二示踪剂DNA组合物。12.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括在所述靶向扩增之后添加第二示踪剂DNA组合物。13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一示踪剂DNA组合物和/或所述第二示踪剂DNA组合物包括具有不同序列的多个DNA分子。14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一示踪剂DNA组合物和/或所
述第二示踪剂DNA组合物包括具有不同浓度的多个DNA分子。15.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一示踪剂DNA组合物和/或所述第二示踪剂DNA组合物包括具有不同长度的多个DNA分子。16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一示踪剂DNA组合物和/或所述第二示踪剂DNA组合物包括具有非人来源的序列的多个DNA分子。17.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一示踪剂DNA组合物和/或所述第二示踪剂DNA组合物包括非人来源的多个DNA分子。18.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一示踪剂DNA组合物和/或所述第二示踪剂DNA组合物包括具有人工序列的多个DNA分子。19.根据权利要求15所述的方法，其中使用所述具有不同长度的多个DNA分子来确定所述样品中所述游离DNA的大小分布。20.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一示踪剂DNA组合物和/或所述第二示踪剂DNA组合物各自包括靶序列，其中所述靶序列包括定位在一对能够与所述引物对之一结合的引物结合位点之间的条形码。21.根据权利要求20所述的方法，其中所述条形码包括能够由相同引物对扩增的对应的内源性基因组DNA序列的反向补体。22.根据权利要求20至21中任一项所述的方法，其中所述示踪剂DNA的读段数量与样品DNA的读段数量之间的比率用于对所述总游离DNA的量进行定量。23.根据权利要求20至21中任一项所述的方法，其中使用所述条形码的读段数量与所述对应的内源性基因组DNA序列的读段数量之间的比率来对所述总游离DNA的量进行定量。24.根据权利要求20至23中任一项所述的方法，其中所述靶序列在一侧或两侧由内源性基因组DNA序列侧接。25.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一示踪剂DNA组合物和/或所述第二示踪剂DNA组合物包括合成双链DNA分子。26.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一示踪剂DNA组合物和/或所述第二示踪剂DNA组合物包括长度为250bp至500bp的DNA分子。27.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一示踪剂DNA组合物和/或所述第二示踪剂DNA组合物包括长度为100bp至250bp的DNA分子。28.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一示踪剂DNA组合物和/或所述第二示踪剂DNA组合物包括长度为125bp至200bp的DNA分子。29.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一示踪剂DNA组合物和/或所述第二示踪剂DNA组合物包括长度为约160bp的DNA分子。30.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述靶向扩增包括在单个反应体积中扩增至少100个SNP基因座。31.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述靶向扩增包括在单个反应体积中扩增至少2,000个SNP基因座。32.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述靶向扩增包括在单个反应体积中扩增至少10,000个SNP基因座。33.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中每个引物对被设计成扩增约35bp至
200bp的靶序列。34.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中每个引物对被设计成扩增约50bp至100bp的靶序列。35.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中每个引物对被设计成扩增约60bp至75bp的靶序列。36.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述移植受体是人受试者。37.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述移植是器官移植、组织移植或细胞移植。38.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述移植是肾移植、肝移植、胰腺移植、肠移植、心脏移植、肺移植、心脏/肺移植、胃移植、睾丸移植、阴茎移植、卵巢移植、子宫移植、胸腺移植、面部移植、手移植、腿移植、骨移植、骨髓移植、角膜移植、皮肤移植、胰岛细胞移植、心脏瓣膜移植、血管移植或输血。39.根据前述...

【专利技术属性】
技术研发人员：R，
申请(专利权)人：纳特拉公司，
类型：发明
国别省市：